Sense i genomet hos virus och människor
Jag har några frågor angående sense/antisense i DNA och hur detta förhåller sig hos människor och virus:
1. I min lärobok så skriver man bland annat att på mtDNA hos människan så är H-strängen template för ett visst antal gener och L-strängen template för några andra gener. Om samma princip gäller för det nukleära humana genomet, så tolkar jag det som att alla de sekvenser som kodar för någon typ av RNA sitter inte på samma sträng inom en kromosom, utan en DNA-sträng är både template och non-template med avseende på olika delar/sekvenser av strängen. Därmed borde också sense/antisense skifta inom en DNA-sträng (eftersom sense motsvarar nontemplate). Stämmer detta?
2. Om det nu är så att det skiftar inom en sträng om den är template och nontemplate, så undrar jag hur det blir med sense och antisense hos virus. För när jag har läst om virus och dess sense, så beskrivs det t.ex. som (+)ssRNA, d.v.s. det låter som att hela strängen då är (+) (d.v.s. sense)? Är det så hos virus, att den ena strängen (vare sig det gäller DNA eller RNA) antingen helt är (+) eller helt (-)? Och att det därmed skiljer sig från människan?
3. När virusgenomet kommer in i värdcellen och måste göra om sitt genom till (+)RNA, skapas det då en enda (+)RNA, d.v.s. en enda lång mRNA-molekyl som motsvarar hela genomet, som sedan translateras till proteiner? För hos människan transkriberas ju inte alla gener samtidigt, men om det ska bildas en (+)RNA-molekyl (som sedan också kan användas för att replikera genomet) så måste det ju bara bildas en enda lång mRNA/(+)RNA?
1. Ja, vilket som är sense/antisense för en transkriberad del av DNA, är inte samma utan skiftar. Och i vissa genom, f.f.a. virus, finns det överlappande ORF inom samma sekvens av genomet.
2. Hela arvsanlaget hos RNA-virus anges som (+) eller (-), vilket anger vilken av (anti)sense som sekvensen är i, när det är i arvsanlaget. Så ja +/- anger (anti)sense för hela strängen/genomet. Där positive-sense RNA direkt kan användas för translationens proteinsyntes, och negative-sense först måste translateras till rRNA.
3. Antar att du här syftar på ett virus med negativ-sense RNA genom, så jag svarar utifrån detta antagande. För att duplicera genomet skapas först en positive-sense RNA sträng, som då motsvarar mRNA för translation av virala proteiner, samt används som templat för att bilda kopior av virusets negetive-sense RNA genom.
Gällande vilka proteiner som translateras till protein, beror mängden av de respektive proteinerna på flera faktorer. Vissa virus har med egna repressorer, som kan nedreglera proteinutrycket av t.ex. proteiner som krävs för lysogeni (lysering av värdcellen), för dessa proteiner behövs bara i slutet av replikationscyklen, d.v.s. inte under tidigare faser när genomet kopieras och kapsel/yt-proteiner bildas.
det på vilken promotor som används
