Gymnasiearbete om bakterier

Vilken stad bor du i? Du kan lämna in prov för sekvensering för att veta exakt vilken art det är. Det finns lysering och provprepareingskit  som man kan köpa och sen skicka iväg till labb som sekvenserar åt dig. Det behvövs bara eppendorfrör och en centrifug på skolan. Vårdcentraler har inga sånna labb, du ska vända dig till universitetslabb eller sjukhus.

Alternativt så kan du karakterisera dina bakterier helt själv med biokemiska test, så kallade "analytical profile index" som är lätta att använda. För att veta vilken API du ska använda (det finns olika versioner) så behöver du göra test innan också med reagens och enzymer som är ganska dyra, särskilt om det bara används en gång.

Dock tror jag att du borde fråga någon lärare på skolan om du ens får odla vad som helst i skolan. Folk i min klass fick bara odla yoghurt i sina gymnasiearbeten, jättetråkigt. 

För att ta reda på vilken typ av bakterier som finns, går det att försöka odla dem på olika sorters näringsmedia i dina petriskålar och i olika miljöer (temperatur, med eller utan syre). Detta görs bland annat på sjukhus för att få reda på vilken sorts bakterier som orsakar sjukdom hos patienter.

Detta skulle kunna gå men är lite knepigt både praktiskt (steriliseringsmöjligheter, olika temperaturer, syrefri miljö) och resursmässigt (utrustningen och pengar att bekosta det hela) att göra på en gymnasieskola.

Enklare vore att undersöka hur mycket av vissa bakterier som finns, men det beror som Quetsiyah skrev på vad du får göra.

Vissa bakterier som kan antas finnas på dina behållare (bl.a. hud- och avföringsbakterier) är ingen fara i de små mängder som hamnar på behållarna (skulle det vara problem, så skulle hanteringen redan ha ändras). Men om bakterier odlas upp och blir många kan vissa lite mer otrevliga bakterier bli ett problem som skolan inte vill hantera eller ta ansvar för. Inte så att du direkt skadas, men om dessa otrevligare bakterier inte hanteras rätt kan t.ex. infektioner/magsjuka uppstå, och det är inte förenligt med gymnasielabbande.

Qetsiyah skrev:

Vilken stad bor du i? Du kan lämna in prov för sekvensering för att veta exakt vilken art det är. Det finns lysering och provprepareingskit  som man kan köpa och sen skicka iväg till labb som sekvenserar åt dig. Det behvövs bara eppendorfrör och en centrifug på skolan. Vårdcentraler har inga sånna labb, du ska vända dig till universitetslabb eller sjukhus.

Alternativt så kan du karakterisera dina bakterier helt själv med biokemiska test, så kallade "analytical profile index" som är lätta att använda. För att veta vilken API du ska använda (det finns olika versioner) så behöver du göra test innan också med reagens och enzymer som är ganska dyra, särskilt om det bara används en gång.

Dock tror jag att du borde fråga någon lärare på skolan om du ens får odla vad som helst i skolan. Folk i min klass fick bara odla yoghurt i sina gymnasiearbeten, jättetråkigt. 

Hej!

tack så JÄÄÄÄTTTE mycket för svaret!

jag har kontaktat mina lärare i skolan och de sa att det är okej så länge jag inte öppnar petriskålarna.

det du sa var ganska komplicerat 😅 skulle du förenkla svaret lite? Jag bor i Avesta(dalarna) så jag vet inte om jag har tillgång till sådant 

mag1 skrev:

För att ta reda på vilken typ av bakterier som finns, går det att försöka odla dem på olika sorters näringsmedia i dina petriskålar och i olika miljöer (temperatur, med eller utan syre). Detta görs bland annat på sjukhus för att få reda på vilken sorts bakterier som orsakar sjukdom hos patienter.

Detta skulle kunna gå men är lite knepigt både praktiskt (steriliseringsmöjligheter, olika temperaturer, syrefri miljö) och resursmässigt (utrustningen och pengar att bekosta det hela) att göra på en gymnasieskola.

Enklare vore att undersöka hur mycket av vissa bakterier som finns, men det beror som Quetsiyah skrev på vad du får göra.

Vissa bakterier som kan antas finnas på dina behållare (bl.a. hud- och avföringsbakterier) är ingen fara i de små mängder som hamnar på behållarna (skulle det vara problem, så skulle hanteringen redan ha ändras). Men om bakterier odlas upp och blir många kan vissa lite mer otrevliga bakterier bli ett problem som skolan inte vill hantera eller ta ansvar för. Inte så att du direkt skadas, men om dessa otrevligare bakterier inte hanteras rätt kan t.ex. infektioner/magsjuka uppstå, och det är inte förenligt med gymnasielabbande.

Hej! 
du fattar inte hur eran svar hjälpte mig! Tack så himla mycket!

jag får i princip göra vad som helst så länge jag inte öppnar petriskålarna men samtidigt vill jag gärna att det är lätt och billigt för jag har inte tillgång till allt. Skolan erbjuder petriskålar, agar samt värmeskåp, hur ska jag göra isåfall?

Bra!

