Transkription reglering

Maha20 skrev:

''Innan transkription initieras genomgår DNA-molekylen en förändring från att vara tätpackad heterokromatin till att bli lösare eukromatin. Dubbelhelixen löses upp något, vilket gör det lättare att avläsa generna. Denna process sker genom kromatinremodellering, vilket är en epigenetisk process''

Jag har lite svårt att förstå vad reglering innebär i detta sammanhang. Att DNA-molekylen blir lösare sker väl oavsett vad & är väl inte ett resultat av aktiv reglering.

Reglering inom biologi finns lite beskrivet i denna tråd:

https://www.pluggakuten.se/trad/promotor-2/

Och nej, DNA molekylen blir inte "lösare" av sig själv - skulle det ske kommer det bli ett enda trassel av DNA i cellkärnan. En liknelse kan vara att kromosomerna motsvarar garnnystan, som vid celldelningen rullas upp i nystan, kondenserade. Och sedan dekondenseras delar av respektive garnnystan, när det behövs - för om allt nystas upp kommer du snart stå med ett enda trassel av trådar.

Och för att begränsa trassel och minska risken för skador på DNA, är det fördelaktigt att kondensera de delar av kromosomen som inte behöver användas just då, och endast ha de behövda delarna mindre packade. Men, vilka delar som behövs beror på situationen i cellen därför behöver så packningsgraden behöver - vilket är en aktiv process.

 

 

Jag tolkar att reglering av en process innebär att vi kan påverka en process. T.ex. en viss kovalent modifiering (ex acetylering) som inträffar som en del av en viss process behöver inte vara en form av reglering om den förekommer naturligt i en process. Den är alltså inte resultatet av en aktiv reglering - precis som detta med kromatinet.

Vad som är vad, beror på hur företeelserna definieras. Det kan beskrivas så enkelt som att regleringen sker av packandet. Packandet styrs av den aktiva processerna packande (P) och uppackade (U) - så genom att reglera vilken av P/U som dominerar regleras packandet. Och denna reglering kan ske individuellt för kortare delar av kromosomen, till stora segment av kromosomer.

 

Gällande det med kromatinet tänker jag att det steget KAN vara en reglerande process. Alltså att vi kan förändra den, t.ex. göra den mer eller mindre packat. Men i grund och botten är den ett naturligt steg i transkriptionen & inte ett resultat av reglering, för annars kan väl inte transkriptionen starta?

Jag vet inte om jag är ute och cyklar. Tror bara jag har svårt för begreppet 'reglering'.

Reglering av DNA-kondensationen gäller så mycket mer än bara transkriptionen. Epigenitik står redan nämnt i den text du citerar.

Tack för hjälpen! Jag tror bara jag är van av att först skriva hur en process går till, sen vid sidan skriva vilka steg i processen som kan vara reglerande. Det som dock utmärker denna processen från de som jag har läst på (metabolismens processer), är att transkriptionen inte ''startar'' om den inte regleras. Så regleringen innebär inte  att man bara reglerar genuttrycket upp eller ner, utan regleringen startar även processen. Så jag kan exempelvis inte skriva steg 1 (i transkriptionen) och förklara den, och sen vid sidan skriva hur den ev kan regleras - då steg 1 redan är en form av reglering. Jag hoppas detta inte är förvirrande.

Det är därför jag blev lite förvirrad, då jag uppfattade det som att reglering enbart innebar att man ändrar/påverkar en process, samt att ingen process jag har läst på hittills startar p.ga. reglering. Det verkar dock logiskt här, när du ger exemplet om garnnystanet.

Vad som är vad, beror på hur företeelserna definieras. Det kan beskrivas så enkelt som att regleringen sker av packandet. Packandet styrs av den aktiva processerna packande (P) och uppackade (U) - så genom att reglera vilken av P/U som dominerar regleras packandet. Och denna reglering kan ske individuellt för kortare delar av kromosomen, till stora segment av kromosomer.

Är inte helt 100 på vad du menar här. Sker inte packadet av regleringen? 

Maha20 skrev:

Tack för hjälpen! Jag tror bara jag är van av att först skriva hur en process går till, sen vid sidan skriva vilka steg i processen som kan vara reglerande. Det som dock utmärker denna processen från de som jag har läst på (metabolismens processer), är att transkriptionen inte ''startar'' om den inte regleras. Så regleringen innebär inte  att man bara reglerar genuttrycket upp eller ner, utan regleringen startar även processen. Så jag kan exempelvis inte skriva steg 1 (i transkriptionen) och förklara den, och sen vid sidan skriva hur den ev kan regleras - då steg 1 redan är en form av reglering. Jag hoppas detta inte är förvirrande.

Det skiljer sig från ditt exempel med metabolismen där feed back/forward reglering finns. Även i metabolismen finns en reglering som inte är direkt kopplad till enzymerna, bl.a. uttrycket av de gener som kodar för enzymerna och andra proteiner.

