pi-stacking är det verkligen något?
Tjenare, har läst runt lite om pi-stacking men är inte helt hundra på vad det är och ifall det ens är ett fenomen. Skulle behöva lite bekräftelse och en förklaring om det skulle gå. Men det jag har kommit fram till hittills är att pi-stacking tydligen är ett fenomen som sker mellan kvävebaserna mellan DNA, inte som väte bindningar utan mellan varje baspar. Min fråga är: är detta verkligen ett fenomen? Hur fungerar det om det är?
Pi-stacking är absolut ett kemiskt fenomen, rent av en attraherande icke-kovalent kraft mellan aromatiska ringar, och kvävebaserna i DNA är inte alla aromatiska men innehåller alla pi-bindningar. Bakgrunden till varför detta går är baserat på just pi-bindingarna. Två DNA-baser (eller aromatiska grupper) som har pi-bindingar i själva basen, kan skapa icke-kovalenta pi-interaktioner med andra pi-bundna grupper. Och om de båda är aromatiska kallas denna typ av pi-interaktion för just pi-stacking (bilden nedan från wikipedia).
DNA-baserna bilar vätebindningar i ett plan mellan strängarna (2-3 vätebindningar per plan). Samtidigt kan de enskilda baserna bilda både sandwich och parallel-displaced bindningar med baserna som ligger 1 bas före (-1), respektive 1 bas efter (+1) i samma sträng.
Pi-stacking interaktionerna stabiliserar DNA genom att baserna i en sträng ordnar sig likt kort i en kortlek och då roterar inte heller baserna utan ligger hellre still. Samtidigt vätebinder baserna mellan strängarna, från motsvarande kortets sida. Så tillsammans hålls DNA ihop genom många vätebindningar som vill hållas i ett plan, och baserna som utgör dessa plan interagerar med -1 och +1 baserna ur sin egen sträng (och motsvarande på andra strängen så klart).
