Tunnsiktskromatografi av aminosyror

Wscub skrev:

Jag skriver en rapport om en tunnsiktskromatografilabb jag genomfört och resultatet ser ut såhär. 

Supersnygg TCL-platta!

Ser nästan för snygg ut, som om den är gjord i datorn, så har du lyckats få till det resultatet är det bara att klappa dig själv på axeln.

 

Elueringsmedlet bestod av 2-propanol, saltsyra och etylmetylketon och tunnskiktsplattan var belagd i cellulosa.

 

Jag förstår principen bakom förflyttningen. De opolära ska transporteras längst eftersom elueringsmedlet är polärt och löser inte de opolära aminosyrorna och därmed åker de längre.

Jag tror du har ett "o" för mycket eller för lite här, för opolära ämnen löser sig bättre i opolära lösningsmedel.

Det fiffiga med den blandning av ämnen du hade i den mobila fasen, är att de sträcker sig från väldigt polära (HCl i vatten), via 2-propanol till etylmetylketon. Och denna kombination ökar upplösningen som du kan få, jämfört med om du endast använt t.ex. 2-propanol.

Men glycinen åkte ingenstans, trots att den är opolär. Min teori är att den har svaga intermolykelärabindningar som gör det lättare att lösa i lösningsmedlet. Men samtidigt skiljer sig glycin inte mycket från alanin som åkte betydligt längre. Eller är jag helt ute och cyklar och det har att göra med isoelektriska punkter. Har sökt omkring på internet men får inga tydliga svar.

Alla aminosyror har rört sig i alla fall lite grann, glycinen har faktiskt rört aningen längre än lysin.

Du har tre aminosyror som rört sig lite längre: Pro, Leu, Ala (kallar dessa A)

Och tre som rört sig en kort sträcka: Lys, Gly, Asp (kallar dessa B)

Du är inne på rätt spår, det har att göra med aminosyrornas aningen olika polaritet, samt att det låga pH värdet påverkar laddningarna.

Om du jämför deras strukturer, vid lågt pH, ser du någon trend som kan förklara varför A rörde sig längre än B?

Tack för ditt svar!

Och ja den är gjord på datorn :)

Vid lågt pH ser jag att aminosyrorna tar upp en H+ från överskottet av oxoniumjoner och får en positiv nettoladdning och jag antar att det gäller för samtliga aminosyror. Dessutom ser jag att lys har en basisk sidogrupp och asp en sur sidogrupp. Sedan det jag ser som skiljer glycinen mot resterande opolära syror ör att pro, leu och ala har kolkedjor som sidogrupp medan glycin endast har ett väte. Är det just det faktum att glycin inte har en kolkedja som sidogrupp som gör den mindre polär än de andra och därmed rör sig en kort sträcka?

Skillnaden mellan de opolära aminosyrornas isoelektriska punk är inte så stor så antar också att det inte är anledningen till varför glycin inte åka med dem andra.

Wscub skrev:

Tack för ditt svar!

Och ja den är gjord på datorn :)

 

Vid lågt pH ser jag att aminosyrorna tar upp en H+ från överskottet av oxoniumjoner och får en positiv nettoladdning och jag antar att det gäller för samtliga aminosyror.

Nej inte alla får en positiv nettoladdning. De basiska aminosyrornas sidokedja blir positivt laddad (t.ex. -NH² blir till -NH₃⁺). Men när pH är lägre än pKa för en sur aminosyras sidokedja (som asparginsyran i din uppgift), ändras den från -COO^- till -COOH, d.v.s. den negativa laddningen försvinner i samband med att karboxylsyran tar upp en proton.

Dessutom ser jag att lys har en basisk sidogrupp och asp en sur sidogrupp. Sedan det jag ser som skiljer glycinen mot resterande opolära syror ör att pro, leu och ala har kolkedjor som sidogrupp medan glycin endast har ett väte. Är det just det faktum att glycin inte har en kolkedja som sidogrupp som gör den mindre polär än de andra och därmed rör sig en kort sträcka?

Nja, det skulle väl snarare vara tvärt om, att Gly är lite mer opolär, eftersom t.ex. Ala/Pro vandrat längre. Gly har bundit lite mer till den cellulosan på plattan, jämfört med de andra aminosyrorna (frånsett Lys). Vilket även kan beskrivas som att Gly inte löser sig lika bra i elueringsmedlet, för vid TLC är det är bara när molekylen är löst i elueringsmedlet som den kan röra sig. Hur långt ämnena vandrar beror med andra ord på både, hur väl ämnet löser sig i elueringsmedlet (kan röra sig med elueringsmedlet) och hur starkt ämnet binder till plattans material (hur länge ämnet hålls kvar vid varje bindningstillfälle, d.v.s. tiden ämnet inte kan röra sig).

 

Skillnaden mellan de opolära aminosyrornas isoelektriska punk är inte så stor så antar också att det inte är anledningen till varför glycin inte åka med dem andra.

Jo du har nog rätt, den isoelektriska punkten spelar inte så stor roll för detta, utan det har mer med polariteten att göra.

Tack så mycket!

Nu tror jag att jag har en mycket bättre förståelse för hur det hela fungerar

För all del. Återkom om du får fler frågor.