Laddning på protein

Man kollar på summan av laddningarna på aminosyrornas sidokedjor samt proteinets C- och N-terminaler.

Man tittar alltså på aminosyrasekvensen och räknar hur många negativa resp positiva aminosyror det är? 

Hur kan man kolla på C och N terminalen? Förstod inte riktigt där och du får gärna utveckla

Precis, så t.ex: Om vi har en "minipeptid" med Lys-Asp har den en neutral laddning, eftersom (+1) + (-1) = 0.

Terminalerna har en neutral laddning som zwitterjon(vid pH7):

${}_{-}OOC-C_{\alpha }-NH{3}^{+}$

Vid lågt pH protoniseras aminosyran och får en positiv laddning:

$HOOC-C_{\alpha }-NH{3}^{+}$

Vid högt pH deprotoniseras aminosyran och får en negativ laddning:

${}_{-}OOC-C_{\alpha }-NH2$

Läs mer om isoelektrisk punkt så blir det nog lite klarare, även om det kan se lite krångligt ut så räcker det långt om man förstår grundprincipen.

Tack förstod bättre nu :)

men om terminalerna är alltid neutrala så är det aminosyrasekvensen som avgör då behöver man ju inte titta på terminalerna? 

Terminalerna är inte alltid neutrala - det beror på omgivningens pH. Dessutom kan det finnas sura och/eller basiska sidokedjoer på vissa aminosyror.

Är de alltid neutrala?

De finns sura miljöer även i biologiska system, magsäcken och lysosomen t.ex.