Konstruera fylogenetiskt träd mha parsimoni-principen
Hej, jag skulle behöve hjälp i hur man tänker med parsimoni-principen. Jag har förstått att det innebär att man tar den enklaste vägen med minst steg men förstår inte hur man ska tänka. Jag har en exempeluppgift
"Konstruera ett rotat fylogenetiskt träd utifrån följande DNA-sekvenser med hjälp av parsimoni- principen. Grupp A är utgrupp och resten tillhör ingruppen.
Grupp A (utgrupp) - AGGGCCCTCT
Grupp B - ATGCACCACG
Grupp C - AGGGCTTACT
Grupp D - AGGGACCAGG"
Jag hade jättegärna visat hur jag börjat men om jag ska vara ärlig så förstår jag inte alls och därför vet jag inte var jag ska börja så är mycket tacksam för hjälp!
Det är samma princip som för ett fylogenetiskt träd baserat på utvecklingssteg under evolutionen, liknande de som görs under gymnasiebiologin med benfiskar/fjädrar etcetera. Enda skillnaden är att du i detta fall får använda DNA-sekvenserna, för att se vilka som är mest lika och klustrar tillsammans, och vilka som är mer olika och hamnar på en egen "gren" i trädet.
Börja med att jämföra sekvenserna och se vilka som passar bäst. Du har redan en utgrupp, som utgör sin egen "gren", och resten tillhör ett som samma grupp.
Tack, är det rätt att tänka att varje kvävebas är som en egenskap (vingar, päls ex)? Blir lättare för mig att visualisera det då men vet ej om det fungerar. Med varje kvävebas menar jag varje position (1-10 i detta fall)
Jag vill göra såhär men vet inte om det är rätt. Vi har fått lära oss att vi ska använda orotade som ett mellansteg för att ta reda på vilket som är det mest parsimoniska men tänker att det är ganska uppenbart att det är i denna ordningen eftersom det är samma rangordning som antalet mutationer från utgruppen. B har flest mutationer och hamnar därav längst bort.
Ja varför inte, du kan tänka dig att varje deoxynukleotidbas motsvarar en egenskap, det är samma princip som används, men undvik att svara så på tentan :)
Ingen expert på dessa, men det ser helt korrekt ut. Samma uppdelning syns även vid en direkt jämförelse sekvenserna, även om det inte äm m.h.a. med parsimoni. För större datamängder där sekvensskillnader finns på för många nukleotider eller aminosyror, blir det ohörbart att jämföra direkt.
