varför 3 och varför 5 (dna)
När dna ska transkriberas kan polymeraset bara jobba från 5 till 3 på dna strängen. Samma gäller under S-fasen när dna ska replikeras. Om 3 änden är närmastreplikationsgaffeln blir den strängen ”leading”… Men hur ser jag på dna strängen vad som är 5 och vilken som är 3?
enligt den här bilden finns det 4 kvävebaser per ”dnasekvens” och sekvensen börjar med en fosfatgrupp och det är 5-änden. på slutet sitter en sockergrupp, och det står en 3 bredvid. Har det något att göra med antal syreatomer?
Oj… sorry Jag skrev visst fel, det är så att på den motsatta strängen placeras primern på 3, men eftersom det är spegelvänt för den strngen som primern bygger är det 5 till 3 som polymeraset jobbar ?
Det har absolut med syreatomerna att göra. Närmare bestämt på vilket av deoxyribosets kolatomer som hydroxigrupperna sitter i deoxyribos.
Kol1 i deoxyroibos binder till nukleotidbasen, kol2 saknar i DNA hydroxigrupp (därav namnet deoxyribos), syret som sitter på kol 3 är antingen fri eller binder till den ena fosfatgruppen (3'), kol fyra binder vidare till kol 5, vars syreatom binder till den andra fosfatgruppen (5').
Siffrorna 3 och 5, anger vilken hydroxigrupp det är, utifrån kolatomerna i deoxyribos. Uppe till vänster i din bild finns 5' fosfatgruppen, som binder till det femte kolet i deoxyribos. Om du sedan följer bindningarna nedåt längs deoxyribos, så går bindningen från kol 5-kol 4 till kol 3. Därför kallas den änden 3'. Att kalla de olika ändarna 5' och 3', är helt enkelt ett sätt att hålla koll på vilken ände av deoxyribos (och därmed DNA-strängen) som man menar.
men eftersom det är spegelvänt för den strngen som primern bygger är det 5 till 3 som polymeraset jobbar ?
Ja precis, DNA polymeraset syntetiserar den nya DNA strängen så att den börjar i 5'. När den nya DNA strängen syntetiseras blir det motsvarande 5'-nukleotid-nukleotid-nukleotid-3', och nästa deoxynukleosidtrifosfat (t.ex. dATP) läggs till på 3' änden. dATP har tre fosfatgrupper i 5' (d.v.s. på deoxyribosets femte kol). Och när detta dATP skall adderas till DNA strängen, skapas den nya bindningen mellan dess 5'-fosfatgrupp (den närmast riboset) och den tredje hydroxigruppen, som är 3' änden på DNA strängen som syntetiseras.
Och efter additionen av denna nya deoxynukleotid, uppstår en ny 3' ände på DNA strängen, som är en deoxynukleotid längre.
Nu förstår jag! Tack!
Toppen, kul att det hjälpte!
