Two-way primer för att ta bort baspar
I PCR 1, är dubbelprimern amplifierad mot primer 1 och den gröna sekvensen hybridiserar. I PCR 2 används produkten från PCR 1 tillsammans med primer 2 och den röda sekvensen hybridiserar. Men hur bidrar det till att ta bort det gula?
Den gula sekvensen amplifieras aldrig. Vid PCR1 anealar endast den gröna delen, resten hänger bara där, och polymeraset syntitiserar mot 3'-änden. På så vis amplifieras DNA 5' till 3', med en sekvens komplementär med merparten av den övre strängen i bilden.
I PCR2 är templatet produkten från reaktion ett, som då inte inkluderar den glumarkerade sekvensen. Under denna andra reaktion amplifieras den nedre strängen, då så klart utan den gula biten.
I detta exempel blir det endast en lite kortare sekvens, den gula biten förloras. (Och då är det enklare att bara köpa primer utan den gula biten).
Men, om du har en t.ex. en cirkulär vektor, och vill bli av med två tripletter, kan detta vara ett smidigt sätt. Nästan hela delen av ena strängen amplifieras utan den gula delen under PCR1, och sedan syntetiseras den komplementära under steg två.
