sucralose-nedbrytning
Hej!
Fick en uppgift där vi ska tänka ut hur man kan isolera E. coli som kan bryta ned sucralose, i en lösning med många strains av E. coli. Vi skulle inte beskriva en sekvenseringsmetod. Hur kan man då göra? Tänker att man kanske kan göra något med odling på speciella agarplattor, men det känns ganska ineffektivt.
Förmågan att bryta ner sucralos är inget som E. coli kan göra generellt, vilket kan utnyttjas under selektionen.
Du kan föreslå ett ganska enkelt experiment, motsvarande agarplattorna, som kommer vara effektivt. Selektion av mikroorganismer utifrån deras fenotyper görs fortfarande, t.ex. inom forskning och diagnostik.
mag1 skrev:Förmågan att bryta ner sucralos är inget som E. coli kan göra generellt, vilket kan utnyttjas under selektionen.
Du kan föreslå ett ganska enkelt experiment, motsvarande agarplattorna, som kommer vara effektivt. Selektion av mikroorganismer utifrån deras fenotyper görs fortfarande, t.ex. inom forskning och diagnostik.
Du säger fenotyp, men förstår inte exakt vad du menar. Hittar ingenstans att bakterierna exempelvis ändrar färg eller så vid nedbrytning av sucralos. Hur exakt skulle ett sådant experiment genomföras? Hittar inga källor på det, oavsett med eller utan agarplatta.
Det finns nog inte några klara källor för detta experiment, men det finns garanterat företag som undersökt detta, även om de inte publicerat resultaten. Sukralosen bryts generellt inte ned, vilket gör att den bioackumuleras och är/blir på sikt ett miljögift. Och en organism som kan bryta ner sukralos skulle vara ett effektivt sätt att lösa detta problem.
Din beskrivning av fenotyp är lite för snäv, begreppet innefattar mer än det rent visuella. Ofta används under undervisning klara visuella effekter som tecken på fenotyp, just för att studenterna kan se det direkt, färgen på en blommas blad eller liknande. En exempel på fenotyp, som du nog stött på är en bakteries förmåga att överleva antibiotika, genom resistens. Då motsvarar resistensen mot antibiotikan en fenotyp.
Så om du selekterar för överlevnad tillsammans med sukralos, kan du effektivt välja bort de strängar av E. coli som inte klarar av att leva på sukralos - och den/de strängar som klarar av att bryta ner sukralos.
mag1 skrev:Det finns nog inte några klara källor för detta experiment, men det finns garanterat företag som undersökt detta, även om de inte publicerat resultaten. Sukralosen bryts generellt inte ned, vilket gör att den bioackumuleras och är/blir på sikt ett miljögift. Och en organism som kan bryta ner sukralos skulle vara ett effektivt sätt att lösa detta problem.
Din beskrivning av fenotyp är lite för snäv, begreppet innefattar mer än det rent visuella. Ofta används under undervisning klara visuella effekter som tecken på fenotyp, just för att studenterna kan se det direkt, färgen på en blommas blad eller liknande. En exempel på fenotyp, som du nog stött på är en bakteries förmåga att överleva antibiotika, genom resistens. Då motsvarar resistensen mot antibiotikan en fenotyp.
Så om du selekterar för överlevnad tillsammans med sukralos, kan du effektivt välja bort de strängar av E. coli som inte klarar av att leva på sukralos - och den/de strängar som klarar av att bryta ner sukralos.
Ja, men hur skulle det praktiskt gå till? Om jag har en agarplatta med hög koncentration sucralose, kommer celler som inte kan bryta ned det att dö då i rätt sucralose-koncentration?
Det kan vara ett sätt, att selektera för tolerans för sukralos. Men, risken finns att även strängar som t.ex. kan pumpa ut sukralosen (och på så vis få en mindre mängd i cellen, och därmed överleva), faktiskt inte kan bryta ner sukralosen - endast förhindra att organismen förgiftas.
Titta närmare på molekylen, vad består den av? Innehåller den något som t.ex. en bakterie kan ha nytta av? Nedbrytning av sukralos, ger mindre delar, som kanske kan användas i bakteriens egen metabolism.
mag1 skrev:Det kan vara ett sätt, att selektera för tolerans för sukralos. Men, risken finns att även strängar som t.ex. kan pumpa ut sukralosen (och på så vis få en mindre mängd i cellen, och därmed överleva), faktiskt inte kan bryta ner sukralosen - endast förhindra att organismen förgiftas.
Titta närmare på molekylen, vad består den av? Innehåller den något som t.ex. en bakterie kan ha nytta av? Nedbrytning av sukralos, ger mindre delar, som kanske kan användas i bakteriens egen metabolism.
Asså det skulle kunna omvandlas till glukos men det finns klor.
Hur som helst, förstår inte hur man skulle kunna selektera bakterier på sättet som du anger.
Det är en glukosanalog, så om sukralos kan brytas ner till mindre delar och kloratomerna kan klyvas bort, kan de bildade delarna användas på precis samma vis som nedbrytningsprodukter från glukos (glycerol, ättiksyra m.m.).
Men, om en organism inte kan klyva bort kloret, så kan inte sukralos användas som näringsämne...
mag1 skrev:Det är en glukosanalog, så om sukralos kan brytas ner till mindre delar och kloratomerna kan klyvas bort, kan de bildade delarna användas på precis samma vis som nedbrytningsprodukter från glukos (glycerol, ättiksyra m.m.).
Men, om en organism inte kan klyva bort kloret, så kan inte sukralos användas som näringsämne...
Ja asså det molekylära förstår jag, men hur detekteras sådana kolonier?
Hur skulle du detektera kolonier generellt?
mag1 skrev:Hur skulle du detektera kolonier generellt?
Med PCR/gensekvensering, men vi får ju inte använda det i denna uppgift.
villsovaa skrev:mag1 skrev:Hur skulle du detektera kolonier generellt?
Med PCR/gensekvensering, men vi får ju inte använda det i denna uppgift.
Nej kolonier detekteras inte så.
Genotyper etcetera kan identifieras m.h.a. de metoder du skrev.
mag1 skrev:villsovaa skrev:mag1 skrev:Hur skulle du detektera kolonier generellt?
Med PCR/gensekvensering, men vi får ju inte använda det i denna uppgift.
Nej kolonier detekteras inte så.
Genotyper etcetera kan identifieras m.h.a. de metoder du skrev.
Jaha men då tittar man på vilka kolonier som lever på plattan.
Ja precis, kolonierna motsvarar en klon/variant som delar sig.
mag1 skrev:Ja precis, kolonierna motsvarar en klon/variant som delar sig.
Ok så man har en agarplatta med sukralos (och inga andra näringsämnen) och de E. coli som överlever formar kolonier och kan bryta ned ämnet, eller?
Ja i princip så kan du göra så, men du behöver även tillsätta de näringsämnen/joner som bakterien behöver, för sukralos innehåller inte samtliga ämnen bakterien behöver för att överleva och dela sig.
mag1 skrev:Ja i princip så kan du göra så, men du behöver även tillsätta de näringsämnen/joner som bakterien behöver, för sukralos innehåller inte samtliga ämnen bakterien behöver för att överleva och dela sig.
Okej tack!
