Extraktion av DNA ur ärtor

Antares skrev:

Vi ska göra en hemlaboration som jag har lite problem med. Jag tycker det är lite otydligt hur vi ska göra och första gången misslyckades jag.

Instruktioner:

Koka ärtorna enligt anvisningar på förpackning om du ej har kokta ärtor.
Mosa ärtorna  med skeden i en av bägarna/glasen. 
Mät upp 60 ml vatten och häll i bägaren.
Mät upp 10 ml diskmedel och häll i bägaren.
Häll i ¼ tsk salt.
Rör om ordentligt.
Sätt filtret i en tratt och ställ tratten i den andra bägaren.
Häll långsamt igenom ärtblandningen genom filtret.
Mät upp ungefär lika mycket T-röd som nu finns i bägaren.
Häll T-röd över den filtrerade ärtblandningen.
Plocka upp DNA-strängarna med en träpinne.
Ta ett foto med din mobilkamera/kamera på ditt DNA med en lapp med ditt namn på bredvid. Detta foto ska bifogas i rapporten under resultat.

Jag försökte med gröna ärtor men jag tycker mest att det blir skal och smulor när man mosar dem. Jag gjorde nog fel med etanolen för att jag hade lite bråttom (inlämning imorrn). Blir det bättre med något annat? Sen är jag osäker på om man ska tillsätta etanolen till det som finns i filtret eller vätskan som rinner ut ur filtret. Jag antar det senare och att DNA går igenom filtret.

Ja det är vätskan som passerar ut ur filtret (filtratet) som du skall tillsätta etanolen till. Men det är viktigt att etanolen är fryskall (-20°C), för att få DNA att falla ut. Är etanolen varmare, kan den helt enkelt blanda sig med filtatet och då faller inte DNA ut.

Om du försiktigt tillsätter etanolen så att den lägger sig ovanpå filtratet, och väntar 10-15min ökar dina chanser att få renare DNA att falla ut, motsvarande i :

https://www.pluggakuten.se/trad/dna-extraktion-ur-artor-tips/

 

Tittade lite på den här tråden https://www.pluggakuten.se/trad/har-jag-lyckats-extrahera-dna/#post-d2046096-a350-42e5-a7c0-acde00dc0162 och fick lite tips men jag måste vänta flera timmar på att etanolen blir iskall(fick tag på den idag), så ni får gärna ge mig lite feedback så att jag kan lyckas med laborationen.

mag1 skrev:

Antares skrev:

Vi ska göra en hemlaboration som jag har lite problem med. Jag tycker det är lite otydligt hur vi ska göra och första gången misslyckades jag.

Instruktioner:

Koka ärtorna enligt anvisningar på förpackning om du ej har kokta ärtor.
Mosa ärtorna  med skeden i en av bägarna/glasen. 
Mät upp 60 ml vatten och häll i bägaren.
Mät upp 10 ml diskmedel och häll i bägaren.
Häll i ¼ tsk salt.
Rör om ordentligt.
Sätt filtret i en tratt och ställ tratten i den andra bägaren.
Häll långsamt igenom ärtblandningen genom filtret.
Mät upp ungefär lika mycket T-röd som nu finns i bägaren.
Häll T-röd över den filtrerade ärtblandningen.
Plocka upp DNA-strängarna med en träpinne.
Ta ett foto med din mobilkamera/kamera på ditt DNA med en lapp med ditt namn på bredvid. Detta foto ska bifogas i rapporten under resultat.

Jag försökte med gröna ärtor men jag tycker mest att det blir skal och smulor när man mosar dem. Jag gjorde nog fel med etanolen för att jag hade lite bråttom (inlämning imorrn). Blir det bättre med något annat? Sen är jag osäker på om man ska tillsätta etanolen till det som finns i filtret eller vätskan som rinner ut ur filtret. Jag antar det senare och att DNA går igenom filtret.

Ja det är vätskan som passerar ut ur filtret (filtratet) som du skall tillsätta etanolen till. Men det är viktigt att etanolen är fryskall (-20°C), för att få DNA att falla ut. Är etanolen varmare, kan den helt enkelt blanda sig med filtatet och då faller inte DNA ut.

Om du försiktigt tillsätter etanolen så att den lägger sig ovanpå filtratet, och väntar 10-15min ökar dina chanser att få renare DNA att falla ut, motsvarande i :

https://www.pluggakuten.se/trad/dna-extraktion-ur-artor-tips/

 

 

Tittade lite på den här tråden https://www.pluggakuten.se/trad/har-jag-lyckats-extrahera-dna/#post-d2046096-a350-42e5-a7c0-acde00dc0162 och fick lite tips men jag måste vänta flera timmar på att etanolen blir iskall(fick tag på den idag), så ni får gärna ge mig lite feedback så att jag kan lyckas med laborationen.

Okej. Gjorde ett försök med broccolli som också blev misslyckat, men jag har ett ärtprov på gång. Problemet är bara att det tar så lång tid att filtrera ärtprovet eftersom det blir blockerat i botten och vätskan är trög, så jag tog ut de krossade ärtorna ur filtret(det går inte att mosa gröna ärtor). Gör det nåt?

Sedan undrar jag hur lång tid det kan ta att få T-röden till -20°C. Tveksamt om den var det när provade med brocollin, för där blandades vätskorna rejält. Då hade den ändå legat i frysen i tre timmar.

Tredje försöket med ärtor gav väldigt tydliga skikt mellan det gröna diskmedlet och den rosa T-röden, men ingen DNA. Kan hända att jag kokade sönder ärtorna, om det nu spelar någon roll.

Att ärtorna kokades för mycket borde inte påverka DNA, som tål 100°C vatten bra. Dock kan ärtmoset bli mer trögflytande om det kokas mer, motsvarande konsistensen på ärtsoppa som blir mer och mer kletig ju längre soppan kokas (och vatten behöver därför tillsättas).

Det kan vara värt att låta filtratet (efter kaffefiltret) svalna, och sedan tillsätta -20°C etanol långsamt, och sedan vänta ett tag innan du fiskar efter DNA. Lyckas du med detta kan du få upp silkestunna trådar av DNA, annars mer ihopklumpat material (som i de andra trådarna här på PA).