Transkription
Jag skulle behövs hjälp med detta - för jag känner mig rejält förvirrad av det!
Mina frågor är märka med siffror i texten jag skriver.
Kursen jag läser är på engelska, och jag kan inte alla ord på svenska, så därav mixen i texten mellan språk.
Här ser man "forward" strand - med andra ord 5' --> 3'.
Vår gen "runs on" 3' --> 5'.
1 När transkription sker, hur sker den då - vad används som template och vad används som coding strand i detta fallet? Jag är ute efter hur mRNA transkriptet ser ut - vart på det som T-DNA mutationerna hamnar (se nedan), i 5' eller 3' änden.
I bilden, där den röda pilen finns, slutar en blåfärgad låda. Där har en T-DNA "insertion" skett.
Samma sak där den svarta pilen pekar mot, en T-DNA insertion.
T-DNA är två strängat så det finns på båda strängarna av DNA, forward och reverse.
2 Vi vet att i proteinet som görs från det mRNA som bildas så i C-terminal änden så finns en CAAX3 protease domän i C-terminal änden - men vilken ände blir det, finns T-DNA mutationerna i det som blir C-term änden av proteinet?
3 Om man har ett mRNA transkript som börjar i 5' och slutar i 3', som kommer till en ribosom samt faktan att ett protein börjar i N terminal änden och att det är vad som först kommer ur ribosomen under translation. Då borde 5' änden av mRNA bli N-term av proteinet och 3' änden av mRNA bli C-term. Så om mutationerna är i 3' änden av mRNA transkriptet - då borde de eventuellt påverka CAAX domänen. Och annars så eventuellt hur proteinet sitter i membranet, då genen ger ett protein som är en membran protease. Rätt?
Jag tror att om jag får svaret på fråga "1" ovan, om hur mRNAt ser ut i förhållande till strängarna, då kanske jag kan svara själv på 2 om det jag skriver i 3 stämmer.
Hej och välkommen till Pluggaktuten!
1 När transkription sker, hur sker den då - vad används som template och vad används som coding strand i detta fallet? Jag är ute efter hur mRNA transkriptet ser ut - vart på det som T-DNA mutationerna hamnar (se nedan), i 5' eller 3' änden.
Jag förutsätter att du är bekant med i vilken riktning mRNA syntetiseras, samt den riktning som RNA polymeraset då behöver läsa av DNA-templatet. Om inte är det bra att kolla upp detta.
Svaret på din fråga beror på hur ORF ligger, samt hur DNA-sekvensen presenteras. Ofta presenteras genomiskt DNA i 5'-till-3' riktningen med (majoriteten av) ORF i samma riktning.
I vilken ände på just din eftersökta gen som T-DNA sekvensen hamnar, beror på var i ORF den hamnar. Exonerna respektive intronerna är markerade med olika färger, vilket ger viss information. Samtidigt ser det ut som att det kan finnas mer än en ORF i din bild (bl.a. sekvensen i slutet av bilden som börjar med ATG, d.v.s. starten på en kodande sekvens).
Men mest tydligt är att du har dessutom identiteten av de två annoterade generna utskrivna!
Med deras id som: AT1G142x. Med denna information kan du dessutom söka dig vidare.
2 Vi vet att i proteinet som görs från det mRNA som bildas så i C-terminal änden så finns en CAAX3 protease domän i C-terminal änden - men vilken ände blir det, finns T-DNA mutationerna i det som blir C-term änden av proteinet?
Kan du formulera om frågan, så blir den lättare att svara.
Först, 1: jag förstår tyvärr inte ditt svar på min fråga...
mRNA syntiseras i 5' --> 3'. Polymeraset "klättrar" längst template 3' --> 5'.
Men det är för en gen som "run on" forward strand.
Om genen är på andra, reverse strand, och polymeraset syntiserar i 5' --> 3' får jag inte ihop det...
taygourn skrev:Först, 1: jag förstår tyvärr inte ditt svar på min fråga...
mRNA syntiseras i 5' --> 3'. Polymeraset "klättrar" längst template 3' --> 5'.
Ja precis.
Men det är för en gen som "run on" forward strand.
Vet inte vad du menar med detta "run on" då det verkar tagit ur sitt sammanhang. Har du texten på engelska skulle nog andemeningen vara tydligare....
Om genen är på andra, reverse strand, och polymeraset syntiserar i 5' --> 3' får jag inte ihop det...
Det går så klart det med, men då blir riktningen på ORF motsatt. Om polymeraset läser 3'-5' på DNAs forward strand, läses DNA i just denna riktning, som då överensstämmer med hur genen kodar för t.ex. ett protein. Och vice versa om polymeraset läser från reverse strand.
Just att det är utmärkt i bilden "forward" anger i vilken riktning ORF ligger, d.v.s. i samma riktning som DNA 5'-till-3'. Titta även på de "translation start/stop" som är markerade, så borde du hitta svaret på din fråga 1.
