Upströms placering av transkriptionsstart
Det humana genomet innehåller ca 21 000 proteinkodande gener men antalet uttryckta proteiner är mycket större. En forskargrupp som studerade detta fenomen introducerade en alternativ startpunkt för transkription i en gen, uppströms om den vanliga, och observerade då att det bildades två olika mRNA, men bara en polypeptidkedja, från genen.
Vad är mest sannolikt angående de bildade mRNA-molekylerna?
a) En av de två bildade mRNA-molekylerna translaterades ej
b) De bildade mRNA-molekylerna hade olika långa 3’-UTR
c) Det ena mRNAt hade en kortare poly-A-svans
d) De bildade mRNA-molekylerna hade olika långa 5’-UTR
Rätt svar är D. Varför skulle det t.ex inte kunna vara A? Förstår ej
Det framgår inte i frågan/scenariot, precis hur de undersökte detta, men jag misstänker att de i två parallella experiment använde 1) ursprungssekvensen och 2) sekvensen med den alternativa startpunkten.
På så vis kunde effekten av skillnaden (den extra sekvensen/uppströms startpunkt) ses, vid jämförelse mellan experimenten 1/2.
Det förklarar dock inte varför a) anses vara felaktigt.
Hur tänkte du kring alternativ a) ?
mag1 skrev:Det framgår inte i frågan/scenariot, precis hur de undersökte detta, men jag misstänker att de i två parallella experiment använde 1) ursprungssekvensen och 2) sekvensen med den alternativa startpunkten.
På så vis kunde effekten av skillnaden (den extra sekvensen/uppströms startpunkt) ses, vid jämförelse mellan experimenten 1/2.
Det förklarar dock inte varför a) anses vara felaktigt.
Hur tänkte du kring alternativ a) ?
Jag antog helt enkelt att en av mRNA inte translaterades. Jag ser inte varför det skulle påverkas om man hade olika långa 3' UTR eller 5' UTR. Borde det inte bara bli olika proteiner då? Säg att protein 1 har en 5' UTR på 25 aminosyror längre, borde inte proteinet bara bli kortare, men att det fortfarande transplanteras?
manne1907 skrev:mag1 skrev:Det framgår inte i frågan/scenariot, precis hur de undersökte detta, men jag misstänker att de i två parallella experiment använde 1) ursprungssekvensen och 2) sekvensen med den alternativa startpunkten.
På så vis kunde effekten av skillnaden (den extra sekvensen/uppströms startpunkt) ses, vid jämförelse mellan experimenten 1/2.
Det förklarar dock inte varför a) anses vara felaktigt.
Hur tänkte du kring alternativ a) ?
Jag antog helt enkelt att en av mRNA inte translaterades. Jag ser inte varför det skulle påverkas om man hade olika långa 3' UTR eller 5' UTR. Borde det inte bara bli olika proteiner då?
Nej det blir inte olika långa polypeptidkedjor. UTR sekvenserna är ju just, untranslated, så de sekvenserna translateras aldrig av ribosomen.
Den första proteinkodande tripletten som transkriberas brukar vara AUG, men uppströms om denna finns det ytterligare nukleotider som ribosomen (och de andra proteinerna i initiationskomplexet) känner igen.
Säg att protein 1 har en 5' UTR på 25 aminosyror längre, borde inte proteinet bara bli kortare, men att det fortfarande transplanteras?
Proteinet translateras precis som vanligt, från startkodonet, till stoppkodonet. Att det som i ditt exempel, finns 25 nukleotidbaser (eller 3x25, motsvarande en sekvens för 25 aminosyror) spelar ingen roll - så länge inte den första trippletten är ett ytterligare startkodon. Ribosomen/initiationskomplexet kommer läsa av (det cappade och modifierade) mRNA, och börja translationen först vid det första startkodonet.
mag1 skrev:manne1907 skrev:mag1 skrev:Det framgår inte i frågan/scenariot, precis hur de undersökte detta, men jag misstänker att de i två parallella experiment använde 1) ursprungssekvensen och 2) sekvensen med den alternativa startpunkten.
På så vis kunde effekten av skillnaden (den extra sekvensen/uppströms startpunkt) ses, vid jämförelse mellan experimenten 1/2.