Överföringen av material från burkarna till plattorna behöver ske så att ytterligare mikroorganismer inte kommer med. Du behöver också några kontroller, en positiv (för att se att ditt experiment fungerar, t.ex. bakterier från din egen otvättade hand) negativ kontroll (för att se att t.ex. ytterligare mikroorganismer som inte kommer från burkarna inte kommer med vid något steg, t.ex. steriliserad burk som behandlas på samma sätt som provburkarna - i detta prov bör inga mikroorganismer växa).

Olika bakterier gillar olika mat och olika miljöer, ju fler kombinationer du kan använda ju fler olika typer av bakterier kan du identifiera. Olika typer av agarmedia är så klart bra (t.ex. LB-, blod-, choklad-, kolla t.ex. wiki för fler). Det finns plastpåsar att köpa som kan förslutas med plattan i, som innehåller en järnspånspåse i som reagerar med syret i den förslutna påsen och ger en syrefri miljö, så på så vis kan du odla även bakterier som inte gillar syre så mycket (t.ex. vissa avföringsbakterier som växer i tarmen). Odlar du i inkubator vid t.ex. 37°C kan du även odla vid rumstemperatur för de mikroorganismer som gillar lite svalare temperaturer. Du kanske får begränsa vilka saker du undersöker, för varje ytterligare parameter du undersöker ökar antalet plattor med minst det dubbla.

Du får nog räkna med en plasthandske per flaska/burk när du handlar för att inte lägga på dina egna bakterier i experimentet. Lägg gärna till ett eget bidrag, t.ex. diska/torka en extra burk och handsprita den med handskar på, ta av handskarna och hantera den hemma - så får du se hur vad som finns i din egen hemmiljö. Det kan vara ett exempel på hur bakterier tillförs hemma, och vore intressant att se som jämförelse med vad som finns i affären. Har du en familjemedlem med lite sämre hygien/tvättade händer kanske det också vore kul att jämföra (typ små barn).

mag1 skrev:

Bra!

Överföringen av material från burkarna till plattorna behöver ske så att ytterligare mikroorganismer inte kommer med. Du behöver också några kontroller, en positiv (för att se att ditt experiment fungerar, t.ex. bakterier från din egen otvättade hand) negativ kontroll (för att se att t.ex. ytterligare mikroorganismer som inte kommer från burkarna inte kommer med vid något steg, t.ex. steriliserad burk som behandlas på samma sätt som provburkarna - i detta prov bör inga mikroorganismer växa).

Olika bakterier gillar olika mat och olika miljöer, ju fler kombinationer du kan använda ju fler olika typer av bakterier kan du identifiera. Olika typer av agarmedia är så klart bra (t.ex. LB-, blod-, choklad-, kolla t.ex. wiki för fler). Det finns plastpåsar att köpa som kan förslutas med plattan i, som innehåller en järnspånspåse i som reagerar med syret i den förslutna påsen och ger en syrefri miljö, så på så vis kan du odla även bakterier som inte gillar syre så mycket (t.ex. vissa avföringsbakterier som växer i tarmen). Odlar du i inkubator vid t.ex. 37°C kan du även odla vid rumstemperatur för de mikroorganismer som gillar lite svalare temperaturer. Du kanske får begränsa vilka saker du undersöker, för varje ytterligare parameter du undersöker ökar antalet plattor med minst det dubbla.

 

Du får nog räkna med en plasthandske per flaska/burk när du handlar för att inte lägga på dina egna bakterier i experimentet. Lägg gärna till ett eget bidrag, t.ex. diska/torka en extra burk och handsprita den med handskar på, ta av handskarna och hantera den hemma - så får du se hur vad som finns i din egen hemmiljö. Det kan vara ett exempel på hur bakterier tillförs hemma, och vore intressant att se som jämförelse med vad som finns i affären. Har du en familjemedlem med lite sämre hygien/tvättade händer kanske det också vore kul att jämföra (typ små barn).

Men omg! Du räddade min hjärna från att explodera! Taccccckkkk så mycket! Du gav mig jättebra idéer!

efter att ha läst det du skrev samt la på lite egna idéer så kom jag fram till detta:

jag köper 16 burkar, plast och 8 aluminium, sen blir det så, av dessa köper 4 plast från frysen och 4 plast från rumstemperatur i butiken, sen dessa 4 köps på olika sätt, 1 genom kassan 1 självscanning, 1 med handskar 1 utan handskar. Samma sak med aluminium och sen jämför jag de dör den som har högsta antal bakterier i temp 37 är värst

blir det bra?

Hmm... jag är inte helt positiv till det.

Okej, då vill du alltså undersöka antal men inte vilka bakterier som finns? Om så är fallet... Det kommer i slutändan inte bli lätt att dra slutsatsen flest bakterier=farligast om du inte gör någon undersökning av vilka bakterier som finns.

Antal bakterier är svårt att ta reda på eftersom det inte finns något bra sätt att räkna dem på. Ett alternativ är att stoppa in hela burken i ett vätskemedium, kultivera det och sedan räkna antal celler i ett mikroskop. Problemet är att olika bakterier växer olika snabbt, och det är inte särskilt praktiskt.

