Hur kan man se på en peptids aminosyrasekvens att denne troligtvis inte kan bilda en alfa-helix?

Om en helikal struktur bildas bestäms av en kombination av faktorer, som stabiliserar/gynnar bildandet av alfa helixen, samt faktorer som destabiliserar en helikal struktur. Gynnande faktorer minskar Gibbs fria energi när helixen bildas, och destabiliserande ökar Gibbs fria energi.

Gynnande faktorer kan komma både inom den aktuella helixen (t.ex. vätebindningar mellan karbonyl- och aminogrupper), och genom interaktioner från helixen till andra strukturella element ett protein, som t.ex. andra helixar och delar av  ett protein. Och precis samma gäller för destabiliserande faktorer (stora eller små R-grupper t.ex. Trp/Gly, samt Pro, dipolmoment m.m.).

Men en enskild aminosyras gynnande/destabiliserande effekt påverkas även av de aminosyror som finns innan och efter i sekvensen.Så det beror på sammanhanget, finns det som i ditt exempel med många negativa R-grupper som är ensamma och följer efter varandra, kommer de negativa laddningarna från aminosyrarest 1 hamna direkt ovanpå aminosyrarest 5. Dessa två negativa laddningarna kommer då repellera varandra och destabilisera helixen (jämfört med om den ena är negativ och den andra är positiv). Men finns det två positivt laddade R-grupper på en angränsande helix kan de negativa laddningarna kompenseras för, och helix-helix interaktionen bli starkare. (i idealfallet skulle denna typ av saltbrygga ske med komplementära laddningar på ena helixen, och motsvarande på andra, d.v.s. för parallella helixar helix1 pos-neg och helix2 neg-pos). 

Fantastiskt svar. Många tack!!