Rscb
Hej jag ska undersöka med hjälp av data baserna insr insulin receptor och egfr hos organismerna: Mus musculus, Homosapiens och Drosophila melanogaster (bananfluga):
Hur ska jag veta arternas släktskap?
Hur ska jag även veta skillnader och likheter mellan organismerna?Vad gäller proteinernas samspel med andra genprodukter och cellbiologiska roll?
Ett protein/gen som finns hos flera organismer kan undersökas på lite olika vis. Du skriver om att du vill få reda på skillnader och likheter, mellan organismerna. För att får reda på skillnader/likheter behöver du på något vis jämföra proteinerna (t.ex. sekvens, struktur, interaktionspartner) och/eller generna (sekvens f.f.a.).
Arternas släktskap kan du beskriva med t.ex. likheter, men även utifrån hur nära släkt vi är genetiskt (d.v.s. hur lite generna skiljer sig mellan arterna).
Proteinernas samspel och biologiska roll, går att läsa sig till, båda dessa receptorer är väl beskrivna.
Slutligen skulle titeln till din tråd kanske varit "RCSB", som i en av grenarna i Protein Data Bank? Är det den som är en av "databaserna" du nämnde i frågan?
Jag har tagit fram olika delar som deras struktur, olika antal atomer, antal proteinkedjor, olika klacificeringar, hur kan jag börja analysera?
Jag har även svårt med att koppla ihop gener och proteiner dvs hur ska jag veta hur många aminosyror det finns eller vilken av organismerna är beroende av ATP. En annan fråga är vad kan kilodalton hjälpa mig med? Jag tog fram olika siffror men vet ej vad jag ska förklara utav de,
Tack för hjälpen förresten.
Analysen kan bli i princip hur detaljerad som helst, och uppgiften skulle även kunna ges på en universitetskurs (men då med högre krav på svaret, jämfört med Ke2).
Vilka databaser är det som du tänkte använda för att analysera skillnader mellan arternas versioner av proteinerna? Databaser och analysverktyg finns det en hel del av, men det är lite svårt att veta hur mycket ni har gått igenom.
Du kan jämföra de parametrar du nämnde (antal atomer, eller aminosyrarester, proteinkedjor, mono-/dimer), kanske i en tabellform, eller i text där du kommenterar likheter och skillnader.
Massan för proteiner brukar anges i enheten Da (Dalton), som är precis samma som "u", vilket du känner igen som atommassenheten. I och med att proteinerna i allmänhet består av så många atomer, är enheten kiloDalton (kD) vanligare.
Antalet aminosyror som proteinet består av kan du antingen söka fram (med sökord som t.ex.: human egrf receptor number residues). Eller så kan du leta rätt på genen och se hur många baspar den består av, och sedan översätta det till aminosyror. Med detta är dock lite knepigare för det finns både proteinkodande delar av genen (de s.k. exonerna) och delar av genen som "klipps bort" när mRNA görs i ordning för translationen (de s.k. intronerna), så du kan då endast räkna med exonerna.
För att få reda på om en av receptorerna använder ATP, kan läsa på och se vad som sker när receptorn aktiveras av att ligand (t.ex. insulin) binder. Vad gör receptorn när den aktiverats? Sker det kanske en fosforylering (d.v.s. att en fosfatgrupp adderas till en aminosyrarest i receptorn, eller ett annat protein?), i så fall kan du misstänka att proteinet använder ATP som källa till fosfatgruppen. (Utnyttjandet av ATP brukar kunna förutspås från proteinets aminosyrasekvens, och finns beskrivet i databaser om proteiner, som t.ex. UniProt - här är förresten en länk till den mänskliga sidan om egrf :https://www.uniprot.org/uniprot/P00533).
