Elektrofores aminosyror

Välkommen till Pluggakuten!

Det verkar fattas en hel del information för att vi skall kunna ha en chans att kunna hjälpa dig. 

Vilken är koncentrationen av ammoniumjoner i bufferten?

Vem är Anna? Vad är det för ett papper?

Vad har du hittat för fakta om ninhydrin? Var har du letat?

Vilka är formlerna för glycin, asparaginsyra och lysin ?

Vad är lösning x för något?

Lägg in all information vi kan tänkas behöva i den här tråden, och du anser att alla frågorna hör ihop, eller gör en tråd för varje fråga. Visa också hur långt du har kommit med varje delfråga, så är det lättare för oss att hjälpa dig. /moderator

Okej här kommer lite mer information!

Bufferten består av en svag syra och en svag bas: NH3/NH^4+

Det vi vet är att ammoniakens koncentration = 15 M

Fråga 2 har jag redan löst. Där tänker jag att aminosyrorna som läcker från våra händer kommer transporteras till pappret om vi rör det och det kommer då göra så att lila fläckar bildas när kromatografipappret doppas i ninhydrin. Vi ska därför undvika att röra pappret.

Vi vet att ninhydrin bildar lila fläckar när det kommer i kontakt med aminosyror och värms. Ninhydrinet är i pulverform och är blandar med aceton innan vi doppar kromatografipappret i lösningen. Vi vill veta varför ninhydrin är farligt.

På kromatografipappret har vi i mitten satt ut fyra kryss och markerat varje kryss med en bokstav.
A för asparaginsyra, L för lysin, G för glycin och X är för oss okänd och är en blandning av A, L och G.

Tack för hjälpen

1. Vilket pH tror du det är på bufferten (pKa för ammoniak är ganska högt).

2. Ditt svar på fråga 2 är rätt. Ninhydrin används bl.a. för att upptäcka fingeravtryck, så med oskyddade händer blir det massor av annat material som färgas och förstör.

4b. Ninhydrin reagerar med och används, som du skrev, för att detektera primära och sekundära aminer, som i bl.a. aminosyror. Har du några sådana i kroppen...

Hur långt har du kommit med svaren på de andra frågorna?

1. pKa för ammoniak är 4.74 men jag vet inte pH och vet inte hur jag ska få fram det heller. På fråga 5 står det att vi borde fått fram att pH i bufferten ska vara ungefär 7 men hur räknar jag ut detta?

4. A) Här svarade jag att ninhydrin färgar aminosyror blåvioletta och med hjälp av det kan jag se hur aminosyrajonerna förflyttat sig då lila fläckar bildas där. Fläckar i mitten=oladdad. Fläckar vid pluspolen=negativ laddad. Fläckar vid minuspolen=positivt laddad.

4. B) Är det för att vi har sådana i kroppen som ninhydrin är farligt för oss?

Jag har löst fråga 2 helt och 3 och 4 halvt. Jag behöver mest hjälp med 1, 5, 6 och 7

Nej, pKa för ammoniumjonen är 9,25 så det borde betyda att pKb för ammoniak är 4,75.

Finns det någon förklaring för hur man skall blanda till ammoniumbufferten?

Kollade pKb av misstag:/

Bufferten var färdigblandad från en flaska och den enda informationen jag fick om den var att den består av en svag bas och en svag syra: NH3/NH^4+ Och att ammoniakens koncentration är 15M

Vi har inte fått någon volym för bufferten utan den hälldes bara rakt ner i elektroforesapparaten så jag vet inte hur jag ska få fram [H+] för att kunna räkna ut Ph till ca 7

Det verkar väldigt konstigt att välja en ammoniumbuffert för ett pH-värde som är lägre än 8,25 (d v s mer än 1 pH-enhet från pKa-värdet).

Okej

Det är lite knepigt att hjälpa dig vidare, då vi inte har så mycket information.

Men det verkar som om du laddat dina prover som skulle separeras genom elektrofores på ett papper. Så det var kanske det som ni efter det torkat lade i elektroforesapparaten?

Var fanns bufferten (från 1.) var det denna som pappret lades i?

5. Vilket pH fick du?

6. Svaret på denna fråga är direkt kopplat till aminosyrornas laddning, och den är för varje aminosyra beroende på lösningens pH.