Ett annat alternativ är att på något sätt få bort samtliga baktetier från ytan av burken, och sedan odla dessa. Men jac vet inte hur det skulle kunna ske snabbt och smidigt (det kommer kontaminering från luften och det som vi sköljer med).

Ett annat problem är att skillnaden mellan kylda och ickekylda burkar kommer försvinna om du inte tar hem och förvarar burken kyld tills det är dags för experiment. Jag antar att det lever färre på de kalla burkarna, men de blir ju så att säga varma.

------

Jag tror att det blir intressantast att jämföra kyl/rumptempererat (strunta i självskann/personal och) karakterisering av bakterierna på dessa.

Har du lärt dig om grundläggande hantering och klassicifering av mikrober än? Har du gått biologi 2 eller går du det nu?

Jag förtydligar mitt inlägg.

Angående extern sekvensering. Du förbereder ett prov med rent DNA för att skicka till ett labb som kan sekvensera. Det du ska göra innan är att förbereda ett rent DNAprov. Om du köper ett sådant kit kommer det stå hur du gör. 

Angående API så är det basically en massa biokemiska prov du utsätter bakterien för. Du sprutar in bakterier (i flytande lösning, "suspension") i var och en av minibrunnarna och låter de växa under olika förhållanden. Om ämnet i brunnen bryts ned eller metaboliseras med någon speciell restprodukt kommer brunnen ändra färg/inget händer. Du skriver ner resultaten enligt en tabell med frågor tex "Brunn 13: blev den gul eller grön eller röd?", sedan trycker du in alla svar i en databas, och du kommer få veta vilken art det är. 

Problemet är bara att dessa kit kommer i olika versioner och du ska baserat på ett antal test du ska göra innan välja en version. Om du inte vill det kan du köpa alla kit (det finns fem olika), jag vet inte om det skulle bli dyrt.

Qetsiyah skrev:

Hmm... jag är inte helt positiv till det.

Okej, då vill du alltså undersöka antal men inte vilka bakterier som finns? Om så är fallet... Det kommer i slutändan inte bli lätt att dra slutsatsen flest bakterier=farligast om du inte gör någon undersökning av vilka bakterier som finns.

Antal bakterier är svårt att ta reda på eftersom det inte finns något bra sätt att räkna dem på. Ett alternativ är att stoppa in hela burken i ett vätskemedium, kultivera det och sedan räkna antal celler i ett mikroskop. Problemet är att olika bakterier växer olika snabbt, och det är inte särskilt praktiskt.

Ett annat alternativ är att på något sätt få bort samtliga baktetier från ytan av burken, och sedan odla dessa. Men jac vet inte hur det skulle kunna ske snabbt och smidigt (det kommer kontaminering från luften och det som vi sköljer med).

Ett annat problem är att skillnaden mellan kylda och ickekylda burkar kommer försvinna om du inte tar hem och förvarar burken kyld tills det är dags för experiment. Jag antar att det lever färre på de kalla burkarna, men de blir ju så att säga varma.

------

Jag tror att det blir intressantast att jämföra kyl/rumptempererat (strunta i självskann/personal och) karakterisering av bakterierna på dessa.

Har du lärt dig om grundläggande hantering och klassicifering av mikrober än? Har du gått biologi 2 eller går du det nu?

Aa jag har gått biologi 2 men vi lärde oss inget om klassificering och sånt😬😬😬.

hmmmm, jag håller med dig, jag ville helst göra så att jag kan veta vilka sorter bakterier det är men skolan erbjuder inte det så jag frågade magnus ehinger om det och han svarade såhär ”Du kan göra både en gramfärgning och ettkatalastest på dina bakterier. Sedan kan du använda den här tabellen för att göra en uppskattning av vad dina bakterier hör till för art. Tabellen innehåller några av de vanligaste bakterierna (och mikrosvamparna) ii vår omgivning, så det räcker säkert ganska långt – i alla fall tillräckligt långt för ett gymnasiearbete.”

vad tycks?

Gram och katalas tror jag verkligen inte är tillräckligt, och inte heller kul att bara bestämma "ungefär". Så om du kan hitta någon på ett universitet eller sjukhus så finns ingen anledning att besgränsa dig till bara katalastestet. Vilka universitet finns där du bor? De kanske kan bjuda dig på ett identifieringskit? 

Om du inte kan hitta extern hjälp så finns billiga och enkla sätt att göra egna identifieringar i form av custom-agarmedium som mag1 skrev ovan. Läs detta:

https://en.m.wikipedia.org/wiki/Growth_medium

Och det hjälper också att kolla på dem i mikroskop, notera storlek och form och packningsform.

Aa jag har gått biologi 2 men vi lärde oss inget om klassificering och sånt😬😬😬.

Googla "identification of bacteria".

Medan jag har det i huvudet kan två böcker vara bra att referera till när du väl börjar skriva gymnasiearbetet och det är Bergeys manual of Systematic microbiology och Bergeys manual of Determinative bacteriology.

Jag ska berätta en kul berättelse. Vi skulle identifiera en baktiere, och så blev det Stenotrophomonas maltophilia, en väldigt otäck bakterie.