12 svar
382 visningar
Isaak 263
Postad: 14 maj 2022 15:26

Glykolysens reaktionsformel

Hej! Som jag uppfattat det är glykolysens reaktionsformel glukos + 2Pi + 2ADP + 2NAD+ -> 2 pyruvatjoner + 2ATP + 2NADH + 2H+ + 2H2O, men var kommer 2Pi och 2ADP? Jag vet att det sätts två fosfatgrupper på glukosmolekylen och att det bildas fruktos-1,6-bisfosfat, har 2Pkanske med det att göra då?

Zockimon 384
Postad: 14 maj 2022 15:56

Anorganisk phosphat är en vanlig jon som klorid och sulfat. 

Phosphat bildar lätt diphosphat eller triphosphat. 

I cellen är den kopplad till ett organisk molekyl för att kunna hantera det lättare. 
ATP kan anses som energivaluta i cellen. När adenosin har 2 phosphatgrupper kallas den ADP och när den har tre så blir det ATP.  Så finns det också fritt phosphat som kallas här P i cellen som används i processen. 

ATP <-> ADP + P + Energi

Svarar det på din fråga?

Mer detaljerad information finns här:
https://sv.wikipedia.org/wiki/Glykolys

Isaak 263
Postad: 15 maj 2022 16:15

Ja, det svarar på min fråga, tack! :)

mag1 9562
Postad: 15 maj 2022 21:16
Zockimon skrev:

Phosphat bildar lätt diphosphat eller triphosphat. 

Nej detta sker inte lätt.

Bindningsenergin mellan två fosfatgrupper (som i difosfat) är hög, och denna reaktion sker inte lätt. Energin för att skapa denna bindning behöver tillföras, för att bindningen skall kunna bildas.

Men motsatsen kan ske, d.v.s att den energirika fosfodiesterbindningen mellan fosfatgrupperna i t.ex. difosfat (eller trifosfat) bryts spontat i cellen, och energi frigörs. Motsvarande vad som sker när t.ex. ATP hydrolyseras och ADP + Pi bildas.

 

 

 

I cellen är den kopplad till ett organisk molekyl för att kunna hantera det lättare.

Nej, fria fosfatmolekyler är essentiella för cellen (även om fosfatgrupper finns i många större organiska ämnen, som t.ex. ATP). 

Fosfatjonerna står i jämvikt med fosforsyrans olika former, och alla dessa finns i cellen som fria joner. Fosfatjonerna är viktiga för bl.a. pH-balansen i cellerna. En av fosforsyrans pKa är 7.2, så denna form av fosforsyran buffrar pH bra i cellen, som vill ha ett pH på 7.4. Sedan används även fosfatjoner i kemiska reaktioner, som du frågade om Isaak.

Zockimon 384
Postad: 15 maj 2022 23:28 Redigerad: 16 maj 2022 18:19
mag1 skrev:
Zockimon skrev:

Phosphat bildar lätt diphosphat eller triphosphat. 

"Nej detta sker inte lätt.

Bindningsenergin mellan två fosfatgrupper (som i difosfat) är hög, och denna reaktion sker inte lätt. Energin för att skapa denna bindning behöver tillföras, för att bindningen skall kunna bildas.

Men motsatsen kan ske, d.v.s att den energirika fosfodiesterbindningen mellan fosfatgrupperna i t.ex. difosfat (eller trifosfat) bryts spontat i cellen, och energi frigörs. Motsvarande vad som sker när t.ex. ATP hydrolyseras och ADP + Pi bildas."



 

 

 

Frågan är här vad menas med "lätt"

1. den kan göra det

2. det är kontrollerbart

Man måste ser det från cellens metabolismus perspektiv:

 

Phosphat är en av förbindelser som kan relativt lätt bildar oligomerer i kontrast till andra joner som exempelvis sulfat som inte fungerar i det syfte eftersom de resulterande sulfat-oligomerer är inte stabil och reagerar spontant med vatten. 
Under fysiologiska förhållande kan därför sulfat inte bildar oligomerer. 