Genreglering går nog att beskriva på flera sätt. Du kan även betrakta det som att transkriptionen sker där det går, d.v.s. för de gener som är tillgängliga (1) och det finns faktorer som kan initiera transkriptionen som TF (2). Det finns en "basal" kapacitet att transkribera alla gener som 1+2 uppfylls för. Skulle alla gener vara tillgängliga och ha sina respektive TF m.m. närvarande skulle allt uttryckas, vilket är helt onödigt och inte tillåter någon celldifferentiering etcetera.

Men det finns en regulatorisk kapacitet, som kan öka/minska 1 och 2 var och en för sig, och i princip för varje gen.

 

Det är därför jag blev lite förvirrad, då jag uppfattade det som att reglering enbart innebar att man ändrar/påverkar en process, samt att ingen process jag har läst på hittills startar p.ga. reglering. Det verkar dock logiskt här, när du ger exemplet om garnnystanet.

Vad som är vad, beror på hur företeelserna definieras. Det kan beskrivas så enkelt som att regleringen sker av packandet. Packandet styrs av den aktiva processerna packande (P) och uppackade (U) - så genom att reglera vilken av P/U som dominerar regleras packandet. Och denna reglering kan ske individuellt för kortare delar av kromosomen, till stora segment av kromosomer.

Är inte helt 100 på vad du menar här. Sker inte packadet av regleringen? 

Det var mest att precis vad som är reglerat/regleras beror på sammanhanget, och vilken komponent som ger en "aktiv" reglering. Och ja packandet sker som en del av regleringen.

Det kanske blev mer förvirrande än klargörande. Alla former av reglering i cellen är delar av naturliga processer. Allt från metylering och därmed utsläckning av genuttryck för genprodukter som den differentierade cellen inte behöver, till mer kortvariga modifikationer som acetyleringen av histonerna som du nämnde. Men även på kortare tidsskalor där repressorer och aktivatorer direkt binder till sina sekvenser och reglerar uttrycket av gener.

Reglering av genuttryck sker på flera sätt/nivåer, och uttryckets nivå är resultatet av summan av flera sätt bl.a.; på kort/lång sikt, hormonell signalering från cellens utsida, från närmaste grannen, metabolt tillstånd i cellen, fas i cellcykeln, DNA-kondensation, ökning/minskning av halten av genens olika TF (eller mängden av en transkriptionsfaktor TF₁ som i sin tur påverkar reglerar uttrycket av en annan transkriptionsfaktor TF₂, och TF₂ påverkar uttrycket av genen för ett protein). 

Tack för svar!! 

Genreglering går nog att beskriva på flera sätt. Du kan även betrakta det som att transkriptionen sker där det går, d.v.s. för de gener som är tillgängliga (1) och det finns faktorer som kan initiera transkriptionen som TF (2). Det finns en "basal" kapacitet att transkribera alla gener som 1+2 uppfylls för. Skulle alla gener vara tillgängliga och ha sina respektive TF m.m. närvarande skulle allt uttryckas, vilket är helt onödigt och inte tillåter någon celldifferentiering etcetera.

Ja det är mycket enklare att tänka såhär. Det var så jag tänkte från början - att det sker där det går. Tror som sagt bara jag blev förvirrad över begreppet reglering. Jag tänkte bara att reglering är, som jag skrev innan, att man ändrar på ex en process. Jag tänkte inte att det även kan starta den. Så ''att det sker där det går'' talar inte om hela sanningen. Det beror nog på att jag inte har fått en bra helhetsbild än. Det kommer väl hoppas jag.

Syftar du på basal transkription, när du menar ''basal'' kapacitet? När jag söker upp det står det transkription när inga reglerande faktorer är närvarande...det måste väl finnas en reglerande faktor i början? Detta är kanske ett sidospår, men jag blev bara lite nyfiken.

Det kanske blev mer förvirrande än klargörande. Alla former av reglering i cellen är delar av naturliga processer. Allt från metylering och därmed utsläckning av genuttryck för genprodukter som den differentierade cellen inte behöver, till mer kortvariga modifikationer som acetyleringen av histonerna som du nämnde. Men även på kortare tidsskalor där repressorer och aktivatorer direkt binder till sina sekvenser och reglerar uttrycket av gener.

Ja alla former av reglering är delar av naturliga processer. I mitt första inlägg menade jag mer att t.ex. acetylering inte alltid en form av reglering, om acetyleringen förekommer som ett naturligt steg i en process. Det är alltså inte något sker i efterhand för att cellen vill  ex hämma/stimulera ett visst steg i processen. Jag vet ej om det går att resonera så, men ja. 

Maha20 skrev:

Tack för svar!! 

Genreglering går nog att beskriva på flera sätt. Du kan även betrakta det som att transkriptionen sker där det går, d.v.s. för de gener som är tillgängliga (1) och det finns faktorer som kan initiera transkriptionen som TF (2). Det finns en "basal" kapacitet att transkribera alla gener som 1+2 uppfylls för. Skulle alla gener vara tillgängliga och ha sina respektive TF m.m. närvarande skulle allt uttryckas, vilket är helt onödigt och inte tillåter någon celldifferentiering etcetera.

