Lite udda definition av katalysator
Det finns RNA strängar som kan klyva sig själva, min bok kallar det för att RNA har katalyserat sin egna klyvning, men denna reaktion är ju inte reversibel och katalysatorn är förstörd efter reaktionen.
Undrar om det finns nån bredare definition av ordet... men egenskapen att en katalysator inte förbrukas är ju ganska centralt för begreppet. Jag tror att i bio-sammanhang används verbet katalysera lite löst som att något (enzym) möjliggör nåt eftersom det sällan är fråga om hastighetsskillnad med/utan utan om en reaktion kan ske överhuvudtaget, eller? I detta fallet är det helt klart fallet, en kovalent bindning bryts aldrig spontant
Qetsiyah skrev:Det finns RNA strängar som kan klyva sig själva, min bok kallar det för att RNA har katalyserat sin egna klyvning, men denna reaktion är ju inte reversibel och katalysatorn är förstörd efter reaktionen.
Undrar om det finns nån bredare definition av ordet... men egenskapen att en katalysator inte förbrukas är ju ganska centralt för begreppet. Jag tror att i bio-sammanhang används verbet katalysera lite löst som att något (enzym) möjliggör nåt eftersom det sällan är fråga om hastighetsskillnad med/utan utan om en reaktion kan ske överhuvudtaget, eller? I detta fallet är det helt klart fallet, en kovalent bindning bryts aldrig spontant
Reaktionen bör väl betraktas som reversibel, även om det är extremt osannolikt att reaktionen skulle effektivt ske tillbaka till det icke-klyvda RNA? För precis efter att fosfodiesterbindningen har kluvits, finns fortfarande produkterna i komplex med varandra, och den tidigare förenande bindningen kan återskapas.
Att sedan det icke-klyvna RNA inte återskapas, efter att "produktkomplexet" sönderfaller, beror snarare på att komplexet inte gärna återbildas. Andra icke katalytiska faktorer förhindrar återbildningen av komplexet, t.ex. diffusion/utspädning, att de två bildade molekylernas strukturer ändras mot sina respektive nya energiminima och därmed svårligen kan fås att återskapa tillståndet precis vid bindningsbrytandet etcetera. Men teoretiskt skulle återskapandet av ursprungs-RNA kunna ske.
Self-cleavage eller auto-hydrolysis är väl vanligare termer för den reaktion du nämnt, och även om katalysator med lite god vilja kanske skulle kunna passa in (inte övertygad själv, därav det svaga påståendet :) ). Reaktionen sker ju inte spontant, precis som du skrev. I princip skulle kyvningen och ligeringen av RNA kunna ske om och om igen, så länge RNA hoppar fram och tillbaka mellan substratformen till produktkomplexet - och det är strukturen hos RNA som möjliggör klyvandet.
"Aldrig" är verkligen definitivt, det borde väl finnas exempel där kovalenta bindningar bryts spontant? Jag kommer inte på något på rak arm dock.
Red - förtydligade aningen.
Ett till exempel från boken:
The 39-kDa Ada (adaptive response) protein transfers a methyl group from a nucleotide to one of its own cysteine residues in an irreversible reaction, destroying its own enzyme activity; it is therefore called a suicide enzyme.
Hahaha
mag1 skrev:Reaktionen bör väl betraktas som reversibel, även om det är extremt osannolikt att reaktionen skulle effektivt ske tillbaka till det icke-klyvda RNA?
Men ickereversibel betyder ju precis att det är mycket osannolikt att den reverserar?
Att sedan det icke-klyvna RNA inte återskapas, efter att "produktkomplexet" sönderfaller, beror snarare på att komplexet inte gärna återbildas.
Snarare än vad?
"Aldrig" är verkligen definitivt, det borde väl finnas exempel där kovalenta bindningar bryts spontant? Jag kommer inte på något på rak arm dock.
Ädelstenar som spricker? Det är väl polymera material med kovalenta bindningar?
Qetsiyah skrev:mag1 skrev:Reaktionen bör väl betraktas som reversibel, även om det är extremt osannolikt att reaktionen skulle effektivt ske tillbaka till det icke-klyvda RNA?
Men ickereversibel betyder ju precis att det är mycket osannolikt att den reverserar?
Icke känns binärt, men visst det är alltid en tolkning av om det går tillbaka. Till och med t.ex. dekarboxyleringar, som jag nog skulle anse vara icke-reversibla, kan reverseras så länge produktkomplexet inte sönderfaller.
Att sedan det icke-klyvna RNA inte återskapas, efter att "produktkomplexet" sönderfaller, beror snarare på att komplexet inte gärna återbildas.
Snarare än vad?
Snarare än att den reversibla reaktionen "icke" kan ske. Om TS uppstår kan det lika gärna gå tillbaka som framåt, och även om nettoutfallet är en reduktion i Gibbs fria energi kan enzymets produktkomplex "suga" upp motsvarande frigjord energi från omgivningen och gå reversera förhållandet tillbaka till TS och vidare tillbaka hela vägen till substratet.
