Hur kommer det sig att det blir olika längder på syntetiserade dna strängar från PCR
Hej! Jag tänker mig att Hela dna:t sätts in i termocyklen med beadsen, primern sätter sig där den passar in och jobbar igenom resterande delen av dna strngen alltså tills att den tar slut. Så slutet av dna strängen finns med men början finns inte.
För att bli av med slutet (den oönskade delen som inte ska synteras) borde det finnas en primer som passar in i slutet av sekvensen som änskas. Då kan taq polymeraset börja jobba bakifrån och sluta i den delen som ändrades i den förra omgången… Är det så det fungerar?
Ja, du verkar tänka rätt. Om du endast använder en primer, så kommer endast en av DNA-strängarna att amplifieras, och har du en lång bit DNA som templat t.ex. en plasmid eller en kromosom, så kommer DNA polymeraset att förtsätta syntetisera den nya strängen tills tiden tar slut (cykeln i PCR är tidsbegränsad, men i princip väldigt långa DNA strängar syntetiseras).
Med två primrar kan endast den önksade delen av templat DNA amplifieras, som illustreras i bilden nedan:
Bitarna av templatet som ligger till vänster och höger om platsen där primrarna binder (överst i bilden) kommer m.a.o. inte att amplifieras så mycket, några få kopior blir det, men på det hela taget påverkar det inte. För när nästa cykel börjar, används både templat DNA och den nysyntetiserade strängen (från cykel 1) som templat. Och när cyklerna upprepas kommer det snabbt bli endast biten innanför primrarna som amplifieras, så rester av "lite längre" produkter påverkar inte kloning etcetera som sker med PCR produkten.
Jättebra förklarat tack för hjälpen!!
För all del kul att det hjälpte!