Ja det är mycket enklare att tänka såhär. Det var så jag tänkte från början - att det sker där det går. Tror som sagt bara jag blev förvirrad över begreppet reglering. Jag tänkte bara att reglering är, som jag skrev innan, att man ändrar på ex en process. Jag tänkte inte att det även kan starta den. Så ''att det sker där det går'' talar inte om hela sanningen. Det beror nog på att jag inte har fått en bra helhetsbild än. Det kommer väl hoppas jag.

Syftar du på basal transkription, när du menar ''basal'' kapacitet? När jag söker upp det står det transkription när inga reglerande faktorer är närvarande...det måste väl finnas en reglerande faktor i början? Detta är kanske ett sidospår, men jag blev bara lite nyfiken.

Nästan mer av en filosofisk fråga. I början beskrivs transkriptionen utan att gå in på regleringen, och den beskrivningen är förenklad. En basal transkription, motsvarande den transkriptionsnivån som transkriptionssystemet (och cellen) kommer att återvända till om ingen reglering sker, skiljer sig åt mellan olika celltyper. T.ex. en antikroppsbildande cell kommer bilda massvis med sin unika antikropp, medans en cell som bildar bindväv kommer producera proteiner/komponenter som behövs i bindväv. Båda dessa celler kommer att uttrycka en massa gener, vars produkter behövs för att "hålla en genomsnittlig cell vid liv", som t.ex. metabolismen.

Men i varje cell skapas hela tiden flera olika reglerande signaler, och dessa skiljer sig åt beroende på differentiering, miljön m.m. Tillsammans bidrar signalerna till att reglera mängden bildat (m)RNA från cellens DNA. Sedan kan även stimulerande/hämmande signaler komma utifrån cellen.

 

Det kanske blev mer förvirrande än klargörande. Alla former av reglering i cellen är delar av naturliga processer. Allt från metylering och därmed utsläckning av genuttryck för genprodukter som den differentierade cellen inte behöver, till mer kortvariga modifikationer som acetyleringen av histonerna som du nämnde. Men även på kortare tidsskalor där repressorer och aktivatorer direkt binder till sina sekvenser och reglerar uttrycket av gener.

Ja alla former av reglering är delar av naturliga processer. I mitt första inlägg menade jag mer att t.ex. acetylering inte alltid en form av reglering, om acetyleringen förekommer som ett naturligt steg i en process. Det är alltså inte något sker i efterhand för att cellen vill  ex hämma/stimulera ett visst steg i processen. Jag vet ej om det går att resonera så, men ja. 

Jo jag var med på att det var så du menade. Men, i princip all form av reglering är nog att betrakta som "naturlig" - för cellen reagerar på olika signaler, i syfte att anpassa sig till sin livsmiljö etcetera. I enklare celler, som t.ex. bakterier, finns en basalnivå av uttryck som behövs - men denna nivå skiljer så snart omgivningens miljö ändras en aning. Finns det mer xylos än glukos i miljön, kommer metabolismen ställas om till att så effektivt som möjligt använda xylos. Och för denna förhållandevis "enkla" omställning, behöver mängden av vissa proteiner öka, medans nivån av andra minskar (behövs inte så mycket av proteinerna specifika för att bryta ner glukos, då det inte finns lika mycket glukos).

Det beror lite på vad du anser "baslinjen" för genuttrycket är. Men oavsett kommer det i cellen skapas signaler, i syfte att reglera uttrycket så baslinjen nås.

I "sjuka" eller abnorma celler (t.ex. tumörceller) skiljer sig uttrycket från motsvarande "normala", fram för allt för vissa gener. Väljer du jämföra sådana abnorma celltyper kan skillnader i uttrycket ändå ses, som ett resultat av lite olika signaler.

Ja jag tror nog bara jag får tänka om när det gäller begreppet reglering. Det förvirrar mig bara. Jag antar då att reglering kan betyda både aktivering, stimulering & hämning av något. Jag märker att många använder aktivering & stimulering som synonymer, men jag har tänkt mer på stimulering som att aktiviteten hos något ökar, ex en process. (Tror jag har skrivit denna mening minst 5 gånger, sorry). Hur hade du definerat det?

T.ex. skriver du att ''En basal transkription, motsvarande den transkriptionsnivån som transkriptionssystemet (och cellen) kommer att återvända till om ingen reglering sker''. Här blir jag lite förvirrad, för att reglering (aktivering) måste väl ske för den basala transkriptionen med?. Här kanske du menar att reglering är stimulering/hämning. 

Tycker det blir förvirrade att läsa processer, då man oftast inte specificerar begreppet. Det kanske är underförstått, men inte för mig :(

Maha20 skrev:

Ja jag tror nog bara jag får tänka om när det gäller begreppet reglering. Det förvirrar mig bara. Jag antar då att reglering kan betyda både aktivering, stimulering & hämning av något.

Ja precis. Reglering är endast "hur mycket av något som sker", motsvarande hur hastigheten (mängd mRNA/timme) förändras, eller regleras så den är konstant.

Jag märker att många använder aktivering & stimulering som synonymer, men jag har tänkt mer på stimulering som att aktiviteten hos något ökar, ex en process. (Tror jag har skrivit denna mening minst 5 gånger, sorry). Hur hade du definerat det?

