Cellen
Jag har i en laboration extraherat dna ur kindceller där NaCl (10%), diskmedel, proteas samt etanol tillsattes. Jag försöker beskriva varför koksaltet tillfördes och enligt instruktion står att koksaltet fäller ut proteiner men min lärare nämnde kort att det hade med själva dnat att göra vilket jag kopplar samman med att fosfatgruppen är negativt laddad och då kan binda till natriumjoner. Vad är koksaltets syfte i detta sammanhang och hur fungerar det om det fäller ut proteiner?
Utan att veta vad mer som fanns med (buffer, diskmedel, etanol etcetera), och i vilket steg NaCl lösningen användes är det svårt att svara.
Men 10% NaCl är för en för låg koncentration för att fälla ut DNA från t.ex. vatten.
Att dessutom ett proteas (d.v.s. ett enzym som bryter ner proteiner i småbitar) fanns med gör att proteinerna inte behöver fällas ut - proteinerna bryts istället ner.
DNA kan fås att fälla med salt, men då fungerar divalenta katjoner (Mg2*) bättre.
Men du tänker i rätt banor, för jonerna i NaCl kan interagera och lägga sig runt DNA, och på så vis få andra bundna ämnen att släppa taget om DNA, t.ex. proteiner.
Saltet hjälper på så vis till att få DNA ut ur cellerna och bort från resten av ämnena från cellen, de ämnen som DNA brukar binda till och som du vill bli av med r du renar fram DNA.
Ni kanske fällde ut DNA med etanol istället?
Tillägg: 9 feb 2023 15:03
Det var att proteiner inte fälls ut som jag tänkte skriva.
Dock stämmer det att 10% NaCl även är för låg koncentration för att fälla ut DNA.
Precis, det fälldes ut med etanol. Grundar det i att etanolen har lägre polaritet än vatten och därmed sämre löser det polära DNAt? Har jonerna i saltet här någon roll och kan binda till DNA-molekylen istället för till vattnet med jon-dipol bindning?
Fosfatgrupperna i DNAs ryggrad har en negativ laddning, vilket attraherar positiva laddningar, som natriumjonen. Och med mer salt i lösningen, samlas mer joner kring DNA, vilket gör att mindre vatten kan binda. DNA+joner får på så vis mindre vatten kring sig, Vattenmolekylerna dras även till jonerna i vätskan, så DNA+joner börjar separeras lite från vattnet. Lite motsvarande att saltet lägger sig ordnat som ett lager runtom DNA, och skärmar av DNA från vattnet, och då minskar kontakten med vattnet och lösligheten. Denna form av DNA+joner är dock fortfarande löslig i vatten.
När sedan den iskalla etanolen tillsätts försiktigt, och bildar ett eget lager ovanpå vattnet med DNA i, uppstår ett gränsskikt mellan vätskorna. DNA i saltvattnet under kommer i kontakt med etanolen i gränsskiktet, och då ersätts de vattenmolekyler som omgärdat DNA med etanol istället. Och i ren etanol är inte DNA+positiva joner lösligt, och därför faller DNA ut i gränsskiktet. Och väntar man en stund så faller merparten ut i gränsskiktet och kan försiktigt fiskas upp.
Tack!
Hej @mag1!
Intressanta saker du har beskrivit som jag inte hade tänkt på innan. Jag håller också på att skriva en likadan labbrapport just nu. Undrar om du kan dela med dig några källor som stödjer din diskussion eftersom i labbrapporten behöver jag ständigt källhänvisa om informationen hämtas från någon annanstans.
Tacksam för hjälpen!
wasimkhalid skrev:Hej @mag1!
Intressanta saker du har beskrivit som jag inte hade tänkt på innan. Jag håller också på att skriva en likadan labbrapport just nu. Undrar om du kan dela med dig några källor som stödjer din diskussion eftersom i labbrapporten behöver jag ständigt källhänvisa om informationen hämtas från någon annanstans.
Tacksam för hjälpen!
Hej och Välkommen till Pluggakuten!
Källor motsvarande en källhänvisning, har jag inte några att bidra med på rak arm, utan texten baseras på egna observationer och tidigare kunskaper om biokemi.
Var det någon specifik del du ville använda och hänvisa till i din rapport?
Tack! Ja, det specifika som jag söker källa för är hur saltet i extraktionsbufferten (diskmedel, vatten och salt) bidrar till processen och hur den fungerar vid utfällningen av DNA. På några ställen, bl.a. på skolkemins webbsida (Umeå universitet), har det nämnts lite kort om att saltet fäller ut DNA men ingen ytterligare information har getts. Din förklaring här uppe är däremot betydligt utförligare och beskriver hela processen.
Det jag skrev om saltets betydelse motsvarar flera källor/erfarenheter, som jag inte kan referera till specifikt. Lösligheten hos DNA påverkas av vilket lösningsmedlet är, joners som binder till DNA, temperaturen, var och en för sig, och jag sammanfattade flera faktorer som tillsammans sänker lösligheten hos DNA och leder till att det fälls ut.
För att komma fram till att just den laborationsinstruktionen är bra, har man fått testa sig fram steg för steg.
Vill ha källor till hur lösligheten för DNA påverkas kan du försöka söka efter sådana. Det står kanske något biologi/kemiböckerna, men är nog ganska generellt beskrivet, så jag misstänker att du behöver söka lite. Joners bindning till DNA finns det beskrivningar om, kanske kan du t.o.m. börja på wikipedia och se om det finns länkar där, annars finns det andra källor.
Sökord som dessa borde ge hyfsade svar till en början:
"joners påverkan DNA löslighet"
"cation bindning DNA solubility"
För detaljer kommer det vara lättare att hitta källor på engelska.
Okej, jag ska då söka den vidare. Tack så mycket för all info och hjälp!
För all del!
Återkom om du fastnar, men skapa gärna en egen/ny tråd då - för en ny tråd utan svar, brukar dra till sig mer läsare/hjälpare, jämfört med en äldre tråd som är markerad grön (som betyder att trådstartaren är nöjd med svaret och inte längre vill ha mer hjälp).