Dissociation av phosphatoligomerer ger energi, men är kinetisk inhiberat vilket gör den kontrollerbart och det är mycket viktigt.

Dessutom är energibalansen i en lämplig region så att cellen kan styr reaktionen. Det är därför att den är så idealisk som "hanterbar" energikälla i cellen liksom en portabel batteri (powerpack).  


Varje sekund du läser det här omvandlas miljarder av ADP i ATP i din kropp och vice versa. Det händer otroligt lätt och smidig. Det är det som jag menar med att den lätt bildar di- och triphosphat. 

Självklart ingår det i miraklen av livet att kroppen har utvecklad så fantastiska katalysatorer (enzymer) att kunna nytta energin på så kontrollerat sätt.

I cellen är den kopplad till ett organisk molekyl för att kunna hantera det lättare.

"Nej, fria fosfatmolekyler är essentiella för cellen (även om fosfatgrupper finns i många större organiska ämnen, som t.ex. ATP). 

Fosfatjonerna står i jämvikt med fosforsyrans olika former, och alla dessa finns i cellen som fria joner. Fosfatjonerna är viktiga för bl.a. pH-balansen i cellerna. En av fosforsyrans pKa är 7.2, så denna form av fosforsyran buffrar pH bra i cellen, som vill ha ett pH på 7.4. Sedan används även fosfatjoner i kemiska reaktioner, som du frågade om Isaak."

Hur mycket fritt anorganisk di- och triphosphat finns verkligen i cellen?  
Phosphat kan har olika protoneringsgrader och oligomeringsgrader, det är lätt att missta. 
Anorganiska calciumphosphater är dessutom svårlösliga. 

 

Är du säkert att cellerna stabiliserar sitt pH till övervägande del via phosphatbuffer?  Hur stödjer du ditt påstående?
Exempelvis är hydrogencarbonat lättlöslig och lätt regulerbart och används i blodet för pH stabilisering.
Den finns i betydligt större mängder i celler. 

"I cellen är den kopplad till ett organisk molekyl för att kunna hantera det lättare."

I cellen finns phosphat och andra joner  och man behöver den anorganiska monophosphat i reaktionen.

Men, diphosphat och triphosphat i sin funktion som energibärare är kopplade till organiska molekyler vilket är extremt viktigt att kunna hantera "batterierna" genom högspecialiserade tredimensionaler katalysatorer. 

Det här gör skillnaden mellan en "rå" och relativt okontrollerad reaktion i en kemisk reaktionsbehållare och en levande cell och är av fundamental betydelse.  

Jag förstår dina tankar från en enkel kemisk perspektiv. Jag hoppas du kan ser skillnaden hur man tänker och argumentera från en mer komplex biokemisk vy utgående ifrån frågan:

Hur lyckas kroppen/cellen att styra och kontrollera denna reaktioner med så häpnadsväckande precision? 
Varför just denna byggstenar?


Citatrutor fixade, så att det blir lättare att förstå vem som säger vad. /Smutstvätt, moderator 

mag1 9562
Postad: 16 maj 2022 11:46
Zockimon skrev:
mag1 skrev:
Zockimon skrev:

Phosphat bildar lätt diphosphat eller triphosphat. 

"Nej detta sker inte lätt.

Bindningsenergin mellan två fosfatgrupper (som i difosfat) är hög, och denna reaktion sker inte lätt. Energin för att skapa denna bindning behöver tillföras, för att bindningen skall kunna bildas.

Men motsatsen kan ske, d.v.s att den energirika fosfodiesterbindningen mellan fosfatgrupperna i t.ex. difosfat (eller trifosfat) bryts spontat i cellen, och energi frigörs. Motsvarande vad som sker när t.ex. ATP hydrolyseras och ADP + Pi bildas."

 

Frågan är här vad menas med "lätt"

1. den kan göra det

2. det är kontrollerbart

Man måste ser det från cellens metabolismus perspektiv:

 

Phosphat är en av förbindelser som kan relativt lätt bildar oligomerer i kontrast till andra joner som exempelvis sulfat som inte fungerar i det syfte eftersom de resulterande sulfat-oligomerer är inte stabil och reagerar spontant med vatten. 
Under fysiologiska förhållande kan därför sulfat inte bildar oligomerer. 

