Genetik: hela genetikämnet är en big mess

Jag återkopplar lite på faktadelarna och tolkningen av texten. Den vetenskapsfilosofiska frustrationen och biologins "luddighet" är även de intressant aspekter, men jag kanske får tillfälle att återkomma till dessa senare.

Generellt blir det nog till att acceptera att det inom biologin är mer "luddig" beskrivningar, delvis för att exakta värden inte har kunnat fås, eller att det redan finns så pass stora osäkerheter att ett exakt värde inte är att betrakta som relevant.

Qetsiyah skrev:

Jag läser en kurs i genetik just nu, och när jag pluggar (dvs läser kursboken och söker information själv) får jag verkligen intrycket att det är ett ofärdigt ämne och att jag bedriver forskning av att undra och ta reda på saker i denna kurs, hur kan det vara det?

Överallt i boken finns det oklarheter i form av utelämnade detaljer. Det påminner om hur man svarar på frågor i prov när det är en viktig detalj man glömt men vill inte att läraren ska märka det och formulerar det på ett sätt som låter heltäckande men är egentligen inte det. Jag vet i förekommande fall inte om det är så för att 1) vi (mänsklighetens samlade kunskap) helt enkelt inte vet, eller för att 2) författaren tycker detaljen är onödig, eller för att 3) författaren tycker att att man borde förstå från kontext. 

I början av boken gör författaren en stor reservation för att det mesta vi känner till om genetik är baserat på jäst och ecoli och att ämnet som sådant innehåller en del hål. Jag kan acceptera det men han kan väl vara tydligare i resten av boken??? 

Om ämnet genetik är så snabbt växande, VARFÖR valde vår lärare en kursbok från 2004??????????? Det är i biosammanhang ultra-ultra-ultra obsolet, VARFÖR???

Ok så då får jag googla själv. 85% av gångerna finns det ingen wiki-artikel om det, och då är nästa steg, den enda räddningen forskningsartiklar, what?? Jag orkar inte!! 

---

Exempel: jag läser följande äckliga passage:

Ok så jag vill veta varför det är så att mRNA blir känsligt för nedbrytning av exonukleaser efter klyvning av 5' UTR.

Om mRNA-sekvensen klyvs mellan 5´-cap och AUG-RBS-AUG-ORF, lämnas 5´-änden utan den skyddande 5´-cap. Varpå resten av mRNA-sekvensen öppet byte för 5´-endonukleaser, det finns inte längre ett skydd mot dessa nukleaser.

 

1. Är det påståendet ens sant? Det står ju att det första steget involverar en exonukleas som tuggar polyA svansen? Då var ju mRNAsträngen från början sårbar för exonukleaser?

Stycket jag tror du refererar till inleds med "Typically, mRNA is degraded...". Inom biologin finns frekvent variationer av ett tema (som mRNA degraderingen), där flera parallella processer samverkar, parallellt eller i sekvens. Och detta bakas in i "typically", som ger höjd för variationer inom temat, och avvikelser från temat. Det blir lite av en "minsta gemensamma nämnare" för temat, en generell accepterad beskrivning av temat, vilket görs för att kunna beskriva just generella delar - trots att det bland alla möjliga mRNA finns många olika variationer på temat. Det blir m.a.o. en beskrivning av nedbrytningen av merparten av mRNA.

2. Antyder boken att eftersom 3' och 5' UTR klyvs ungefär samtidigt (?) så blir mRNA strängen egentligen sårbar för exonukleaser när BÅDA UTR är tuggade?

Att bägge UTR samt den kodande sekvensen klyvs vid ungefär samma tidpunkt känns som en rimlig tolkning av texten, d.v.s. att vanligtvis sker poly-A degraderingen innan resten, vilka sker ungefär samtidigt. Följande en tidslinje från transkription till degradering, sker resten av nedbrytningen relativt snabbt, efter att de skyddande elementen (polyA m.fl.) degraderats. De skyddande elementen ökar drastiskt mRNAs halveringstid, "fritt" och "oskyddat" RNA-degraderas snabbt (skydd mot bl.a. viralt RNA).

RNA-sekvensen blir tillgänglig för endonukleas-degradering så snart någon av ändarna har modifierats/klyvts. Det kan nog ske precis samtidigt, men beroende på eventuell RNA-sekundärstruktur, RNA-bindande proteiner, ribosomer etcetera så kommer delar av RNA-sekvensen vara otillgänglig endonukleaser, inklusive de respektive ändarna.

3. och min sista fråga är då bara "varför".

Ok jag googlar "mRNA degradation" och kollar bilder. What? Vad är det jag får upp? Betydelselösa bilder direkt tagna från forskningsartiklar med enzymförkortningar och gen-namn jag har noll chans att fatta. Är den här basic frågan i framkant av mänsklig kunskap?????

Som tur är finns det en underrubrik "Degredation" på wikisidan om mRNA. Där nämns ingenting om UTR??????

