Enzymer och splittring av aminosyrasekvens
Har fått en fullkomligt obegriplig uppgift på halsen... Texten lyder:
Följande peptid har aminosyrasekvensen för en liten del av proteinet bovint serum albumin (BSA). Om BSA intas med födan så bryts det ner av olika proteaser i mag och tarmkanalen. Varje enzym har en unik specificitet. Para ihop rätt nedbrytningsprodukt med rätt enzym.
HPEYAVSVLLRLAKEYEATLEEC
Den första nedbrytningsprodukten är, till exempel, HPEYAVSVLLRLAKEYEATLEE och HPEYAVSVLLRLAKEYEATLE, och vi kan välja mellan enzymerna aminopeptidas, trypsin, karboxypeptidas, elastas och kymotrypsin. Men jag begriper absolut inte hur denna uppgift ska lösas. Okay, jag vet hur man avkodar aminosyrasekvensen men sedan då? Hur avgör man vilken proteas som kan klippa mellan vilka aminosyror...?
Någon som har någon idé?
Står det inte i din uppgift hur enzymerna klipper? Trypsin klipper till exempel efter R och K. Den informationen borde finnas med. Eller är det tänkt att ni ska googla det?
Här är annars en tabell: http://www.proteinsandproteomics.org/content/free/tables_1/table11.pdf
Ja, jag antar att vi skulle googla fram detta men har fått en ganska dålig beskrivning... och jag undrar också, med tanke på att bara två av dessa enzymer har "specifierade" klippunkter. Resten av produkterna ser ut så här:
HPEYAVSVLLRLAKEYEATLEE och HPEYAVSVLLRLAKEYEATLE
HPEYAVSVLLR och LAK
PEYAVSVLLRLAKEYEATLEEC och EYAVSVLLRLAKEYEATLEEC
HPEYA och SVLLRLA
HPEY och AVSVL
Av dessa så tycker jag bara att trypsinets och chymotrypsinets klippunkter kan placeras ut, speciellt med tanke på att det inte går att se bindningarna. Extra speciellt med tanke på att sekvensen inte har klyvts i vissa fall, utan det ser mer ut som restprodukterna av två olika klippningar. Och så finns det ju dessutom flera olika varianter av karboxypeptidas och aminopeptidas... knepigt! Ska kolla i tabellen, tack för länken! :)
