DNA ur behandlade kiwi?
Hej!
Jag håller på med ett experiment som handlar om att extrahera DNA ur kiwi. Jag har sett många likadana experiment på webben men ingen som pratar om behandlade kiwi. Här är instruktionerna jag fick till labbet:
En hypotes ska normalt innehålla ett mätvärde, men vid en ren observation kan man inte anta ett mätvärde. Därför är det en rekommendation att du tänker ut något som går att använda som kontroll till försöket.
DNA går sönder vid höga temperaturer och förändrat pH-värde. En tänkbar kontroll kan därför vara att behandla en kiwifrukt på något sätt, och sedan jämföra en obehandlad kiwis resultat med en behandlad kiwis resultat.
Jag fick också ett förslag för hur man kan extrahera DNA:t med en extraktionsbuffert och T-röd. Eftersom det nämns temperatur och pH vill jag göra tre olika experiment: en kontroll, en med högre temperatur och en med högre pH. Jag skulle anta att instruktionerna som ges är för kontrollen, och sedan för de andra två borde jag göra något med kiwin först innan jag följer samma instruktioner?
Skulle jag till exempel koka kiwin eller lägga kiwin i vinäger innan jag mosar den och sedan filtrerar den?
Tack på förhand!
alvarado_ali skrev:Hej!
Jag håller på med ett experiment som handlar om att extrahera DNA ur kiwi. Jag har sett många likadana experiment på webben men ingen som pratar om behandlade kiwi. Här är instruktionerna jag fick till labbet:
En hypotes ska normalt innehålla ett mätvärde, men vid en ren observation kan man inte anta ett mätvärde. Därför är det en rekommendation att du tänker ut något som går att använda som kontroll till försöket.
DNA går sönder vid höga temperaturer och förändrat pH-värde. En tänkbar kontroll kan därför vara att behandla en kiwifrukt på något sätt, och sedan jämföra en obehandlad kiwis resultat med en behandlad kiwis resultat.
Jag fick också ett förslag för hur man kan extrahera DNA:t med en extraktionsbuffert och T-röd. Eftersom det nämns temperatur och pH vill jag göra tre olika experiment: en kontroll, en med högre temperatur och en med högre pH. Jag skulle anta att instruktionerna som ges är för kontrollen, och sedan för de andra två borde jag göra något med kiwin först innan jag följer samma instruktioner?
Det går inte riktigt att svara på utan att ha läst instruktionen. Men är det en instruktion för att rena fram DNA ur kiwifrukt så bör instruktionen vara anpassade för att kunna ge det bästa möjliga resultatet, vilket skulle motsvara en positiv kontroll.
Skulle jag till exempel koka kiwin eller lägga kiwin i vinäger innan jag mosar den och sedan filtrerar den?
Det beror på vilken din hypotes är. Har du funderat på hur kokande eller vinäger kan påverka resultatet?
mag1 skrev:Det går inte riktigt att svara på utan att ha läst instruktionen. Men är det en instruktion för att rena fram DNA ur kiwifrukt så bör instruktionen vara anpassade för att kunna ge det bästa möjliga resultatet, vilket skulle motsvara en positiv kontroll.
Ja, det finns instruktioner för hur man kan extrahera DNA:t, tänkte att de var långa, men de finns här:
Visa spoiler
Föreslaget material:
Mogen kiwi
Diskmedel eller flytande tvål
Koksalt (NaCl)
T-röd (95 %-ig alkohol) som förvaras i frysfack tills den ska användas
Glas
Tratt
Kaffefilter eller gasbinda
Sked
Grillpinne
Riskbedömning: Normal varsamhet. Tänk dock på att T-röd är brandfarligt. Avfall: Vask och sopkärl.
Förslag på metod för att ta fram rent DNA från cellerna i en kiwi:
• Gröp ur innehållet i en kiwi och mosa detta i ett glas.
• Späd 10 cm3 diskmedel med kallt vatten till volymen 100 cm3.
• Häll så mycket av det utspädda diskmedlet över den mosade kiwin att allt fruktköttet täcks. Tillsätt sedan ca 3 g koksalt och blanda väl.
• Använd tratt och filtrerpapper och filtrera ovanstående blandning. Filtratet (det som har passerat filtrerpapperet) samlas i en litet glas.
• Tillsätt med stor försiktighet en lika stor mängd iskall T-sprit (etanol), som filtrat.
• Försök att nysta upp lite DNA med en grillpinne, rör försiktigt för att inte DNA:et ska gå sönder.
Gör på samma sätt med din kontroll.