De kan nog ofta användas i princip synonymt, beroende på sammanhanget. Något aktiveras, med det kan vara ett enzym eller "genuttrycket" om det var noll tidigare, eller en nervcell. Stimulering nog oftare för att ange hur något påverkas, som för en process eller en nervcell.

T.ex. skriver du att ''En basal transkription, motsvarande den transkriptionsnivån som transkriptionssystemet (och cellen) kommer att återvända till om ingen reglering sker''. Här blir jag lite förvirrad, för att reglering (aktivering) måste väl ske för den basala transkriptionen med?. Här kanske du menar att reglering är stimulering/hämning. 

Om du tänker dig ett avskalat "generellt" system, med bara en snutt med DNA och de proteiner som behövs för att initiera transkriptionen, samt mRNA polymeraset - då saknas i princip reglerande faktorer, och den mängd mRNA som bildas är konstant. Detta är då i kontrast med hur det ser ut i cellen där det finns reglerande faktorer, som tillsammans justerar uttrycket uppåt/nedåt.

 

Tycker det blir förvirrade att läsa processer, då man oftast inte specificerar begreppet. Det kanske är underförstått, men inte för mig :(

Det beror på sammanhanget, och till viss del tradition inom fältet. Vissa begrepp används på ett sätt inom ett fält, men har inte precis samma betydelse inom ett närliggande fält - men de är ganska lika. Det går för Riksbanken att stimulera ekonomin med låga räntor och "billiga pengar", och hela tiden stimulerar våra nervceller varandra för att öka chansen att aktivera varandra (och t.ex. skicka vidare en nervimpuls). Andas vi djupt och långsamt några gånger stimuleras det parasympatiska nervsystemet och vi blir lugnare får lägre puls etcetera. Sedan kan vi även bli mentalt stimulerade av en diskussion :)

Ja precis. Reglering är endast "hur mycket av något som sker", motsvarande hur hastigheten (mängd mRNA/timme) förändras, eller regleras så den är konstant.

Det blev tydligare här, tack. Jag skrev såhär utifrån detta:

Reglering handlar om att styra eller påverka hur mycket (aktiviteten) av en viss händelse eller process som ska ske. Detta kan ske genom aktivering, stimulering eller hämning, för att exempelvis förändra hastigheten av en process eller hålla den konstant.

Hur kan aktiveringen ''påverka hur mycket hur mycket (aktiviteten) av en viss händelse eller process som ska ske.''? Kan man dra exemplet att ett visst enzym aktiveras (går från 0), för att  påverka hur mkt av exempelvis glykolysen som sker?

Samma sak med transkriptionen. Under transkriptionen ''aktiveras'' kromatinet genom att uppackas, för att...? Här förstår jag inte lika mycket hur aktivering av transkriptionen handlar om att ''påverka hur mkt av en process (transkriptionen) som ska ske''. (Jag kanske upprepar mig, men det blir mer tydligt i mitt huve.)

De kan nog ofta användas i princip synonymt, beroende på sammanhanget. Något aktiveras, med det kan vara ett enzym eller "genuttrycket" om det var noll tidigare, eller en nervcell. Stimulering nog oftare för att ange hur något påverkas, som för en process eller en nervcell.

En följdfråga på det. När vi aktiverar G-kopplade receptorer, aktiveras ju G-proteinet. Aktiverar ELLER stimulerar/hämmar denna sitt målenzym i plasmamembranet? Ibland står det aktivera, ibland stimulera/hämma. Är enzymen i plasmamembranen inaktiva? Jag tror svaret på den frågan är nej, isåfall är svaret inte att enzymen aktiveras. Bara en teori. 

Om du tänker dig ett avskalat "generellt" system, med bara en snutt med DNA och de proteiner som behövs för att initiera transkriptionen, samt mRNA polymeraset - då saknas i princip reglerande faktorer, och den mängd mRNA som bildas är konstant. Detta är då i kontrast med hur det ser ut i cellen där det finns reglerande faktorer, som tillsammans justerar uttrycket uppåt/nedåt.

Jag antar att det bara förekommer reglering för att initiera processen. Men sen processen konstant. 

Maha20 skrev:

Ja precis. Reglering är endast "hur mycket av något som sker", motsvarande hur hastigheten (mängd mRNA/timme) förändras, eller regleras så den är konstant.

Det blev tydligare här, tack. Jag skrev såhär utifrån detta:

Reglering handlar om att styra eller påverka hur mycket (aktiviteten) av en viss händelse eller process som ska ske. Detta kan ske genom aktivering, stimulering eller hämning, för att exempelvis förändra hastigheten av en process eller hålla den konstant.

Hur kan aktiveringen ''påverka hur mycket hur mycket (aktiviteten) av en viss händelse eller process som ska ske.''? Kan man dra exemplet att ett visst enzym aktiveras (går från 0), för att  påverka hur mkt av exempelvis glykolysen som sker?

Ja det är ett exempel, men det beror på enzymet - vissa har sin basala aktivitet, andra är helt inaktiva innan de aktiveras o.s.v.

