Restriktionsenzym
En simpel fråga, men kommer inte fram till något när jag söker, varför är klistriga ändar än parallella ändar?
Det saknas nog ett ord i din fråga, som den ser ut nu är det lite oklart vad du undrar om.
när restriktionsenzym klipper upp DNA finns det två former av ändar som kan bildas klistriga och pararella ändar, varför är klistriga ändar än parallella ändar?
Du skriver "varför är klistriga ändar än parallella ändar". Det är där det saknas ett ord! Ska det vara:
"varför är klistriga ändar vanligare än parallella ändar"
"varför är klistriga ändar bättre än parallella ändar"
"varför är klistriga ändar sämre än parallella ändar"
"varför är klistriga ändar grönare än parallella ändar"
eller något helt annat?
oj det ska stå bättre än
Man använder ju ofta restriktionsenzym för att klippa två DNA-strängar som man vill sätta ihop, till exempel en gen och en plasmid. Har man "sticky ends" kan man klippa med två olika enzymer och få bättre specificitet. Kolla på bilderna här (översta bilden på varje sida):
https://en.wikipedia.org/wiki/Molecular_cloning
http://www.addgene.org/mol-bio-reference/cloning/
Genom att man klippt med två olika restriktionsenzym får man två olika ändar, som bara kan paras ihop på rätt sätt (svårt att förklara, men som sagt - kolla på bilderna).
Fråga igen om det är något du inte förstår!
Om klistriga ändar är bättre än trubbiga ändar (mer vanligt namn för de du kallar parallella) beror på vad du vill skall ske under din kloning. I vissa falla är trubbiga ändar att föredra, men vid kloning av t.ex. en gen in i en annan DNA molekyl (plasmid etcetera) så:
Klibbiga ändar har en bit enkelsträngat DNA som kan baspara med en komplementär DNA sekvens på den biten DNA du vill klona in genen i (förutsatt att den har komplementärt DNA). Dessa komplementära delar basparar vid rätt förhållanden, och kan endast göra det på ett sätt. Efter att DNA bitarna basparat behöver energi tillföras för att separera dem, de klibbar ihop med varandra. Efter detta behöver bara DNA bitarna ligeras ihop (=skapa de saknade fosfodiesterbindingarna, så att genen kovalent är bunden inuti den andra DNA biten, både övre och undre strängen).
Det är betydligt lägre sannolikhet att lyckas vid ligering med trubbiga ändar. Detta då trubbiga ändar till skillnad från klibbiga ändar inte han "hitta varandra" och baspara själva. Istället behövs ytterligare arbete från ligaset som behöver; hitta, sammanföra och ligera två fria DNA molekyler. Det sker helt enkelt inte lite lätt.
