Proteiners struktur

Hej loglady!

Jag har en fråga om proteiners struktur.

De kan ju binda olika och få exempelvis beta- och alfastruktur. Detta antar jag beror på aminosyrornas sidokedjor, men vad är det som avgör om de får beta eller alfastruktur exakt?

Nej, om det bildas betaflak eller alfahelixar beror först och främst på aminosyrasekvensen (som allt annat i proteiner, primär=>sekundär=>tertiär struktur). Antaganden är alltid vanskliga....

Har du tittat på hur aminosyraresterna bildar bindningar i betaflak och alfahelixar? Sidokejdorna är inte alls involverade i de vätebindningar som uppstår, ta en titt på R-grupperna (sidokejdorna) i figuren nedan:

Jaha, tack så mycket för hjälpen! Jag har aldrig tittat på dem så nära då vår lärobok inte tar upp just det, men det var ju väldigt intressant. 

Det enda vår lärobok tar upp i detalj är när det bildas disulfidbryggor i proteiner, och då är det cysteinrester i sidokedjor som reagerar med varandra. 

Men okej, det beror alltså på aminosyrasekvensen. Hur fungerar det då, mer exakt? Jag menar, alla aminosyror ser vid alfakolet likadana ut, en aminogrupp och en karboxylgrupp. Det enda som skiljer de åt är just sidokedjorna. Så om det inte är sidokedjorna som avgör vilken struktur ett protein får, vad är det då i aminosyrasekvensen som gör strukturen olika?

Hoppas du förstår vad jag menar.

loglady skrev:

Jaha, tack så mycket för hjälpen! Jag har aldrig tittat på dem så nära då vår lärobok inte tar upp just det, men det var ju väldigt intressant. 

Det enda vår lärobok tar upp i detalj är när det bildas disulfidbryggor i proteiner, och då är det cysteinrester i sidokedjor som reagerar med varandra. 

Men okej, det beror alltså på aminosyrasekvensen. Hur fungerar det då, mer exakt? Jag menar, alla aminosyror ser vid alfakolet likadana ut, en aminogrupp och en karboxylgrupp. Det enda som skiljer de åt är just sidokedjorna. Så om det inte är sidokedjorna som avgör vilken struktur ett protein får, vad är det då i aminosyrasekvensen som gör strukturen olika?

Hoppas du förstår vad jag menar.

Sidokedjorna påverkar hur aminosyraresten kan interagerar med andra rester bredvid (i sekvensen) och i omgivningen (som i alfahelixar och betaflak), så på ett sätt beror det på sidokedjorna även om just sidokedjorna inte ger upphov till de vätebindingar som skapar/håller ihop alfahelixar och betaflak. Det som avgör vilken sorts sekundärstruktur det blir av en bit aminosyrarester (alfahelix eller betaflak), är dessa aminosyraresternas egenskaper tillsammans. Vissa kombinationer ger alfahelix andra ger betaflak - det räcker med att några byts ut för att skifta från alfahelix till betaflak och vice versa.

Jaha okej, då förstår jag. 

Tack så oerhört mycket för hjälpen!