7. Svaret på denna beror på ditt resultat. Hur såg det ut om du jämför med var fläckarna från lösningen x hamnade, och var fläckarna för de individuella aminosyrorna hamnade. Fanns det några från x som vandrat liknande de från de individuella aminosyrorna?

Ja precis, pappret doppades i bufferten samt hälldes i elektroforesapparaten så att båda ändarna av pappret låg i bufferten.

Jag har inte gjort labben själv då vi inte har varit i skolan pga corona så vilket pH det blir vet jag inte utan det ska jag på något sätt räkna ut. Men vet inte hur jag räknar ut pH på bufferten utan att ha mer information om den.

Fråga 6 fattar jag nu, tack så mycket!!

7. I resultatet hamnade G-fläcken på mittensträcket, L-fläcken mot den negativa polen och A-fläcken mot den positiva polen. X hade flera fläckar en i mitten, en till pluspol och en till minuspol. Betyder det att det är en blandning av G, L och A eller hur ska man resonera där? 
tack så mycket hjälpen uppskattas mycket

1. Finns det något mer i denna buffert? Eller blandades/späddes den kanske med något annat inför elektroforesen? För vore det 15M ammoniak kan pH inte bli 7, som fråga 5 antyder att den borde vara.

7. Jag skulle anta att X är, precis som du listat ut, en blandning av de tre aminosyrorna. Att tillsätta enstaka ämnen (som i detta fall aminosyror) på en egen plats som "referensprov", och separera dessa referensprov samtidigt med prov med okänt innehåll är ett vanligt sätt att få reda på vad som kan finnas i det okända provet. En aminosyra i det okända provet kommer då att röra sig lika långt från platsen där det laddades, som motsvarande aminosyra från referensprovet.

1. Den information jag fått om bufferten är att den består av NH3/NH4+ samt att ammoniakens konc. är 15M. Det står även att en droppe av bufferten= 0,02ml.

Jag ska alltså med denna information räkna ut buffertens pH (till ca 7 enligt fråga 5). Jag vet inte hur jag ska gå till väga. pH räknas ut genom att ta redan på [H3O+] men hur hittar jag den?

Ska jag använda mig av volymen en droppe då?

1. Det saknas information för att kunna beräkna detta. Vi vet inte hur stor totalvolymen är (i elektroforestanken), endast volymen och koncentrationen av ammoniaken.

Finns det verkligen inget annat i elektroforestanken än vatten med 0,02ml ammoniak vid 15 M? För att pH skulle bli nära 7 krävs något mer än endast ammoniak i vattnet (om inte elektroforestanken har väldigt stor volym).

Jag hade missat totalvolymen som angavs till bufferten men lyckades nu lösa uppgiften så att pH blev 7!

Klurar just nu på uppgift 7 och hur jag ska formulera det på rätt sätt. Känns som en hyfsat simpel uppgift men vet inte hur jag ska kunna resonera på A-nivå för att visa att X innehåller en blandning av glycin, asparginsyra och lysin. Är det en tillräckligt bra förklaring till vad x innehåller att skriva att glycin är oladdad, asparginsyran är negativt laddad och lysin är positivt laddad. På X ser jag att en del joner transporterats till anoden, en del till katoden och en del stannat kvar i mitten. X måste därför innehålla både glycin (vars joner i x stannar i mitten=oladdade), lysin (vars joner i x går mot negativa polen=postivt laddade) och asparginsyra (vars joner i x går mot positiva polen=negativt laddade)?

Bra det kändes som den volymen saknades.

Gällande 7. Det är en bra förklaring till hur aminosyrorna vandrade var och en för sig. Utifrån det kan du påstå att de ämnen i provet X, som vandrade på precis samma sätt är just samma substanser (då de beter sig lika dant, d.v.s. rör sig lika långt och på samma vis som du såg för de enskilda aminosyrorna).

Att tillsätta en känd substans, som du vet/misstänker finns i ett okända prov är ett vanligt förfarande för att identifiera om de eftersökta/misstänkta  substanserna finns med. Dylika prover brukar kallas standard eller referensprov.

Då är jag med på fråga 7 också!! Tack så mycket för all hjälp den uppskattas mycket