Dissociation av phosphatoligomerer ger energi, men är kinetisk inhiberat vilket gör den kontrollerbart och det är mycket viktigt.

Dessutom är energibalansen i en lämplig region så att cellen kan styr reaktionen. Det är därför att den är så idealisk som "hanterbar" energikälla i cellen liksom en portabel batteri (powerpack).  


Varje sekund du läser det här omvandlas miljarder av ADP i ATP i din kropp och vice versa. Det händer otroligt lätt och smidig. Det är det som jag menar med att den lätt bildar di- och triphosphat. 

Självklart ingår det i miraklen av livet att kroppen har utvecklad så fantastiska katalysatorer (enzymer) att kunna nytta energin på så kontrollerat sätt.

 

Min invändning mot användandet av "lätt" var just att fosfatjoner (t.ex. PO42-) inte alls bildar större molekyler, som fosfater av sig själv i en cell. För att bilda dessa fosfater (t.ex. pyrofosfat), som återfinns i bl.a. ATP använder cellen flera enzymer. Att en reaktion sker "lätt" brukar inom (bio)kemin innebära att produkterna har en lägre potentiell energi än reaktanterna, ofta angivet med Gibbs fria energi. Ett exempel på en "spontan" reaktion i cellen är hydrolysen av fosfodiesterbindningen, som resulterar i produkter med lägre deltaG.

Fosforsyran kan dock fås att kemiskt bilda fosfater under upphettning, då en kondensationsreaktion fås att ske, och bl.a pyrofosfat kan bildas. Men i en cell bildas pyrofosfater när fosfodiesterbindningar i störremolekyler hydrolyseras, som i ATP => ADP + PPi.

 

För pyrofosfat i cellen är jämvikten i princip helt förskjuten mot hydrolysen av fosfoesterbindningen. Pyrofosfatjonen (anhydriden av fosforsyran) är med andra ord kortlivad i cellen och hydrolysernas snabbt till fosfatjoner som protoneras, enligt fosforsyrans jämvikt.

 

 

 

 

I cellen är den kopplad till ett organisk molekyl för att kunna hantera det lättare.

"Nej, fria fosfatmolekyler är essentiella för cellen (även om fosfatgrupper finns i många större organiska ämnen, som t.ex. ATP). 

Fosfatjonerna står i jämvikt med fosforsyrans olika former, och alla dessa finns i cellen som fria joner. Fosfatjonerna är viktiga för bl.a. pH-balansen i cellerna. En av fosforsyrans pKa är 7.2, så denna form av fosforsyran buffrar pH bra i cellen, som vill ha ett pH på 7.4. Sedan används även fosfatjoner i kemiska reaktioner, som du frågade om Isaak."

Hur mycket fritt anorganisk di- och triphosphat finns verkligen i cellen?  
Phosphat kan har olika protoneringsgrader och oligomeringsgrader, det är lätt att missta. 
Anorganiska calciumphosphater är dessutom svårlösliga. 

Koncentrationen av fritt (orto)fosfat (forsforsyrans olika former) varierar beroende på celltyp och organell, så en generell koncentration är lite knepig att ange för kroppens celler.

Fria di- och tri-fosfatestrar hydrolyseras lätt i cellen. Och för att förhindra detta finns dessa konjugerade till t.ex. adenosin, i betydligt mer stabila former som ATP. Skulle dessa vara stabilare, fanns inget behov av bärare som adenosin.

 

Denna bild kommer ifrån en lärobok i fysiologi, och motsvarande går att söka fram på nätet för koncentrationer av joner i och utanför mänskliga celler.

 

 

 

 

Är du säkert att cellerna stabiliserar sitt pH till övervägande del via phosphatbuffer?  Hur stödjer du ditt påstående?
Exempelvis är hydrogencarbonat lättlöslig och lätt regulerbart och används i blodet för pH stabilisering.
Den finns i betydligt större mängder i celler. 