Och det här är inte ens min enda fråga om passagen. Det understrykta i första stycket om halveringtiden är matematiskt oprecist. Kommentaren om att det kan finnas outliers är så onödig och tillför ingen som helst väsentlig information, varför inte bara ange hur många procent intervallet 0,5-10h täcker samt vad genomsnittet är? Den här typen av flumm blir jag särskilt allergisk mot när jag pluggar matte och fysik, den ämneskulturella skillnaden är så stor och jag klarar inte av den. Varför kan inte biologer anamma ett precisare, mer logiskt, mer systematiskt, transparentare språk? Resonera mer i siffror och mindre i jargong?

Att biologin sällan ger precisa svar ligger i sakens natur. Det är en mer konceptuellt beskrivande vetenskap där precisa svar inte alltid är så signifikanta (hur mRNA skyddas och bryts ner är fokus), till skillnad från t.ex. fysiken (massan av en elektron är för många tillämpningar tillräckligt precist definierad). Den oprecisa siffran om halveringstiden, antar jag bygger på tidigare inhämtat experimentell data, generaliseringar och misstänker jag tyvärr nog även lite brist på stora datavolymer. Lite för många osäkra parametrar för att ge en mer precis tid/procentsats tror jag. 

Enzymerna som degraderar RNA har en individuell hastighet, olika substrat (5'/3' endo-, exonuleas, polyA, UTR specifika/generella), deras koncentration varierar nog mellan olika celltyper, och beroende på andra cellulära processer (vilande celler v.s. sektretoriska eller prolifererande celler) etcetera.

mRNA som substrat, är av olika längd, olika komplexitet (sekundärstruktur), binder olika proteiner, translateras i olika hög grad, regleras av andra RNA-element (inhibitory/enhancer) m.m.

Vid studier av homogena cellkulturer finns det alltid en variation mellan cellerna (stressnivå, cellcykelstadie, hur "misshandlade" de är av forskarna). Och datat som ingår i den generella beskrivningen kommer från olika celltyper, men långt ifrån alla de celltyper t.ex. jag för närvarande har i kroppen. Detta förutsätter förresten att cellerna kommer ifrån samma art, vilket inte är fallet här (datat kommer ifrån det modellsystem som fungerade, oavsett om det var imortaliserade humana cellinjer, drosofila, jäst eller vad det nu var som fungerade).

Skulle allt data finnas, eller kunna extrapoleras, kunde nog en mer precis siffra fås, men det är för många osäkra parametrar för att skapa en relevant bestämning av en halveringstid. Om t.ex. antalet baser dubbleras borde det ta två gånger så lång tid för ett nukleas att bryta ner det, men våra mRNA-transkript varierar  i längd, och det finns olika kombinationer av olika bindningsställen för andra också olika proteiner etcetera.

 

Och vadå "...some cells...", vadå cells? Vävnader menar de eller???

När det står " Next, the 3' untranslated region, the 5' UTR, and the coding region are cleaved by endonucleases" betyder det att de tre delarna separeras från varandra, eller att det sker en klyning nånstans i mitten av alla tre segmenten (såfall var??)?

 

Jag vill inte gå vidare förrän jag får dessa saker utredda, men det blir jag tvungen att göra om jag vill klara kursen eftersom varje mening i denna dumma bok innehåller liknande oklarheter. Vet inte om det är kursen, boken eller hela ämnet eller mig själv jag ska skylla på men det här var ingen bra upplevelse. Jag klarar inte av det här.

Visa spoiler

Jag blir lite förvånad själv, tänk vad gammal kunskap fysik och matematik är jämfört med bioteknik när läroböcker äldre än 2010 är gamla.

Jo biologin efter tillgången på moderna metoder, har fortfarande en varierande detaljrikedom. Men mer kunskap tillkommer hela tiden, och med den uppdagas bristen på detaljer/kunskap, och allt börjar igen - precis som de andra naturvetenskaperna.

Tack så mycket för ditt svar! Har inga följdfrågor :)

För all del, även om det var en god portion åsikter om vetenskapande inbakat i svaret.

Den oprecisa siffran om halveringstiden, antar jag bygger på tidigare inhämtat experimentell data, generaliseringar och misstänker jag tyvärr nog även lite brist på stora datavolymer. Lite för många osäkra parametrar för att ge en mer precis tid/procentsats tror jag. 

Det jag menar är liksom... Det är ok om det inte finns jättedetaljerad info, men om det inte finns tycker jag läroboksförfattaren borde vara tydlig och transparent kring det. Om det är osäkert, hur osäkert, vad är osäkert? Varannan mening i den här boken leaves me hanging, ett tydligt "we dont know yet" är bättre än ingenting!!

I en annan bok om cellbiologi vi hade så fanns en liten textruta i början av varje kapitel som hette "what we dont know" den gillade jag verkligen jättemycket.

Det är två inte helt samma frågor jag driver här vilket är: 1) biologiämnets natur 2) sättet man kommunicerar på, särskilt i läroböcker, alltså rent språkligt.

1) Vet jag att det inte går att jämföra biologi med fysik/matte eftersom de studerar helt olika saker/fenomenen, och olika ämnen calls for olika tillvägagångssätt. Men de generella idéerna/attityderna från matte tycker jag ändå är överförbara, det om att vara systematisk, logisk, rigorös...

