Väte flyttas till membranmellanrummet
Vid komplex I sker denna reaktion:
NADH+H+ + CoQ --> NAD+ + CoQH2 + E
Men om vätena från vätebärarna binder till CoQ, varifrån kommer vätena som pumpas in i membranmellanrummet?
Vätena bundna i CoQ, CoQH2, de går ju direkt in i membranmellanrummet från komplex 3. Därför kan vätena inte komma därifrån.
Protonerna (vätekärnorna) som pumpas ut, finns i mitokondriens matrix - det är med andra ord "fria" protoner som finns i mitokondriens matrix, de är inte del av de andra molekyler som beskrivs i din bild. (sedan är det inte vätekärnor som simmar runt utan de är bundna till vatten i form av oxoniumjoner).
I och med att "fria" protonerna pumpas ut, skapas en skillnad i protonkoncentrationen mellan matrixets insida och membranmellanrummet. Och det är denna koncentrationsskillnad som gör att ATPsytnaset kan bilda ATP.