Varför binder inte DNA till vatten i vatten lösning?
Hej! Jag undrar varför DNA-strängens binder till sig själv, alltså att kvävebaserna binder till varandra med vätebindnigna, istället för att kvävebaserna ska binda till vatten också med vätebindnignar? Det är väl lika starka bindningar? Eller kan det ha å med hydrofob effekt?
(I en vattenlösning)
Det har med strukturen av dsDNA, och hur basena attraherar varandra inom en och samma sträng, samt hydrofobicitet.
I bilden du infogade illustreras hur en typ av bindningar bildas mellan de två olika strängarna. Men i DNA-dubbelhelixen kommer baserna att packas i lager på lager, "stacking" kallas det på engelska. Nukleotidbaserna är aromatiska, och kan därför attrahera varandra och de staplas då direkt varandra likt kort i en kortlek, och det skapas s.k. pi-bindningar mellan lagren. Dessa interaktioner mellan de delokaliserade elektronerna (som finns i aromatiska föreningar) i ett baspar, som attraheras av motsvarande elektroner i de närmaste lagren.
Mellan de staplade lagren av basparande nukleotidbaser (röda/blå i bilden nedan) finns det i princip inget vatten. Och tillsammans med "backbone" i DNA skärmas vätebindningar mellan baserna av från vatten. De vätebindningar som är utritade i din bild är de som finns längs med och "inuti" varje lager/plan av staplade baspar. Så vattnet har svårt att komma åt och försöka bryta de existerande vätebindningarna mellan baserna från de respektive strängarna. I och med att dubbelhelixens struktur hamnar vätebindningarna i princip i centrum av helixen, med ett annat lager under/över och dessa lager är dessutom roterade (i.o.m. helixen).