Glykolysen sker i princip hela tiden (energi och metaboliter behöver cellen hela tiden), men saknas glukos regleras aktiviteten hos vissa enzymer ned, och hela glykolysen går långsammare, och vice versa när det finns gott om glukos i cellen (och energi behövs).

 

Samma sak med transkriptionen. Under transkriptionen ''aktiveras'' kromatinet genom att uppackas, för att...? Här förstår jag inte lika mycket hur aktivering av transkriptionen handlar om att ''påverka hur mkt av en process (transkriptionen) som ska ske''. (Jag kanske upprepar mig, men det blir mer tydligt i mitt huve.)

Kromatinets kondensation minskar, eller "DNA packas upp" som du uttryckte det, och som en effekt av det kan transkription ske över huvud taget. Är kromatinet kondenserat kommer inte RNA-polymeraset åt DNA, lite som komma åt mitten av ett garnnystan - det går inte innan du rullat upp det lite.

 

De kan nog ofta användas i princip synonymt, beroende på sammanhanget. Något aktiveras, med det kan vara ett enzym eller "genuttrycket" om det var noll tidigare, eller en nervcell. Stimulering nog oftare för att ange hur något påverkas, som för en process eller en nervcell.

En följdfråga på det. När vi aktiverar G-kopplade receptorer, aktiveras ju G-proteinet. Aktiverar ELLER stimulerar/hämmar denna sitt målenzym i plasmamembranet? Ibland står det aktivera, ibland stimulera/hämma. Är enzymen i plasmamembranen inaktiva? Jag tror svaret på den frågan är nej, isåfall är svaret inte att enzymen aktiveras. Bara en teori. 

Enklare med denna som en egen tråd, så blir det mindre rörigt - skapa en ny tråd så kan vi fortsätta där.

 

Om du tänker dig ett avskalat "generellt" system, med bara en snutt med DNA och de proteiner som behövs för att initiera transkriptionen, samt mRNA polymeraset - då saknas i princip reglerande faktorer, och den mängd mRNA som bildas är konstant. Detta är då i kontrast med hur det ser ut i cellen där det finns reglerande faktorer, som tillsammans justerar uttrycket uppåt/nedåt.

Jag antar att det bara förekommer reglering för att initiera processen. Men sen processen konstant. 

Nja, nästan i alla fall. Baserat på dina frågor har ni inte läst så mycket biokemi/molekylärbiologi ännu, så det som följer nedanför kanske kommer först under senare påbyggnadskurser.

Grovt förenklat så ja, transkriptionen fortsätter tills ett stopkodon dyker upp i DNA. Men inte alla gener transkriberas i hela dess längd - det finns funktioner som gör att mRNA bildas, som inte motsvarar hela genens längd, eller om du vänder på det i vissa fall kan stopkodon ignoreras och det bildade mRNA blir längre i vissa fall. Den extra biten som bildas är så klart inte "massa skräp", utan fyller en funktion.

Sekvensen i DNA påverkar även hur snabbt transkriptionen kan ske, vilket påverkar t.ex. om/hur kortare mRNA bildas. Vissa sekvenser leder till att transkriptionens hastighet minskar, och då ökar chansen för att RNA-polymeraskomplexet skall sönderfalla, innan det kommit fram till stopkodonet, varpå "förkorta mRNA" bildas - när dessa translateras fyller dock det bildade proteinet en funktion, men den funktionen är aningen annorlunda jämfört med "det längre proteinet" som genen kodar för. Och vissa gener transkriberas, och f.f.a. translateras snabbare än andra, men den regleringen finns inbyggd i sekvensen.

Hej! Tack för svar. Alltid lika pedagogisk!

Grovt förenklat så ja, transkriptionen fortsätter tills ett stopkodon dyker upp i DNA. Men inte alla gener transkriberas i hela dess längd - det finns funktioner som gör att mRNA bildas, som inte motsvarar hela genens längd, eller om du vänder på det i vissa fall kan stopkodon ignoreras och det bildade mRNA blir längre i vissa fall. Den extra biten som bildas är så klart inte "massa skräp", utan fyller en funktion.

 

Har inte läst så mycket, så regleringen är inte helt uppenbar än, men du gör det tydligt.

Hursomhelst, jag tänkte på det med reglering av det generella systemet. Jag har en hypotes, rätta mig om jag har fel. Jag tänkte inte på att alla kromatintrådar kunde vara i både en mer packad (heterokromatin) och lösare packat (eukromatin). Det leder väl till att vissa kromosomer är tajtare packade, och andra lösare packade. Jag har tolkat det som att alla kromosomer ''lika tajta''.

Om transkription sker utifrån en kromosom som är lösare packat, alltså en eukromatin, behöver väl inte transkriptionen initeras av reglering? Jag tänker på att du från början skrev att det generella systemet saknar reglerande faktorer. Menar du såhär? Att kromosomerna är redan löst packade från första början, och kräver inte en initerande reglering? 

Enklare med denna som en egen tråd, så blir det mindre rörigt - skapa en ny tråd så kan vi fortsätta där.

Yes jag ska starta en ny tråd. Ska försöka avsluta denna efter ditt kommande svar på detta inlägg. 

