Denaturering av protein

Du verkar ha blandar ihop en del här, vilket gör det svårt att hjälpa till. Om vi reder ut begreppen lite kan nog vi hjälpa till. 

Blod kan koagulera. Men albumin, som är ett protein i serum (den gulaktiga vätskan som blir kvar efter att blodet koagulerat och koaglet, d.v.s. celler och koagulationsproteinerna tagits bort), kan inte koagulera.

Det verkar som om du skulle undersöka om proteiner (bl.a. albumin) denaturerade, i en vätska med saltsyra och avjoniserat vatten - hur skulle se om proteinerna denaturerade?

Protolys med protein sker med enzymer som bryter ner proteiner (så kallade proteaser). Och t.ex. en syra kan protolyseras. Men vilket var det som du undrade över?

Oj ska ske om jag kan formulera mig bättre. I en bägare finns det avjoniserat vatten, saltsyra och äggvita där mestadels är proteinet albumin. Min undersökning är att se om proteinet denatureras. Min fråga är då har det avjoniserade vattnet någon betydelse för proteinets denaturering eller är det bara som att proteinet befinner sig i saltsyra och denatureras?

Lägger du äggvitan i endast avjoniserat vatten kommer proteinerna att denaturerar. då det är helt enkelt för lite salt (faktiskt inget) i det avjoniserade vattnet - och proteinerna behöver ha salter omkring sig. Detta för att balansera alla de positiva och negativa laddningar som proteiner har på sina ytor (och dessa kommer fram för allt ifrån de negativa/positiva sidokedjorna). Skulle dessa laddningar inte balanseras av salter skulle laddningar mellan olika proteiner istället börja söka sig till varandra, och proteinerna gegga ihop sig - d.v.s. denaturera.

Jaha, jag förstår att de olika laddningarna hos R-grupperna kommer skapa jonföreningar mellan varandra men då har vattnet ingen betydelse i detta fall, om jag har förstått det rätt? Det blir ju så att saltsyran som vill avge sin proton kommer tas upp av de negativa laddade sidogrupper?  Eller har vattnet fortfarande någon funktion kvar med saltsyran och proteinet?

Avjoniserat vatten är vanligt att använda istället för t.ex. vanligt kranvatten som innehåller joner. Det är nog den främsta anledningen till att avjoniserat vatten användes. 

Proteiner kan fås att denaturera på många vis.

Med bara avjoniserade vattnet börjar proteinerna att aggregera (=kleta ihop sig) och bilda större partiklar.

Syran får proteinerna att denaturera, vilket kan göra att de aggregerar.

I din ursprungliga fråga verkade du leta efter varför lösningen inte blev genomskinlig, har du kommit fram till varför detta inte skedde?

Hur såg lösningen ut innan avjoniserat vatten/syra tillsattes? Och hur såg den ut efter tillsatsen?

Äggvitan som då var proteinlösningen hade värmts upp innan och denaturerades = grumlig lösning. När jag väl lade till vattnet och saltsyran förblev den grumlig. Jag hade ett till provrör också där jag hade lagt in pepsin i och där blev lösningen genomskinlig vilket tyder på att proteinet har spjälkats. Jag tror min slutsats blir då att jag ska jämföra dessa två provrör, att den med enzymet ökade hastigheten på reaktionen och den utan pepsin tog lite längre tid. 

Det kändes som det var något närvarande som kunde spjälka protein, d.v.s. pepsinet.

I magsäcken är pH 1,5-3. pH, och i dina lösningar var det nog ett liknande pH. Utan enzym kan peptidbindingarna i proteinerna spjälkas/klyvas av vatten, men hur enkelt det sker beror på vilket pH det är.

Vid neutralt pH sker spjälkningen inte alls lätt, och därför klyvs extremt få peptidbindningar - ca 1 bindning per 1000 år !

Ju längre bort från neutral pH (uppåt och nedåt) desto snabbare sker klyvningen, men vid t.ex. pH 3 klyvs endast 1 bindning per år. Det är precis därför organismer använder enzymer som biologiska katalysatorer - annars skulle kemiska reaktioner i våra celler gå för långsamt.

Så visst, i ditt prov utan pepsin klyvs peptidbindningarna om du väntar tillräckligt länge - men det blir åratal av väntande innan du ser någon skillnad från experimentets början.

Och din slutsats att pepsinet fick nedbrytningen att ske snabbare stämmer bra, men utan pepsinet sker ingen nämnvärd spjälkning.

Okej, tack så jättemycket nu förstår jag!