Fylogenetiskt träd

Varifrån kommer uppgiften?

Du kan i princip göra ett fylogentiskt träd som du vill, t.ex. där den/de egenskaper som du anser är viktigast (och som därmed underbygger ditt resonemang eller hypotes). Om du saknar hypotes, kan du som uppgiften instruerar fokusera på olikheterna (som motsvarar skillnader i evolutionärt förvärvade egenskaper/kapaciteter etcetera).

Vad var tanken bakom designen av ditt fylogram?

Tanken var att sätta de som är närmast släkt högst upp och länka samman dem. De som bara har en egenskap som skiljer alltså. Sen är A och B kvar, då tänkte jag att A är närmre släkt om man ser på helheten än vad B är. Därför satte jag B längst ner. Uppgiften kommer från en hemtenta, den är redan inlämnad sedan igår em, men jag vill förstå hur man gör och hur man ska tänka. Jag har tittat på flera youtubeklipp och läst runt på internet men jag blir inte klokare tyvärr. 

Du har markerat att du är nöjd med svaret. Stämmer det?

Nej jag måste kommit åt knappen bara. Tar gärna emot mer tips och hjälp :) 

"i mellan" inger inte förtroende, men boken kanske är bra ändå.

Nu förstår jag inte vad du menar? 

Jag tror Lagunas svar var en del av ett annat sammanhang.

Oklart. 

Åååh, den här uppgiften är så gullig och härlig.

Jag håller med mag1 om att det här är en öppen uppgift.

Det finns sagt så finns det såklart dåliga och bra lösningar - och min lösning är bäst. Min:

Fight me! (föreslå egna lösningar ni gillar mest).

Min lösning är baserad på en historik där det existerat en komplex anfader vars flesta drag överlevt i formen av A och B och där övrig speciering skett genom förlust av ett drag samtidigt som de erhållit. Det nuvarande trädet reflekterar att jag inte kan bestämma mig för om kantighet eller rundhet är det mest primitiva draget. Jag har gjort om trädet 3 gånger nu. Det här var kul.

Men detta är inte baserat på någon matematisk modell utan bara att bland de jag testade så vad den ovan den jag tyckte såg trevligast ut.

Ritar jag ut trådskaparens förslag på träd på detta sätt så är det

Jag tycker inte personligen att denna ser så rimlig ut. MEN det är för att jag har en fördom om att konvergent evolution är avvikande (vilket det absolut inte är). I OPs träd tycker jag det ser ut som att rundhet eller kantighet uppstått minst två gånger oberoende från varandra. Men det är inte i sig ovanligt. Sådana saker ser man i verkliga fylogenetiska träd hela tiden.

Tack så mycket för ett givande och intressant svar. Ditt träd ser helt klart mer rimligt ut om man ser till spindlarnas olika kroppar. 😊 

Jag gjorde också ett eget i går, men jag tänkte vänta in Pskm först, för att slippa bias :)

Men nu när du startat SeriousCephalopod finns det ingen anledning att sitta tyst i rummet.

Tog bara en lite stund att fula till mitt så den bli nästa lika snygg som SeriousCephalopods version.

Vi utgick bägge ifrån kroppsformen, men det beror på vad betraktaren tolkar in också. Kanske fötterna är viktigare än formen o.s.v.

Känns så självklart när ni ritat upp det så. Jag visste inte vad jag skulle göra med de två som ”var över”, så jag bara satte ut dem. Klart man skulle gjort trädet i två grenar så. Tack så mycket, då vet jag hur jag kan tänka i fortsättningen (eller på omtentan eftersom mitt träd inte var någon höjdare🙈). 

Funfact. Det finns (åtminstone) 6 st olika topologier som ett fylogenetiskt träd i formen av ett binärt träd med 6 löv kan ha

Något man skulle kunna göra är generera alla möjliga fylogenetiska träd med de aktuella arterna och ranka dem utefter något mått. Men bara att man kan forma 6 träd innnan man ens placerar ut arterna borde göra en lite ödmjuk för faktumet att det nog finns många rimliga lösningar. Lämnar det som en övning att bestämma totala antalet möjliga träd. (för jag vet inte svaret)

edit: ånej, en 7-lövare smög sig in. Måste uppdatera.

edit: uppdaterad bild.

[det här var ett project euler problem som jag gjorde för 5 år sedan så inget jag kom på på rak arm]

Jag valde att utforska problemet lite mer med efterforskning på wikipedia. Kedjan jag följde var i praktiken 

Phylogenetic tree ->Computational phylogenetics -> Neighbor joining

Som ett matematikproblem verkar trädkonstruktionen kallas neighbor joining och en algoritm för att generera 'bästa' trädet med hjälp av en distansmatris fanns formulerad av  Saitou och Nei. Då vi vart givna en distansmatris så verkar detta mycket lovande.

Först ville jag göra en direkt implementation av algoritmen men liver är för kort så bara hittade en implementation scikit-bio som hade en implementation som inte var så svår att kopiera. Jag skrev ihop lite kod i google colab och körde den

Den algoritmen spottar alltså ut ett annat träd än dem jag och mag1 formulerade(!!!). Omritat till mitt format så är trädet algoritmen ger

(i min figur är grenlängd inte med i bilden, bara topologin.

Detta träd ser förstås också rimligt ut och kan köpa att den kanske är den bästa utifrån den specifika avståndsmatrisen. Ju mer jag tittar på den så känns det nästan läskigt att man missade den. Sedan kanske en avståndsmatris som använder genetisk distans skulle ge ett annat träd men detta är ju endast en morfologi-baserad fylogenetisk modell.