Jag förstår inte hur allt i fysik och matte på den nivån jag pluggar var kartlagt och klart för 200 år sen, medan i bio så är en lärobok från 2004 utdaterad, är bio ett ungt ämne?? (Bioteknik är definitivt ett ungt ämne)

Ja absolut är det bra att framföra hur säkra man anser att (ens) data och konklusion är, det är en form av vetenskaplig hederlighet dessutom. Kruxet är att det vid bl.a. publikationer sällan ligger i författarens intresse att föra för mycket uppmärksamheten på de mindre säkra delarna - det riskerar att sänka trovärdigheten för budskapen. Istället lyfts de starkare delarna upp, och osäkerheterna nämns ibland i mer luddiga ordalag.

En del av läsandet av andras texter/åsikter blir att värdera vad som förmedlas (som vid all vetenskaplig prövning) - är det logiskt, bekant/nydanande, finns det underlag för detta från författaren eller andra? Vilket tror jag har beröring på din 1) och 2), även om textböcker brukar innehålla material som är mer vedertaget och accepterat inom ett fält (och inte alltid helt nytt). På så vis blir det ett problem att ta med de nyaste rönen, som precis publicerats i läroböckerna.

Men som du skriver, 2004 är inte direkt purfärskt utan innehåller endast det som var vedertaget/ledande teser 2004, vilket fungerar bra inom andra fält som matematiken. Men, det fungerar ganska illa i ett, som du skriver "ungt" fält till stor del byggt på faktainsamling och förklaring. Jag hade motsvarande invändning till vissa delar av kurslitteraturen, utifrån upplagors ålder som student, men insåg sedan att en delförklaring var helt enkelt att kursorganisatören gillade bokens upplägg (baserat föreläsningar utifrån den) och stil - och att det senaste rönen får föreläsarna själva sammanfatta i en bild eller två och nämna under föreläsningarna.

mag1 skrev:

Ja absolut är det bra att framföra hur säkra man anser att (ens) data och konklusion är, det är en form av vetenskaplig hederlighet dessutom. Kruxet är att det vid bl.a. publikationer sällan ligger i författarens intresse att föra för mycket uppmärksamheten på de mindre säkra delarna - det riskerar att sänka trovärdigheten för budskapen. Istället lyfts de starkare delarna upp, och osäkerheterna nämns ibland i mer luddiga ordalag.

Ja precis, det har jag förståelse för, jag tror dock det hade varit till hela fältets fördel om man vågade nämna det tydligare, bara en aning. Jag syftade dock främst på läroböcker, jag kan inte påstå att jag känt av detta särskit tydligt i forskningsartiklar.

En del av läsandet av andras texter/åsikter blir att värdera vad som förmedlas (som vid all vetenskaplig prövning) - är det logiskt, bekant/nydanande, finns det underlag för detta från författaren eller andra? Vilket tror jag har beröring på din 1) och 2), även om textböcker brukar innehålla material som är mer vedertaget och accepterat inom ett fält (och inte alltid helt nytt). På så vis blir det ett problem att ta med de nyaste rönen, som precis publicerats i läroböckerna.

Jag förstår, jag är inte så bra på tolkning.

Men som du skriver, 2004 är inte direkt purfärskt utan innehåller endast det som var vedertaget/ledande teser 2004, vilket fungerar bra inom andra fält som matematiken. Men, det fungerar ganska illa i ett, som du skriver "ungt" fält till stor del byggt på faktainsamling och förklaring. Jag hade motsvarande invändning till vissa delar av kurslitteraturen, utifrån upplagors ålder som student, men insåg sedan att en delförklaring var helt enkelt att kursorganisatören gillade bokens upplägg (baserat föreläsningar utifrån den) och stil - och att det senaste rönen får föreläsarna själva sammanfatta i en bild eller två och nämna under föreläsningarna.

Jo precis. Detta sa vår lärare också, han sa att kursen praktiskt taget försöker kondensera ner tre kurser till en enda på 6hp. På ett biologiprogram sa han att man läste evolutionsbiologi, molekylär genetik och epigenetik som separata kurser, och att vi gjorde lite av alla tre. Det kanske inte finns så många böcker med alla tre.

På stegen allmänbildning-läroböcker-reviewartiklar-artiklar vet jag att det finns ett mellanting, typ läroböcker för forskare/forskarstuderande, vad kallas de?

För övrigt vill jag säga att jag älskar reviewartiklar, det är exakt sån syntetiserad övergripade information som man inte kommer åt av att läsa artiklar. 

På stegen allmänbildning-läroböcker-reviewartiklar-artiklar vet jag att det finns ett mellanting, typ läroböcker för forskare/forskarstuderande, vad kallas de?

Reviews är nog det närmaste jag kommer på. Ämnesspecifika böcker finns ju, men de brukar bli smala i vad som tas upp. Så mellan läroböckerna och reviews, känns det som om det är ganska tomt. Det är dessutom en ännu mer begränsad marknad mellan läroböcker och reviews, för när studenten behöver mer än läroböckerna är steget inte så långt till reviews och publikationer.