Det beror på vilken din hypotes är. Har du funderat på hur kokande eller vinäger kan påverka resultatet?
Jag har ingen hypotes eftersom jag vet inte exakt vad bör hända. Jag tänker att metoderna antingen skulle producera mer än kontrollen på grund av att de påskynder förstörelsen av cellerna, eller så skulle de producera mindre på grund av denatureringen av DNA:t och proteinaset i kiwi som hjälper till att frigöra DNA. Vilket är motsatser..
Jag skulle anta den första, eftersom syftet med lysering är att förstöra cellerna för att extrahera så mycket som möjligt, men jag är inte säker.
En större mängd DNA kan nog frigöras med hjälp av t.ex. värme, men samtidigt står det i uppgiften hur DNA påverkas. Så beroende på vilket syftet är med extraktionen (mesta möjliga DNA frigjort, eller icke skadat DNA) kan det finnas fördelar/nackdelar med hur du påverkar kiwifruktens celler.
Den vill bara att jag ska observera mängden "extraherat DNA i ml" såväl som utseendet på de proven. Jag antar att kvaliteten på det extraherade DNA:t skulle kunna diskuteras efter i resultaten?
Ja det kan du ta upp i diskussionen.
Har du funderat över hur du i så fall kan bestämma kvalitén på framrenat DNA? Och mängden framrenat DNA? Det vore ett sätt att få mätvärden.
mag1 skrev:Har du funderat över hur du i så fall kan bestämma kvalitén på framrenat DNA? Och mängden framrenat DNA? Det vore ett sätt att få mätvärden.
Jag vet inte riktigt hur jag skulle göra detta. För mängden kunde det separeras från vätskan och sedan vägas. Men om det blir en stor klump så vet jag inte hur jag skulle bestämma kvaliteten. Jag skulle nog behöva göra det först.
Kanske längden på DNA-fibrerna? Om de var mer skadade skulle de vara kortare?
Utförde experimentet och nu har jag ingen aning alls vad jag ska göra.
Det fanns mycket fällning i glaset med behandlad kiwin (värme, glas 2) och inte mycket i kontrollen (glas 1). De klumpade sig ihop mer i glas 2 än kontrollen. Det går inte alls att plocka upp en bit så jag vet inte hur jag kan mäta dem :/
Båda verkar se likadana ut, förutom att kontrollen är mycket mer separerad och glas 2 är mer klumpat ihop.
Bild här:
alvarado_ali skrev:Kanske längden på DNA-fibrerna? Om de var mer skadade skulle de vara kortare?
Ja det skulle vara ett sätt, om du försiktigt kan "dra upp trådar av DNA", så är DNA mindre skadat.
Går det inte att dra upp trådar kan det bero på att DNA är skadat, men även att du inte lyckades fiska upp DNA lika väl.
alvarado_ali skrev:Utförde experimentet och nu har jag ingen aning alls vad jag ska göra.
Det fanns mycket fällning i glaset med behandlad kiwin (värme, glas 2) och inte mycket i kontrollen (glas 1). De klumpade sig ihop mer i glas 2 än kontrollen. Det går inte alls att plocka upp en bit så jag vet inte hur jag kan mäta dem :/
Båda verkar se likadana ut, förutom att kontrollen är mycket mer separerad och glas 2 är mer klumpat ihop.
Bild här:
Det är ett tjockare lager fällning i "värme" glaset, vilket skulle kunna bero på att det finns mer DNA, eller att DNA är mer uppluckrat i det provet. Att det klumpar ihop sig kan nog bero på att det är mer DNA som lägger sig tillsammans, och/eller att det finns mindre DNA bitar som då kletar ihop sig och tar upp en större volym jämfört med längre strängar som inte tar upp lika mycket plats. Motsvarande att många mindre bitar blir svårare att organisera, det blir mer huller om buller, och allt tar upp en större volym.
Att fiska upp DNA kräver ett försiktigt handhavande, och att det finns tillräckligt med hela strängar. Det redan en del trådar om DNA fiskande vid denna typ av laboration här på PA, t.ex.:
https://www.pluggakuten.se/trad/dna-extraktion-ur-artor-tips/
https://www.pluggakuten.se/trad/har-jag-lyckats-extrahera-dna/
https://www.pluggakuten.se/trad/ar-det-mojligt-att-extrahera-dna-ur-doda-vaxtceller/
Det är inte enkelt att fiska upp intakta strängar av DNA, men det går.
Tack så mycket för svaren! Jag var ganska förvirrade över den här, men nu har jag lite mer koll