Maha20 skrev:

Hej! Tack för svar. Alltid lika pedagogisk!

Grovt förenklat så ja, transkriptionen fortsätter tills ett stopkodon dyker upp i DNA. Men inte alla gener transkriberas i hela dess längd - det finns funktioner som gör att mRNA bildas, som inte motsvarar hela genens längd, eller om du vänder på det i vissa fall kan stopkodon ignoreras och det bildade mRNA blir längre i vissa fall. Den extra biten som bildas är så klart inte "massa skräp", utan fyller en funktion.

 

Har inte läst så mycket, så regleringen är inte helt uppenbar än, men du gör det tydligt.

Hursomhelst, jag tänkte på det med reglering av det generella systemet. Jag har en hypotes, rätta mig om jag har fel. Jag tänkte inte på att alla kromatintrådar kunde vara i både en mer packad (heterokromatin) och lösare packat (eukromatin). Det leder väl till att vissa kromosomer är tajtare packade, och andra lösare packade. Jag har tolkat det som att alla kromosomer ''lika tajta''.

Nej det skiljer sig, hur mycket kromosomerna är kondenserade/packade. Både mellan olika kromosomer (t.ex. en transkriptionellt aktiv kromosomkopia, och dess genom kondensation inaktiverade kopia). Sedan skiljer det sig även åt mellan olika delar av en och samma kromosom, om du tänker dig kromosomen som en lång tråd, så kommer vissa delar vara kondenserade, medans andra kommer vara mer uppackade - lite liknande att DNA i vissa delar är uppbundet/kondenserat till och bildar liknande knutar som tillsammans bara ligger stilla, och andra delar är "fria trådbitar" mellan knutarna - och till de fria bitarna kan transkriptionsmaskineriet överhuvudtaget binda in och bilda (m)RNA.

Under den största delen av cellens tid kommer inte kromosomerna vara kondenserade så pass mycket som på de klassiska bilderna i textbäckerna, där kan kromosomerna tydligt ses. Istället är kromosomerna i varierande grad kondenserade f.f.a. lokalt, men fortfarande ganska löst - så att knutarna lättare kan lösas upp när generna i den delen av kromosomen behöver användas.

Hos differentierade celler kommer en stor del gener vara mer tillgängliga, vissa av dessa används mycket (för den celltypens specifika funktion kräver de proteiner som dessa delar kodar för), vissa kommer vara tillgängliga efter dekondensation (de används sällan, eller under mindre vanliga omständigheter), och en del gener kommer vara "undanpackade" mest hela tiden (motsvarande att muskelceller inte alls behöver bilda t.ex. insulin eller hår).

 

Om transkription sker utifrån en kromosom som är lösare packat, alltså en eukromatin, behöver väl inte transkriptionen initeras av reglering? Jag tänker på att du från början skrev att det generella systemet saknar reglerande faktorer. Menar du såhär? Att kromosomerna är redan löst packade från första början, och kräver inte en initerande reglering? 

Det jag försökte beskriva ovan var att det är lite av en gråskala, där vissa delar är eukromatin - och för dessa är behovet av dekondensation inte så stort, eller saknas helt.

Men, reglering behövs ändå - annars kommer alla gener som finns i "uppackat" DNA att transkriberas. Och cellens behov av de olika genprodukterna kan då inte regleras. Återkommer till insulinet som exempel, det behövs massvis med mRNA som kodar för insulin och det maskineriet i cellen som frisätter insulin, så i beta-cellerna kommer det bildas massvis av mRNA - och cellen behöver bara massvis av dessa proteiner. Det går inte för cellen att bilda andra proteiner än de som verkligen behövs, det kostar för mycket resurser (aminosyror, ATP etcetera) - därför regleras genuttrycket kraftigt, men samtidigt dynamiskt.

Regleringen av expressionen kan m.a.o. ske på flera olika sätt, och även parallellt - med effekten att det från vissa gener bildas mer/mycket mRNA, och från andra mindre eller t.o.m. inget.

Sedan skiljer det sig även åt mellan olika delar av en och samma kromosom, om du tänker dig kromosomen som en lång tråd, så kommer vissa delar vara kondenserade, medans andra kommer vara mer uppackade - lite liknande att DNA i vissa delar är uppbundet/kondenserat till och bildar liknande knutar som tillsammans bara ligger stilla, och andra delar är "fria trådbitar" mellan knutarna - och till de fria bitarna kan transkriptionsmaskineriet överhuvudtaget binda in och bilda (m)RNA.

Jag förstår. Trodde som sagt att en enstaka kromatintråd antingen var en hetero & eurokromatin, som packades lika mkt till varsin kromosom. Antar att en kromatintråd både kan vara hetero & eurok. då & att dess ''egenskaper'' i form av typ av packning ej förloras bara för att det bildas en kromosom. 

Är inte helt 100 på varför du skiljer mellan kromosomer och dna. Kromosomer är väl kondenserat DNA?. Vet inte riktigt hur jag ska formulera mig. 

Det jag försökte beskriva ovan var att det är lite av en gråskala, där vissa delar är eukromatin - och för dessa är behovet av dekondensation inte så stort, eller saknas helt.

