shRNA och PTEN
Effekten av två olika shRNA riktat mot transkriptionsfaktorn SRF (sh-SRF#1 och sh-SRF#2), jämfört med kontroll-shRNA (sh-kontroll), på PTEN:s protein-nivå visas i bifogad figur. Forskarna mätte även effekter på PTEN-mRNA, som visade sig inte påverkas av shRNA mot SRF (visas ej i figur).
Vilken av följande hypoteser angående SRF:s funktion förklarar bäst fynden?
1. SRF stimulerar uttrycket av ett PTEN-ubikvitinligas
2. SRF hämmar transkription av PTEN-genen
3. SRF stimulerar transkription av ett miRNA som är komplementärt till PTEN-genen
4. SRF hämmar transkription av ett miRNA som är komplementärt till PTEN-genen
Rätt svar här är 4, men jag förstår inte riktigt varför. Om jag tolkat grafen rätt minskar PTEN-uttrycket med shRNA 1 och 2. shRNA hämmar i sin tur uttrycket av SRF, som är en transkriptionsfaktor för PTEN. I så fall hade man ju kunnat läsa sig till svaret på frågan utan att se grafen, eftersom miRNA hämmar PTEN genen, och om SRF ska stimulera PTEN borde SRF hämma PTENs hämmare. Eller är jag helt ute och cyklar?
Uppgiften är lite lurig, och svaret 4. kräver att man håller reda på alternativen, som de olika RNA-varianterna kan ha på genuttrycket, och proteinbildningen.
Rätt svar här är 4, men jag förstår inte riktigt varför. Om jag tolkat grafen rätt minskar PTEN-uttrycket med shRNA 1 och 2.
Nej du kan inte från grafen påstå att (gen)uttrycket påverkas. För det som visas är mängden bildat protein.
Och i frågan framgår det att PTEN-mRNA nivåerna var konstanta. Så den minskade proteinbildningen beror på något annat än mängden bildat PTEN-mRNA.
shRNA hämmar i sin tur uttrycket av SRF, som är en transkriptionsfaktor för PTEN.
Nja, hur vet du att SRF är en transkriptionsfaktor för PTEN? (Det kan vara så, d.v.s. att du redan vet detta, men det framgår inte i uppgiften att SRF är en TF för PTEN-genen).
Alternativet 4 anger att SRF påverkar på ett annat vis.
Fastnar du kan du alltid prova att gå baklänges, från den minskade koncentrationen av det bildade PTEN-proteinet, och bakåt.