Det förklarar dock inte varför a) anses vara felaktigt.
Hur tänkte du kring alternativ a) ?
Jag antog helt enkelt att en av mRNA inte translaterades. Jag ser inte varför det skulle påverkas om man hade olika långa 3' UTR eller 5' UTR. Borde det inte bara bli olika proteiner då?
Nej det blir inte olika långa polypeptidkedjor. UTR sekvenserna är ju just, untranslated, så de sekvenserna translateras aldrig av ribosomen.
Den första proteinkodande tripletten som transkriberas brukar vara AUG, men uppströms om denna finns det ytterligare nukleotider som ribosomen (och de andra proteinerna i initiationskomplexet) känner igen.
Säg att protein 1 har en 5' UTR på 25 aminosyror längre, borde inte proteinet bara bli kortare, men att det fortfarande transplanteras?
Proteinet translateras precis som vanligt, från startkodonet, till stoppkodonet. Att det som i ditt exempel, finns 25 nukleotidbaser (eller 3x25, motsvarande en sekvens för 25 aminosyror) spelar ingen roll - så länge inte den första trippletten är ett ytterligare startkodon. Ribosomen/initiationskomplexet kommer läsa av (det cappade och modifierade) mRNA, och börja translationen först vid det första startkodonet.
Ja visst ja, gick så fort i tankarna att jag helt förbigick att UTR inte translateras.
Men förstår fortfarande inte varför rätt svar är att de har olika långa 5' UTR?
Men förstår fortfarande inte varför rätt svar är att de har olika långa 5' UTR?
Menar du att du inte är med på varför alternativ D är korrekt?
Eller varför någon av de andra alternativen inte är korrekta?
mag1 skrev:Men förstår fortfarande inte varför rätt svar är att de har olika långa 5' UTR?
Menar du att du inte är med på varför alternativ D är korrekt?
Eller varför någon av de andra alternativen inte är korrekta?
Nej precis jag hänger inte med på varför alternativ D är korrekt 😕
Det blir lite av att utesluta de alternativ som inte passar, eller går. Kvar finns då endast D), som får anses vara det mest sannolika alternativet.
a) låter inte troligt, speciellt inte då de behöver undersöka båda sekvenserna parallellt (annars kan detta alternativ också stämma, men det är ett felaktigt designat experiment - eftersom det inte går att utesluta att en av sekvenserna inte translateras utan att jämföra parallellt).
b) förändringen var uppströms om startpunkten för transkriptionen, så det är alltså i 5'-änden av genen som modifieringen skett.
c) Hade poly-A svansen varit kortare, skulle livstiden för mRNA ha påverkats. Och poly-adenyleringen sker ju dessutom i 3'-änden av mRNA - så precis i motsatt ände av där modifieringen skett.
d) Olika långa 5'-UTR kan det vara, det påverkar inte längden på polypeptiden - då translationen startar vid genens startkodon, och detta ligger någonstans nedströms om 5´-cap och efterföljande UTR. Det är m.a.o. inte kritiskt hur lång UTR är, var translationen startar avgörs av var startkodonet är.
mag1 skrev:Det blir lite av att utesluta de alternativ som inte passar, eller går. Kvar finns då endast D), som får anses vara det mest sannolika alternativet.
a) låter inte troligt, speciellt inte då de behöver undersöka båda sekvenserna parallellt (annars kan detta alternativ också stämma, men det är ett felaktigt designat experiment - eftersom det inte går att utesluta att en av sekvenserna inte translateras utan att jämföra parallellt).
b) förändringen var uppströms om startpunkten för transkriptionen, så det är alltså i 5'-änden av genen som modifieringen skett.
c) Hade poly-A svansen varit kortare, skulle livstiden för mRNA ha påverkats. Och poly-adenyleringen sker ju dessutom i 3'-änden av mRNA - så precis i motsatt ände av där modifieringen skett.
d) Olika långa 5'-UTR kan det vara, det påverkar inte längden på polypeptiden - då translationen startar vid genens startkodon, och detta ligger någonstans nedströms om 5´-cap och efterföljande UTR. Det är m.a.o. inte kritiskt hur lång UTR är, var translationen startar avgörs av var startkodonet är.
