Proteiner och aminosyror (Kemi/Kemi 2)

Svaret blir hur många nukleotider som kodar för proteinet. Du vet nog kur många nukleotider som det krävs för att i DNA koda för en aminosyra, så då vet du hur många gånger fler nukleotider det går åt.

Då saknar du bara antalet aminosyror (som du kan räkna om till antalet nukleotider) - men du har totalmassan 5500 u och massan för en genomsnittlig aminosyra 110 u, så då blir det bara att dela eller hur?

mag1 skrev:
Svaret blir hur många nukleotider som kodar för proteinet. Du vet nog kur många nukleotider som det krävs för att i DNA koda för en aminosyra, så då vet du hur många gånger fler nukleotider det går åt.

Då saknar du bara antalet aminosyror (som du kan räkna om till antalet nukleotider) - men du har totalmassan 5500 u och massan för en genomsnittlig aminosyra 110 u, så då blir det bara att dela eller hur?

Det blir ju 50 aminosyror men jag hänger inte med hur jag därifrån får antalet nukleotider?

Yasaman skrev:
mag1 skrev:
Svaret blir hur många nukleotider som kodar för proteinet. Du vet nog kur många nukleotider som det krävs för att i DNA koda för en aminosyra, så då vet du hur många gånger fler nukleotider det går åt.

Då saknar du bara antalet aminosyror (som du kan räkna om till antalet nukleotider) - men du har totalmassan 5500 u och massan för en genomsnittlig aminosyra 110 u, så då blir det bara att dela eller hur?

Det blir ju 50 aminosyror men jag hänger inte med hur jag därifrån får antalet nukleotider?

Vänta blir det 50 x 3 = 150 nukleotider då det krävs 3 nukleotider för varje aminosyra?

Vänta blir det 50 x 3 = 150 nukleotider då det krävs 3 nukleotider för varje aminosyra?

Ja!

Smaragdalena skrev:

Vänta blir det 50 x 3 = 150 nukleotider då det krävs 3 nukleotider för varje aminosyra?

Ja!

Hej, hade problem med samma uppgift och hittade denna tråden. Jag kom också fram till att det skulle vara 150 nukleotider vilket isåfall skulle motsvara 150 x 300 = 45 000 u. I DNA-molekylen är det två strängar så då blir det 45 000 x 2= 90 000 - Detta stämmer inte enligt facit.

Facit skriver att antalet nukleotider i DNA-biten är: 2( 3 + 3x50 + 3) = 312.
Molekylmassan blir då: 312x300 = 93 600u

Förstår inte varför de adderar in 3 (x2) ?

Tänk på hur transkriptionen sker. Översätts alla nukleobaserna i mRNA till aminosyror?

mag1 skrev:
Tänk på hur transkriptionen sker. Översätts alla nukleobaserna i mRNA till aminosyror?

Tänker du på splitsning, när introner klipps bort och exonerna bildar mRNA-sekvensen? Men hur vet jag hur många exoner respektive introner som genen har?

alose1 skrev:
mag1 skrev:
Tänk på hur transkriptionen sker. Översätts alla nukleobaserna i mRNA till aminosyror?

Tänker du på splitsning, när introner klipps bort och exonerna bildar mRNA-sekvensen? Men hur vet jag hur många exoner respektive introner som genen har?

Du kan inte ha en aning om introner och splitsning, det stämmer.

Men alla mRNA transkript som skall användas av ribosomen för att bilda protein har ett stoppkodon, som inte översätts till den bildade polypeptiden.

mag1 skrev:
alose1 skrev:
mag1 skrev:
Tänk på hur transkriptionen sker. Översätts alla nukleobaserna i mRNA till aminosyror?

Tänker du på splitsning, när introner klipps bort och exonerna bildar mRNA-sekvensen? Men hur vet jag hur många exoner respektive introner som genen har?

Du kan inte ha en aning om introner och splitsning, det stämmer.

Men alla mRNA transkript som skall användas av ribosomen för att bilda protein har ett stoppkodon, som inte översätts till den bildade polypeptiden.

Ahaa, juste, det hade jag helt glömt! Gäller detta också för startkodonet då? Eftersom de adderar 3x2 nukleotider per kedja.

Ja, startkodonet kan vara den andra tripletten som saknas, vilket även skulle stämma med hur det var skrivet i facit med 3 innan och 3 efter de 3x50 för proteinet.