Men, reglering behövs ändå - annars kommer alla gener som finns i "uppackat" DNA att transkriberas. Och cellens behov av de olika genprodukterna kan då inte regleras. Återkommer till insulinet som exempel, det behövs massvis med mRNA som kodar för insulin och det maskineriet i cellen som frisätter insulin, så i beta-cellerna kommer det bildas massvis av mRNA - och cellen behöver bara massvis av dessa proteiner. Det går inte för cellen att bilda andra proteiner än de som verkligen behövs, det kostar för mycket resurser (aminosyror, ATP etcetera) - därför regleras genuttrycket kraftigt, men samtidigt dynamiskt.

Okej för att sammanfatta det du har nämnt, så behövs alltid reglering, men det är inte hos alla kromosomer som dekondensation är den första reglerande steget, alltså initeringen. Som du nämner, är vissa kromosomer vars gener mer exponerade av olika anledningar,  i behov av lite dekondensation eller inget alls för att kunna transkriberas. 

Hos differentierade celler kommer en stor del gener vara mer tillgängliga, vissa av dessa används mycket (för den celltypens specifika funktion kräver de proteiner som dessa delar kodar för), vissa kommer vara tillgängliga efter dekondensation (de används sällan, eller under mindre vanliga omständigheter)

Menar du här att utifrån de mer tillgängliga generna, finns det både gener som inte behöver dekondensation, då de redan är tillräckligt tillgängliga & gener som behöver lite dekondensation för att bli  '' ännu mer tillgängliga'' än vad de redan är. Alltså att du highlightar att bara för att det finns gener som är mer tillgängliga, behöver det inte betyda att alla dessa gener används lika mycket. 

Du nämner att de gener som blir tillgängliga efter dekondensation används sällan. Jag hade nog en bild av att dekondensation är väldigt vanligt. Du kanske dock syftar på just hos eukromatiner. 

Men, reglering behövs ändå - annars kommer alla gener som finns i "uppackat" DNA att transkriberas.

Sammanfattat: Det uppackande DNA:t är tillräckligt öppet & behöver ej dekondensation för att bli transkriberade - kan ske utan reglering. Skapar problem. Regleringens syfte är att ''välja'' välja ngn av dessa gener efter behov. Regleringen kan dock leda till att dekondensation ändå sker av denna gen. 

Maha20 skrev:

Sedan skiljer det sig även åt mellan olika delar av en och samma kromosom, om du tänker dig kromosomen som en lång tråd, så kommer vissa delar vara kondenserade, medans andra kommer vara mer uppackade - lite liknande att DNA i vissa delar är uppbundet/kondenserat till och bildar liknande knutar som tillsammans bara ligger stilla, och andra delar är "fria trådbitar" mellan knutarna - och till de fria bitarna kan transkriptionsmaskineriet överhuvudtaget binda in och bilda (m)RNA.

Jag förstår. Trodde som sagt att en enstaka kromatintråd antingen var en hetero & eurokromatin, som packades lika mkt till varsin kromosom. Antar att en kromatintråd både kan vara hetero & eurok. då & att dess ''egenskaper'' i form av typ av packning ej förloras bara för att det bildas en kromosom. 

Det är hela tiden en kromosom, molekylen är kromosomen. Och denna kan vara mer eller mindre kondenserad.

Som kromosomer avbildas i läroböckerna brukar vara liknande korvar, men så ser de bara ut när cellen skall dela på sig (och vid överkorsningarna). Vid celldelningen behöver kromosomerna effektivt kunna separeras och då måste de vara kondenserade. Sammanlagt skulle de helt dekondenserade kromosomerna i en av våra celler vara ca 2 meter i längd (!) om de sträcktes ut maximalt efter varandra. Och att hålla isär 2 meter DNA i den lilla cellkärnan (ca 20 mikrometer i diameter) utan att allt trasslar ihop sig går inte.

 

Är inte helt 100 på varför du skiljer mellan kromosomer och dna. Kromosomer är väl kondenserat DNA?. Vet inte riktigt hur jag ska formulera mig.

Ja det stämmer.

 

Det jag försökte beskriva ovan var att det är lite av en gråskala, där vissa delar är eukromatin - och för dessa är behovet av dekondensation inte så stort, eller saknas helt.

Men, reglering behövs ändå - annars kommer alla gener som finns i "uppackat" DNA att transkriberas. Och cellens behov av de olika genprodukterna kan då inte regleras. Återkommer till insulinet som exempel, det behövs massvis med mRNA som kodar för insulin och det maskineriet i cellen som frisätter insulin, så i beta-cellerna kommer det bildas massvis av mRNA - och cellen behöver bara massvis av dessa proteiner. Det går inte för cellen att bilda andra proteiner än de som verkligen behövs, det kostar för mycket resurser (aminosyror, ATP etcetera) - därför regleras genuttrycket kraftigt, men samtidigt dynamiskt.

Okej för att sammanfatta det du har nämnt, så behövs alltid reglering, men det är inte hos alla kromosomer som dekondensation är den första reglerande steget, alltså initeringen. Som du nämner, är vissa kromosomer vars gener mer exponerade av olika anledningar,  i behov av lite dekondensation eller inget alls för att kunna transkriberas. 