Fint, men varför skulle det leda till att det andra mRNA inte translateras över huvudtaget?
manne1907 skrev:mag1 skrev:Det blir lite av att utesluta de alternativ som inte passar, eller går. Kvar finns då endast D), som får anses vara det mest sannolika alternativet.
a) låter inte troligt, speciellt inte då de behöver undersöka båda sekvenserna parallellt (annars kan detta alternativ också stämma, men det är ett felaktigt designat experiment - eftersom det inte går att utesluta att en av sekvenserna inte translateras utan att jämföra parallellt).
b) förändringen var uppströms om startpunkten för transkriptionen, så det är alltså i 5'-änden av genen som modifieringen skett.
c) Hade poly-A svansen varit kortare, skulle livstiden för mRNA ha påverkats. Och poly-adenyleringen sker ju dessutom i 3'-änden av mRNA - så precis i motsatt ände av där modifieringen skett.
d) Olika långa 5'-UTR kan det vara, det påverkar inte längden på polypeptiden - då translationen startar vid genens startkodon, och detta ligger någonstans nedströms om 5´-cap och efterföljande UTR. Det är m.a.o. inte kritiskt hur lång UTR är, var translationen startar avgörs av var startkodonet är.
Fint, men varför skulle det leda till att det andra mRNA inte translateras över huvudtaget?
Hur menar du? Är det a) du undrar över?
mag1 skrev:manne1907 skrev:mag1 skrev:Det blir lite av att utesluta de alternativ som inte passar, eller går. Kvar finns då endast D), som får anses vara det mest sannolika alternativet.
a) låter inte troligt, speciellt inte då de behöver undersöka båda sekvenserna parallellt (annars kan detta alternativ också stämma, men det är ett felaktigt designat experiment - eftersom det inte går att utesluta att en av sekvenserna inte translateras utan att jämföra parallellt).
b) förändringen var uppströms om startpunkten för transkriptionen, så det är alltså i 5'-änden av genen som modifieringen skett.
c) Hade poly-A svansen varit kortare, skulle livstiden för mRNA ha påverkats. Och poly-adenyleringen sker ju dessutom i 3'-änden av mRNA - så precis i motsatt ände av där modifieringen skett.
d) Olika långa 5'-UTR kan det vara, det påverkar inte längden på polypeptiden - då translationen startar vid genens startkodon, och detta ligger någonstans nedströms om 5´-cap och efterföljande UTR. Det är m.a.o. inte kritiskt hur lång UTR är, var translationen startar avgörs av var startkodonet är.
Fint, men varför skulle det leda till att det andra mRNA inte translateras över huvudtaget?
Hur menar du? Är det a) du undrar över?
Nej, menar att jag inte förstår varför det spelar någon roll att de har olika långa 5' UTR. Jag hänger helt med på varför en av mRNA har längre 5' UTR än den andra, men jag hänger inte med på varför en av dessa mRNA inte transplanteras överhuvudtaget. Borde det inte bara leda till 2 olika proteiner? Varför spelar det någon roll hur lång UTR är för transaktionen skull?
Hoppas jag gjorde mig tydlig 😊
Okej nu är jag med.
Varför skillnaden inte translateras, beror på vilken information som nukleotidbaser innehåller. De kodar inte för aminosyror, utan har "icke-kodande" innehåll. Liknande poly-A och cap sekvenserna får den "extra 5´-UTR sekvensen" en annan funktion än att koda för ytterligare aminosyrarester i polypeptiden. Troligtvis fyller den extra biten RNA ingen funktion alls i cellen, det är bara "skräp" som stoppades in för att studera kopplingen transkription/translation.
mag1 skrev:Okej nu är jag med.
Varför skillnaden inte translateras, beror på vilken information som nukleotidbaser innehåller. De kodar inte för aminosyror, utan har "icke-kodande" innehåll. Liknande poly-A och cap sekvenserna får den "extra 5´-UTR sekvensen" en annan funktion än att koda för ytterligare aminosyrarester i polypeptiden. Troligtvis fyller den extra biten RNA ingen funktion alls i cellen, det är bara "skräp" som stoppades in för att studera kopplingen transkription/translation.
Tack!!
För all del, kul att det klargjorde!