Nej inte övervägande, det var inte heller det jag skrev. Istället poängterade jag att fosforsyrans olika former är viktiga för pH balansen i cellen. Och då fosforsyras former inte diffunderar fritt genom cellens membran, kan koncentrationen i cellen hållas konstant. Likaså är bl.a. proteinerna viktiga för pH balansen, de diffunderar inte heller ut, till skillnad från koldioxiden.

 

 

 

 

"I cellen är den kopplad till ett organisk molekyl för att kunna hantera det lättare."

I cellen finns phosphat och andra joner  och man behöver den anorganiska monophosphat i reaktionen.

Men, diphosphat och triphosphat i sin funktion som energibärare är kopplade till organiska molekyler vilket är extremt viktigt att kunna hantera "batterierna" genom högspecialiserade tredimensionaler katalysatorer. 

Det här gör skillnaden mellan en "rå" och relativt okontrollerad reaktion i en kemisk reaktionsbehållare och en levande cell och är av fundamental betydelse.  

Jag förstår dina tankar från en enkel kemisk perspektiv. Jag hoppas du kan ser skillnaden hur man tänker och argumentera från en mer komplex biokemisk vy utgående ifrån frågan:

Hur lyckas kroppen/cellen att styra och kontrollera denna reaktioner med så häpnadsväckande precision? 
Varför just denna byggstenar?

Nej det var inte kemin jag hade i åtanke, utan biokemin. Jag ville tydliggöra för trådskaparen att fria fosfater (t.ex. HPO4-) fyller en viktig roll i cellen, som fri molekyl. Fosfater förekommer ju inte endast kovalent bundet till andra molekyler (t.ex. fosfolipider, proteiner, kretinfosfat m.m.) eller i kristallin form i t.ex. tänder och benvävnad, utan även som joner av fosforsyran.

Och som du skriver är ATP cellens generella lagringsform för lättåtkomlig energi. Cellen har en intrikat reglering av kemiska reaktioner, men dessa reaktioner är likväl kemiska reaktioner, som sker med eller utan enzymer.

Zockimon 384
Postad: 16 maj 2022 18:20 Redigerad: 16 maj 2022 18:26

Ibland måste man går tillbaka till början. Här mitt första svar:

 

"Anorganisk phosphat är en vanlig jon som klorid och sulfat. 

Phosphat bildar lätt diphosphat eller triphosphat. 

I cellen är den kopplad till ett organisk molekyl för att kunna hantera det lättare. 
ATP kan anses som energivaluta i cellen. När adenosin har 2 phosphatgrupper kallas den ADP och när den har tre så blir det ATP.  Så finns det också fritt phosphat som kallas här P i cellen som används i processen. 

ATP <-> ADP + P + Energi"

Där står precis att phosphat är en vanlig jon. Det står också där att det finns fritt phosphat i cellen som (biologer) gärna förkortas till P i Isaaks ekvation.

Kan du förklara mig hur du kommer på att jag skrev att den inte skulle finnas? Den ingår även (som P) i den ekvationen som jag nämnde, vilket kan väl anses som en viktigt funktion i cellen.

Jag antar helt enkelt att du inte läste noggrann texterna innan du skrev dit svar. 

Utöver att phosphat finns som monomer finns den också kopplad till organiska molekyler, vilket också är representerat i ekvationen. Och slutligen är reaktionen vid fysiologiska förhållande snabbt och reversibel, vilket man absolut kan beskriva som "lätt". "Lätt" i kemiska reaktioner är ingen exakt vetenskaplig kvantitativ beskrivning, vad du än vill interpretera i det. Den kan bara interpreteras eller efterfrågas utifrån perspektiven av den som skriver. Och här ville jag uttrycka att den går utan hinder. 


Och nej, hydrogenfosfat har självklart bufferegenkaper, men koncentrationen i cellen är minst en faktor 10 mindre än hydrogencarbonat och andra organiska syror så att det här är en försumbar effekt. Den framstående egenskap varför phosphatförbindelse är så viktiga i biologiska systemer är precis att den kan per se och dessutom reversibel bilda oligomerer plus att den kan kombineras stabilt med organiska molekyler vilket gör att den är mycket bättre hanterbart av enzymer i biologiska reaktioner. På ett enkelt sätt uttryckt bildar den organiska delen en slags handtag på stekpannan där cellen får grepp på den. (Även det skrev jag i min korta första svar)

Ursprungliga tråden handlade inte om tänder, ben eller alla andra användningar av organofosfatförbindelse, men bra att du hänvisar till det. (Originalfrågan var vad är 2Pi i glykolysens ekvation?). 