Med "initieringen" kanske du menar transkriptionen? Men DNA behöver vara dekondenserat innan de initierande proteinerna kan binda in till kromosomen. Och det sker en typ av reglering (av om generna går att komma åt) genom (de)kondensering av DNA i kromosmerna.

 

Hos differentierade celler kommer en stor del gener vara mer tillgängliga, vissa av dessa används mycket (för den celltypens specifika funktion kräver de proteiner som dessa delar kodar för), vissa kommer vara tillgängliga efter dekondensation (de används sällan, eller under mindre vanliga omständigheter)

Menar du här att utifrån de mer tillgängliga generna, finns det både gener som inte behöver dekondensation, då de redan är tillräckligt tillgängliga & gener som behöver lite dekondensation för att bli  '' ännu mer tillgängliga'' än vad de redan är. Alltså att du highlightar att bara för att det finns gener som är mer tillgängliga, behöver det inte betyda att alla dessa gener används lika mycket. 

Ja lite så. Vissa gener används oftare än andra, och även mer än andra (bildas mer mRNA från dessa per tidsenhet) - så alla gener används inte lika mycket, som jag nämnde i tidigare inlägg med exempel.

 

Du nämner att de gener som blir tillgängliga efter dekondensation används sällan. Jag hade nog en bild av att dekondensation är väldigt vanligt. Du kanske dock syftar på just hos eukromatiner. 

Men, reglering behövs ändå - annars kommer alla gener som finns i "uppackat" DNA att transkriberas.

Sammanfattat: Det uppackande DNA:t är tillräckligt öppet & behöver ej dekondensation för att bli transkriberade - kan ske utan reglering.

Reglering kan ske på fler parallella vis. (De)kondensation är en form av reglering, och inhibitorer/aktivatorer som binder till dekondenserat DNA är en annan. Lite liknande att du kan få mer ljus i rummet genom att antingen dra undan gardinerna och få in solljus eller tända lampan i rummets tak - båda sätten reglerar mängden ljus i rummet, men på olika vis.

Skapar problem. Regleringens syfte är att ''välja'' välja ngn av dessa gener efter behov. Regleringen kan dock leda till att dekondensation ändå sker av denna gen. 

Regleringen "väljer" inget, regleringen är ett sätt att påverka vilken/vilka gener som används, och hur mycket de används. Och det kan ske genom att fysiskt ändra hur DNA finns i cellen (packat/kondenserat, respektive dekondenserat/tillgängligt), samt fritt från det fysiska påverka genom aktivatorer/inhibitorer - som påverkar hur lätt RNA-polymreaset kan binda till DNA och börja bilda mRNA.

Båda sätten påverkar hur lätt det är att bilda mRNA, men det ena sättet kondensationen påverkar kromosomens struktur, och det andra sättet påverkar hur lätt det blir för enzymerna/proteinerna som binder direkt till DNA.

Med "initieringen" kanske du menar transkriptionen? Men DNA behöver vara dekondenserat innan de initierande proteinerna kan binda in till kromosomen. Och det sker en typ av reglering (av om generna går att komma åt) genom (de)kondensering av DNA i kromosmerna.

Ja i transkriptionen. Jag tänkte på att om kromosomerna redan är mindre kondenserade, så är inte det första steget av transkriptionen att dekondensera kromosomerna för att transkriptionen ska starta, utan kanske andra former av reglering behövs för att starta transk (ex inhibitorer/aktivatorer som du nämnde). I andra fall där kromosomerna är mer kondenserade, måste de dekondenseras först.

Eller rättare sagt är de kromosomer som är mindre kondenserade ändå i behov av dekondensering i vissa fall. 

Jag tror du kommer säga att det stämmer utifrån ditt svar.

Sidenote: skrev fel gällande att regleringen väljer vilka gener som uttryck, borde skrivit cellen. 

Som kromosomer avbildas i läroböckerna brukar vara liknande korvar, men så ser de bara ut när cellen skall dela på sig (och vid överkorsningarna). Vid celldelningen behöver kromosomerna effektivt kunna separeras och då måste de vara kondenserade. Sammanlagt skulle de helt dekondenserade kromosomerna i en av våra celler vara ca 2 meter i längd (!) om de sträcktes ut maximalt efter varandra. Och att hålla isär 2 meter DNA i den lilla cellkärnan (ca 20 mikrometer i diameter) utan att allt trasslar ihop sig går inte.

Vet inte varför jag har trott att kromsomerna enbart bildas inför DNA replikation, och dekondenseras sen till kromatintrådar efter dna replikationen, och att det annars är kromatintrådar i cellkärnan. Det måste vara att kromosomer kondenseras inf replkation, och dekondenseras (är frf kromosomer) som du skriver.

Utifrån mina anteckningar:

Kromatintråden packas ännu mer & blir till en kromosom inför replikation:

Under större delen av cellens liv flyter kromatintrådar fritt i cellens kärna, men när cellen förbereder sig för celldelning, blir DNA:t (kromatintrådarna) mer organiserat för att replikeras.