Startkodonet, som kodar för metionin, översätts dock och bildar den första aminosyraresten i den syntetiserade polypeptiden. Men i vissa fall klyvs denna metioninrest bort, och återanvänds till t.ex. nästa proteinsyntes, den kopplas helt enkelt på nytt till sitt tRNA. Detta sker oftare i vissa organismer, och beroende på cellens tillgång på bl.a. svavelämnen.

Anledningen till att cellen återanvänder metionin är att energikostnaden för cellen att bilda aminosyran metionin är hög, t.o.m. högre för en genomsnittlig aminosyra (p.g.a. reaktionerna som krävs för att aktivera och sedan addera svavelatomen sidokedjan), samt att tillgången på svavel(ämnen) kan vara begränsad för cellen.

mag1 skrev:
Ja, startkodonet kan vara den andra tripletten som saknas, vilket även skulle stämma med hur det var skrivet i facit med 3 innan och 3 efter de 3x50 för proteinet.

Startkodonet, som kodar för metionin, översätts dock och bildar den första aminosyraresten i den syntetiserade polypeptiden. Men i vissa fall klyvs denna metioninrest bort, och återanvänds till t.ex. nästa proteinsyntes, den kopplas helt enkelt på nytt till sitt tRNA. Detta sker oftare i vissa organismer, och beroende på cellens tillgång på bl.a. svavelämnen.

Anledningen till att cellen återanvänder metionin är att energikostnaden för cellen att bilda aminosyran metionin är hög, t.o.m. högre för en genomsnittlig aminosyra (p.g.a. reaktionerna som krävs för att aktivera och sedan addera svavelatomen sidokedjan), samt att tillgången på svavel(ämnen) kan vara begränsad för cellen.

Ja, det är den enda förklaringen jag kan komma på till uträkningen i facit... Men, om startkodonet skall räknas med eller inte känns lite överkurs, inget jag har stött på i kursen eller läst i boken. I denna uppgiften skulle jag alltså egentligen inte kunna veta om startkodonet översätts eller inte? Är det mest förekommande att den översätts?

Det känns absolut som överkurs för Ke2, snarare något som skulle ingå i en biokemikurs på universitetsnivå. Och som du skrev, kan du inte avgöra om metioninet finns med eller inte.

Metioninet översätts hela tiden, för metionet bundet till dess tRNA behöver baspara i ribosomen med ATG-sekvensen, som anger att här börjar proteinsekvensen.

I vissa fall finns även en signalsekvens med (som t.ex. gör att proteinet bildas in i ER, för transport ut ur cellen). Och denna signalsekvens klyvs bort, ofta tillsammans med metioninen. Annars kan metioninen klyvas bort ändå (av en speciell typ av enzym, metioninaminopeptidas), och avgörande för om metioninen klyvs bort är sekvensen av aminosyror som följer efter metioninen. Och klyvningen av den första metioninen sker i alla typer av organismer.

mag1 skrev:
Det känns absolut som överkurs för Ke2, snarare något som skulle ingå i en biokemikurs på universitetsnivå. Och som du skrev, kan du inte avgöra om metioninet finns med eller inte.

Metioninet översätts hela tiden, för metionet bundet till dess tRNA behöver baspara i ribosomen med ATG-sekvensen, som anger att här börjar proteinsekvensen.

I vissa fall finns även en signalsekvens med (som t.ex. gör att proteinet bildas in i ER, för transport ut ur cellen). Och denna signalsekvens klyvs bort, ofta tillsammans med metioninen. Annars kan metioninen klyvas bort ändå (av en speciell typ av enzym, metioninaminopeptidas), och avgörande för om metioninen klyvs bort är sekvensen av aminosyror som följer efter metioninen. Och klyvningen av den första metioninen sker i alla typer av organismer.

Okej, nu börjar du tappa mig hahaha.. Vad skulle du säga är förklaringen till varför dom adderar 3x2 då? Finns det någon annan förklaring än att den ena skulle stå för ett startkodon och den andra stoppkodon? Känns så otroligt krångligt för en uppgift i kemi 2 där det också saknas förklaring i facit..

Sorry inte meningen att tappa dig, kanske gick lite längre med förklaringen än vad som behövdes.

Jag skulle säga att start- och stopp-kodonen är förklaringen till de 3x2 nukleotidbaserna som saknades.

mag1 skrev:
Sorry inte meningen att tappa dig, kanske gick lite längre med förklaringen än vad som behövdes.

Jag skulle säga att start- och stopp-kodonen är förklaringen till de 3x2 nukleotidbaserna som saknades.

Inga problem :) Okej toppen, tack för all hjälp!

Varsågod, kul att det hjälpte!