Om man ville vidareföra fosfatens generella betydelse i biologiska system skulle jag fråga: Vilka egenskaper av fosfat gör den så speciell att just den används i fosfolipider exempelvis och inget annat?  Men det kanske någon annan gång.

Jag vill däremot framhäver något viktigt i hur man kan närmar sig biokemiska reaktioner. 

Det stämmer absolut att man måste kunna förstå den grundläggande kemin som ligger bakom reaktioner. Exempelvis vad är en pH och en alkohol, en ester och något som oxidation/reduktion och så vidare. Viktigt är också att förstå reaktionsenergi, entalpi och entropi samt kinetik, betydelsen av aktiveringsenergi och slutligen stereokemi. 

Det ingår allt i grundläggande kemi. Men sedan är det viktigt att förstå att biokemiska reaktioner är mycket speciella och att reaktionerna går inte att genomföra likadan i ett kemisk laboratorium. Utmaningen i biokemisk tänkandet är att förstå hur naturen lyckats att göra det med så hög precision. 
En grundtanke här är att cellerna använder sig extremt specifika och stereoselektiva katalysatorer vilket möjliggör reaktionerna som inte händer med tillfredställande resultat i reagensglaset. Det är ju inte så att man inte kan genomföra en reaktion, men då får man vanligtvis bara en bråkdel av produkt och en massa biprodukter. Och det skulle inte vara hållbart i en cell. Vanligtvis är reaktioner inte spontan vid rumstemperatur så att det krävs extrema reaktionsparameter som hög temperatur eller pH vilket även det är inte hållbart i celler, för att genomföra reaktionerna.

Det är att jämföra en erfaren kirurg vid en hjärnoperation med någon som hugga ved och påstå att det är samma teknik. 
Men naturens användning av kemin går utöver det. Det är det som man måste se. Det gäller kemiska principer men naturen använder de på ett sätt så att det blir mer än bara summan av enskilda delar. Ordet synergi går åt det håll. 

Naturen använder sig helt underbara och vackra reaktioner som är långt utöver det som vi människor kan åtkommer.  

Om man skulle associera ord till det så kan det vara perfektion och kontroll. 

Cellen har kontroll över reaktionerna. Det överraskande är att det över huvud taget finns "oplanerade" reaktioner i kroppen. Men så finns det alltid ett reparationssystem i närheten. Kontrollen över reaktionerna innebär förresten också att naturen slöser inte resurser. När du berättar om " t.ex. difosfat (eller trifosfat) bryts spontat i cellen, och energi frigörs" menar du säkert att reaktionen kan genomföras. Det är dock inte spontant. Ordet spontan betyder omedelbart och impulsiv. Men nej, biologiska reaktioner är precis tvärtom. Det är ytterst kontrollerad när och var reaktionen sker. Allt annat vore slöseri. Om ATP skulle hydroliseras spontant så blir det bara värme i cellen men kan inte användas för arbete till exempel av muskelfibrer. 


Jag hoppas du kunde får en liten annan syn på biokemiska reaktioner. Lite mer utöver en vanlig reagensglasexperiment. Något som tyder mot det underbara miraklen av livet. 

Dessutom är det tydligt att man kan ser på reaktionerna från olika perspektiv och det är alltid bra om en diskussion förtydligar saker som man kan inte se helt bara från sin egen perspektiv. Därför njuter jag personligen av alla chanser för interdisciplinär  diskussion. :)













mag1 9562
Postad: 16 maj 2022 19:54

Jag skrev mina svar för att förtydliga för trådskaparen och andra läsare, samt att klargöra nyanser, för bidra till att öka förståelsen. Inte i syfte att "rätta" eller "angripa", utan just för att främja förståelsen för trådskaparen och andra läsare av tråden. Syftningen från fosfat, di- eller trifosfat, tyckte jag var ambivalent, därför valde jag att förtydliga. Det var tre olika molekyler i den föregående meningen, till vilken meningen jag kommenterade kunde syftat till, men så klart det kan även ha syftat till ännu tidigare meningar, men ambivalensen kvarstod.

