Pentapeptid

Blir inte nettoladdningen +1? Utan att ha kollat upp det närmare låter det rimligt att de två basiska sidokedjorna är positivt laddade medan den sura är negativt laddad.

Teraeagle skrev :

Blir inte nettoladdningen +1? Utan att ha kollat upp det närmare låter det rimligt att de två basiska sidokedjorna är positivt laddade medan den sura är negativt laddad.

Nej, då histidin kommer att deprotonera en positiv laddning från sin sidokedja, däremot kommer lysin vara positivt laddad då sidokejans pKa = 10,5 (hade missat den delen) men den negativa laddningen från Asp och den positiva laddningen från Lys kommer väl att leda till en total laddning på 0 (oladdad) för hela pentapeptiden?

Ett annat alternativ är att man räknar in N-terminalen som en basisk del från en aminosyrarest, vilket skulle innebära att nr 3 är rätt. Vet du vad svaret ska vara? Inte glömt något alternativ?

Teraeagle skrev :

Ett annat alternativ är att man räknar in N-terminalen som en basisk del från en aminosyrarest, vilket skulle innebära att nr 3 är rätt. Vet du vad svaret ska vara? Inte glömt något alternativ?

Det finns inte något facit till dessa instuderingsfrågor och dessa är alla alternativ man har.

1. Kan man räkna N-terminalen av en icke aminogrupp? 

2. Men så länge det finns andra alternativ som att använda Asp som N-terminal och Met som C-terminal så är det väl inte helt korrekt att detta påstående är rätt? Frågan är ju formulerad:

"Vilket påstående om pentapeptiden Asp-Ser-Lys-His-Met är helt korrekt?"

Nej, jag håller med om att de inte finns något självklart alternativ som är rätt. Möjligen skulle man kunna säga att de "tre basiska aminosyraresterna" är sidokedjorna på His och Lys, samt N-terminalen på Asp.

Teraeagle skrev :

Nej, jag håller med om att de inte finns något självklart alternativ som är rätt. Möjligen skulle man kunna säga att de "tre basiska aminosyraresterna" är sidokedjorna på His och Lys, samt N-terminalen på Asp.

En dum fråga till:

Märkte nyligen att pH-värdet ej är specificerat i uppgiften, dvs det behöver väl inte vara fysiologisk pH värde? Eller ska man anta att det är det då påstående 4 tar upp fysiologisk pH?

Följdfråga: Hur ska man tänka då att pH värdet ska vara då det spelar stor roll på svaret med hänsyn till de olika pKa värden?

pH-värdet spelar bara roll när man ska ta reda på nettoladdningen, där det uttryckligen står fysiologiskt pH.

Teraeagle skrev :

pH-värdet spelar bara roll när man ska ta reda på nettoladdningen, där det uttryckligen står fysiologiskt pH.

Men man kan ju inte svara på påstående 3 "Peptiden innehåller tre basiska aminosyrarester" om man inte vet pH?

En basisk aminosyra har möjlighet att ta upp H+ via sin sidokedja. Det är en egenskap som är oberoende av pH, även fast den inte alltid gör det. Det är egenskapen som räknas, inte huruvida det faktiskt sitter ett extra H+ där. Sen kan man välja att tolka frågan som att "basisk aminosyrarest" även innefattar N-terminalen, som ju också har möjlighet att ta upp H+. Personligen tycker jag att det är ett långsökt svar, men ser inte vad som annars skulle vara "helt korrekt".

Kan man tänka istället att Metionin gör hela pentapeptiden opolär (man har ju ingen specifik pH på de andra påståenden)?

Nja, om fyra av fem aminosyror är polära borde det även gälla för peptiden som helhet.

N-terminalen på Asp kan ju endast avge en väteproton och gå från NH3+ till NH2, hur kan då N-terminalen vara basisk?

Som jag skrev tidigare: det är egenskapen att ta upp H+ som gör något basiskt. N-terminalen är normalt sett den basiska -NH2, vilken i det här fallet har tagit upp en H+ och bildat -NH3+. Man kan inte bara titta på -NH3+ och säga att N-terminalen saknar basegenskaper.