Metylering enbart i GATC eller finns det andra för E.coli
Hej, vi har läst om Metylering och dess funktion vid mismatch repair. GATC har metyl grupp bundet till adeninet. Min fråga är finns det andra delar som har metylgrupper bundet till sig än GATC i Ecoli? Finns det andra metylerade DNA sekvenser generellt?
Metyleringen i E. coli beror på vilken stam (även kallat subtyp) det är. Vi har alla E. coli av flera stammar i tarmen, som skiljer sig lite åt. Ett mer känt exempel på en E. coli stam är Enterohemorragisk Escherichia coli (EHEC) som utmärker sig med genom att kunna bilda ett toxin). Mellan stammarna skiljer sig bakterierna lite (vissa stammar har t.ex. en extra plasmid som EHEC).
De laboratoriestammar som har använts och används för att studera DNA-metylering i E. coli blir modellsystem för arten E. coli och dessa har ytterligare två DNA-metylaser (=enzymer som adderar en metylgrupp till DNA).
Dcm metylaset adderar metylgrupp på den andra cytosinbasen i CCWGG och CCTGG sekvenser, till 5-metylcytosin.
Betydlig mindre frekvent förekommande metylering kan ske genom EcoKI metylaset, som adderar metylgrupp till adeninbaser i sekvenserna AACN6GTGC och GCACN6GTT, där N är obestämda baser och 6 antalet obestämda baser.
Metyleringen är även viktig i bakteriernas försök att bara propagera sina egna gener. DNA utan metylering känns igen av restriktionsenzymerna och klyvs, det är en skyddsmekanism mot t.ex. bakteriofager (=virus som angriper bakterier). Bakteriofagernas DNA är inte metylerat, och bakterierna försöker på detta vis klyva sönder virus-DNA innan det tar över bakterien och dess grannar.