För kroppens pH balans, förekommer flera samspelande buffertsystem, som skiljer sig mellan kroppens olika volymer (intracellulära, interstitual, plasma o.s.v.), och dessa finns väl beskrivet i kurslitteratur för fysiologi. Men denna litteratur är anpassad för senare nivåer än Ke2. Jag nämnde fosforsyran i detta sammanhang för att det var en del av frågan, och att den inte lämnar cellen spontant. Vilket skiljer en ifrån vätekarbonatbuffern/koldioxid, som står i en konstant jämvikt med resten av kroppens vätska, utanför cellen, och den omgivande luften. I ett metabolt kontext är dock vätekarbonatbufferten av stor betydelse.

Återigen, så valde jag att tillföra information till trådskaparen om att forsforsyrans joner även har andra viktiga roller i cellens homoeostas, utöver just som energibärare. En av dessa är att just flyta omkring som HPO4- och vara tillgänglig för just den reaktionen som Isaak undrade över, då enzymet glyceraldehyd fosfatdehydrogenas använder NAD+ för att addera Pi till glyceraldehyd-3-fosfatet.

 

Du har flera upplägg för biokemiska diskussioner om organiska molekylers funktioner, men som du var inne på är dessa kanske inte en naturlig del av denna tråd, men kan väl förtjäna sin egen tråd. Kul även att se att du uppskattar komplexiteten i biokemin, och i slutändan cellbiologi/fysiologin, vilka återkommer för de besökare på PA som väljer att läsa vidare i den riktningen på universitetsnivå. 

mag1 9562
Postad: 16 maj 2022 20:04

En sak till såg jag precis när jag svarade.

Cellen har kontroll över reaktionerna. Det överraskande är att det över huvud taget finns "oplanerade" reaktioner i kroppen. Men så finns det alltid ett reparationssystem i närheten. Kontrollen över reaktionerna innebär förresten också att naturen slöser inte resurser. När du berättar om " t.ex. difosfat (eller trifosfat) bryts spontat i cellen, och energi frigörs" menar du säkert att reaktionen kan genomföras. Det är dock inte spontant. Ordet spontan betyder omedelbart och impulsiv. Men nej, biologiska reaktioner är precis tvärtom. Det är ytterst kontrollerad när och var reaktionen sker. Allt annat vore slöseri. Om ATP skulle hydroliseras spontant så blir det bara värme i cellen men kan inte användas för arbete till exempel av muskelfibrer.

Jag misstänker att du syftar på organiska former av difosfat och trifosfat när du svarar. Men skrivs difosfat motsvarar det två fosfatmolekyler förbundna med en esterbindning. Och detta finns förvisso som en del av ADP, men där ingår även nukleotiden, vilken har en stor effekt på reaktiviteten.

Mitt svar om pyrofosfatet gällde just pyrofosfat, som i en cell hydrolyseras snabbt - utan den skyddande nukleotiden är fosfatestern allt för reaktiv och hydrolyseras spontant (utan katalysator eller tillförd energi i form av värme). Den lägre reaktionsbenägenheten, som nukleotiden tillför när t.ex. ATP bildas, är just en av de kemiska egenskaper gör att nukleotiden överhuvud taget behövs i cellerna.

Zockimon 384
Postad: 17 maj 2022 16:54 Redigerad: 17 maj 2022 16:54

Tyvärr, även din teori på anorganiska oligofosfater går upp i rök.

Pyrofosfater hyrdroliserar inte spontant, omedelbart  och komplett när de kommer i vatten. Pyrofosfat förekommer i vissa biokemiska reaktioner samt samlas ibland även som kristaller i kroppen (pseudogikt). 

Ibland är det skönt att ändra gamla föreställningar och lära sig något nytt. Vilka föredomar du har om oligofosfater... 

