Lärare använder utdaterat program i en kurs och vägrar hjälpa folk som inte gör det
Hej, jag går en kurs och den består av en hel del datorlabbdelar, läraren vill att alla ska använda ett konstigt, litet, weak och fult program som jag for a fact vet inte är standarden för ändamålet vi använder det till. Hon vägrar också ge hjälp till de få (inkl mig) som inte använder det programmet och säger "i could help with [standardprogram], in fact i use it myself, but to encourage everyone to use the same designated program I choose not to", vad i hel*te??
Det handlar om molekylvisualiseringprogram (främst proteiner), hon vill använda "KiNG", men de mest etablerade är "Pymol" och "VML".
Tja, lite som att välja en äldre lärobok där läshänvisningarna är klara sedan tidigare år, inte optimalt men studenterna kan lära sig stoffet. Mjukvaran är gammal, men gratis. VMD är (väl?) också det, och Pymol kan fås under "undervisningslicens". Nyttan med de nyare programmen är en kortare inlärning i ett annat sammanhang, men för syftet med laborationen (att lära sig mer om biologiska makromolekyler som proteiner) fungerar väl vilket program som helst så länge det är hyfsat användarvänligt?
Att använda ett gammalt, mer begränsat program, där problem och "hur gör man med" redan är kända minskar arbetsbördan, vilken inte skall underskattas inför ett byte. Lite trist dock. Vilken mjukvara har du vat att använda?
Jag använde pymol under hela kandidatarbetet så jag kan den utan och innan. Nackdelarna med "KiNG" är många, den är helt enkelt inte lika avancerad. Mig veterligen går det inte:
- Att visa sekvens
- Markera och visa/gömma specifika atomer/sidokedjor efter tycke
- Färga efter färgskalor eller regnbåge (jag älskar regnbåge!)
- Visa som [...]. Tex ribbon, cartoon, sticks, lines...
- Skapa och namnge selection
- Spara användarsession
- Fetcha PDB ID direkt från pdb
- Visualisera mesh på ett sätt som inte är otroligt fult
https://en.m.wikipedia.org/wiki/Kinemage
KiNG kan visa både .pdb och .kin filer, men .kin filerna vi fått på våra labbar rör sig inte, det är inte "filmer". Sen vet jag att pymol också kan visa filmer (inte ".kin") så jag fattar inte vad grejen är med varken KiNG eller Kinemages
Så det största kruxet verkar vara brist på hjälp fom du fastnar med Pymol? Det finns en ganska bra wiki för Pymol, men den har du nog redan hittat till om du använt programmet ett tag. Tyvärr är en stor del av instruktioner och tutorials från distributören reserverad till betalande användare. En del finns nog på youtube.
Har du fastnat på något specifikt, som du behöver pymol hjälp med?
Det går helt ok för mig med pymol, jag ville bara klaga. Jag tycker bara det är synd om folk som bara kan lite pymol sen innan och/eller vet om att pymol och VML är lingua franca för proteinvisualisering och är envisa om att vilja lära sig det istället för KiNG. Det handlar ju inte bara om vad som är smidigt för kursen utan att vi ska lära oss det som fsktiskt är användbart ute i världen (arbetslivet).
Om jag får nån fråga frågar jag dock gärna här! Oftast kan jag improvisera bort småproblem snabbare än jag kan få svar här, så om jag får ett stort problem så!
Så är verkligheten.
Ibland är det bättre att använda gamla beprövade saker.
Ibland får man rätta sig efter ett beslut utan att få veta anledningarna till beslutet.
Om du planerar att bli anställningsbar behöver du lära dig att ibland är det inte värt besväret att fäktas mot väderkvarnar. Om man älskar Linux och avskyr Windows måste man ändå använda Windows på jobbet, om det är det systemet som används på den arbetsplatsen.
De som har full frihet att välja vilket program de vill väljer antagligen det med flest finesser och minst antal buggar (många andra kriterier finns - övning för läsaren: nämn ett halvdussin) men om man är inkörd på ett fungerande program i en organisation, skola eller företag, så byter man inte hur snabbt som helst.
Just den här domänen vet jag absolut inget om, så jag kan bara bidra med den allmänna iakttagelsen.
Mycket sanna påpekanden, jag får hoppas på en snabb karriär efter plugget!
