Molär extinktionskoefficient, faktorer
Hej, jag ska svara på frågan:
1. Vid absorbansmätning används ofta den molära extinktionskoefficienten. Hur beräknar man den teoretiska extinktionskoefficienten för ett protein och vad är den viktigaste orsaken till att den oftast inte stämmer helt överens med den verkliga extinktionskoefficienten? (2p)
Jag är inte så säker på den andra frågan. Jag har ett vagt minne om att vår lärare sagt att den omedelbara omgivningen (lösningsmedel och andra sidokedjor) kring en aminosyra (tryptofan, fenylalanin och tyrosin) kan ha stor påverkan på dess fluorsecenta egenskaper. Stämmer det?
De aminosyrorna du nämnde bidrar till absorbansen vid 280 nm p.g.a. deras aromaticitet. Och helt rätt som du drog dig till minnes, den direkta omgivningen kring dessa aromatiska ringar påverkar deras absorbans, som kan ändras både gällande amplitud och absorbanstoppens form/absorbtionsmaxima. Absorbanstopparna förskjuts individuellt, då varje sidokedjas omgivning är unik i proteinet. För vissa toppar sker förskjutningen mot en lägre våglängd, och i andra fall mot högre våglängd.
Fluoroscensen påverkas också, men extinktionskoefficienten baseras endast på absorptionen (extrapolerad från transmitansen) vid den valda våglängden. Detta till skillnad från de två våglängderna som utnyttjas vid fluorescensspektroskopi (exitation/emission). Fluorescensspektroskopin tillåter dock att specifika aminosyrasidosidkedjors interaktion/påverkan kan studeras (ofta Trp).
Tack så hjärtligt!