De är trevliga och sociala. 
Yeay! Long live the diphosphates! 


Fosfater skulle per se kunna spela ett större roll i biokemin, men de begränsas av sin egenskap att bilda svårt lösliga kalciumsalter... Vid högre koncentrationer skulle det öka risken för saltkristaller på fel ställe. Men i ben är det ju mycket användbar. 



mag1 9562
Postad: 17 maj 2022 22:03 Redigerad: 17 maj 2022 22:04

Ja pyrofosfat som jon kan finnas kvar ett tag i vatten, det stämmer. Men jag skrev att de hydrolysernas snabbt i cellen. Och denna katalyserade reaktionen sker effektivt av fler olika klasser av fosfataser. Det hade nog varit tydligare att specificera betydelsen av enzymerna i detta sammanhang, trots vi pratade om biokemiska skeenden i cellen.

Dessa fosfataserna ser till att pyrofosfat hydrolysernas, bl.a. för att se till att ATP hydrolyserade reaktioner skall enkelriktas. Vid enzymatisk klyvning av t.ex. ATP bildas ju AMP + PPi, men för att förhindra den reversibla reaktionen hydrolysernas PPi och jämvikten förskjuts mot produkten. Detta är i sig en betydande kostnad i energi för cellen, och frånsett under snabb celltillväxt hålls den intracellulära koncentrationen av PPi nere.

Vidare är PPi en potent inhibitor av vissa enzym, så en ansamling eller hög koncentration av PPi i cellen hämmar dessa enzymers aktivitet, vilka cellen är beroende av. Det finns till och med läkemedel som är strukturella analoger till PPi, som bl.a. används för att påverka bensjukdomar, t.ex. zoledronsyra.

Och precis som du skrev förekommer PPi även utanför cellerna, i komplex med hyaluronsyra i bl.a. synovialvätskan, och kan resultera ansamling av kristaller, som vid pseudogikt.

 

Jag letade fram följande open access artikel där detaljerna kring det jag nämnde finns, om du själv vill dubbelkolla, eller bara läsa mer on PPi i ett cellbiologiskt/biokemiskt sammanhang.

Pyrophosphate and Irreversibility in Evolution, or why PPi Is Not an Energy Currency and why Nature Chose Triphosphates
Front. Microbiol., 06 October 2021 | https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.759359

Zockimon 384
Postad: 17 maj 2022 22:38 Redigerad: 17 maj 2022 22:40

Vad roligt, det verkar som vi blir här experter på phosphatoligomerer...  :)

I alla fall uppskattar jag nu diskussionsstilen mer än i början. 


Du kanske vill kommer en nivå högre. Då är det inte bara att söka fram fakta som är kända och publicerade, men att fundera över inte så uppenbara frågor för att fördjupa förståelsen. 

Till exempel: varför används just fosfat med sin preferens/tendens för oligomerisering/bildning av ester som energitransporter eller markör? 
Varför inte N-homologer? Grannen svavel har också en stor utbredd av kemisk variation och möjligheter i sina förbindelse att erbjuda. 

Varför inte N- eller S-baserade förbindelser?







mag1 9562
Postad: 17 maj 2022 22:52 Redigerad: 17 maj 2022 22:53
Zockimon skrev:


Du kanske vill kommer en nivå högre. Då är det inte bara att söka fram fakta som är kända och publicerade, men att fundera över inte så uppenbara frågor för att fördjupa förståelsen. 

Till exempel: varför används just fosfat med sin preferens/tendens för oligomerisering/bildning av ester som energitransporter eller markör? 
Varför inte N-homologer? Grannen svavel har också en stor utbredd av kemisk variation och möjligheter i sina förbindelse att erbjuda. 

Varför inte N- eller S-baserade förbindelser?

Vad sägs om-  att den centrala dogmen är baserad på fosfoestrar. Och evolutionen har uppenbarligen selekterat fram just fosfoestrar, som har under de senaste 3.8 miljarder åren har fungerat tillräckligt bra för att inte ersättas med någon annan lösning?

Svara
Close