Vilka väten tar FAD?
Som jag har förstått det tar vätebäraren FAD två stycken väten så att det bildas en dubbelbindning mellan kolen, betyder detta att FAD alltid tar väten som sitter bredvid varann men på olika kol?
Om du betraktar reaktionen översiktligt (nettomässigt) så är svaret ja, både hydridjonen (H-) och protonen (H+) kommer nettomässigt ifrån de två kol som dubbelbindningen bildas mellan. Nettomässigt, därför det inte alltid går att flytta precis den protonen till FAD, och här är ett försök att förklara varför.
Ofta är det inte precis samma proton som överförs inuti enzymer, utan en proton tas emot i en del av enzymet (kallar den X) och ges tillbaka från en annan del av enzymet (Y). Efter/i slutskedet av reaktionen så överförs proton på X till Y, och på så vis nollställs enzymet. Det finns inte alltid plats i enzymet för att just den protonen ges till FAD, eftersom hydridjonen flyttas till en del av FAD (högst upp i bilden nedan), och protonen till den andra sidan av FAD (det finns m.a.o. ingen sidokedja som kan nå hela vägen runt, utan en eller flera sidokedjor används för att ta mot och ge ifrån en proton, likt en langarkedja där en part tar emot, och samtidigt skickar vidare "sin" proton. Och nästa sidokedja gör samma sak, tills denna proton-langarkedja når fram till andra änden av FAD där protonen kan bindas (och denna kedja börjar med asparginsyran i syraformen, längst ner i bilden, och slutar när en annan proton når kväveatomen på andra sidan av ringen, den bredvid det negativt laddade syret).
För denna och liknande typer av reaktioner räknas generellt protoner och till och med vattenmolekyler som en gemensam resurs. D.v.s. förbrukas en vattenmolekyl i första steget av en reaktion, och det i det andra steget frigörs en annan vattenmolekyl, betraktas dessa båda vattenmolekyler som ekvivalenta/utbytbara. Eller proton som i ditt fall.
