cDNA / oligonucleotide microarray
I cDNA microarray kommer cDNA fragment från PCR, vilka fästs på ett chip. "Dual hybridization with Cy3/Cy5 labeled cDNA."
I oligonucleotide microarray är oligos syntetiserade direkt på chippet. " Individual hybridization with biotinlabelled cRNA." (??? finns ens cRNA?)
Men vad är det som är märkt (=labeled)? Är det probe-sekvenserna som är fästa på chippet eller är det RNA:t som läggs på chippet? Eller är det förresten cDNA som chippet utsätts för? Och vad är skillnaden på dual och individual hybriduzation i detta fall?
Detta är bilden jag har fått:
fner skrev:I cDNA microarray kommer cDNA fragment från PCR, vilka fästs på ett chip. "Dual hybridization with Cy3/Cy5 labeled cDNA."
I oligonucleotide microarray är oligos syntetiserade direkt på chippet. " Individual hybridization with biotinlabelled cRNA." (??? finns ens cRNA?)
Men vad är det som är märkt (=labeled)? Är det probe-sekvenserna som är fästa på chippet eller är det RNA:t som läggs på chippet? Eller är det förresten cDNA som chippet utsätts för? Och vad är skillnaden på dual och individual hybriduzation i detta fall?
Detta är bilden jag har fått:
Lite knepigt att svara på då du inte visar hela texten/sammanhanget. Bildtexten till din bild innehåller nog en del information, kanske till och med svaret på några av dina frågor.
Det finns cRNA, amplifierat från (m)RNA i cellen. Detta kan sedan kemiskt konjugeras med biotin (eller "label" som en del skriver), som gör att cDNA:t kan detekteras, efter att cDNA:t hybridiserat till sin komplementära sekvens på chippet.
Märkningen sker generellt sett på det som skall detekteras, och om det finns en komplementär sekvens på en plats på chippet, kommer cDNA/cRNA att ackumuleras där, och koncentrationen kommer vara proportionell till fluorofoerns fluorscens / anrikningen av biotin (som då i sin tur används för att detektera hybridiserat material).
Edit: Uppdaterade felaktig "cRNA".
Okej, så de komplementära sekvenserna på chippet (probes) är samma i båda fallen?
fner skrev:Okej, så de komplementära sekvenserna på chippet (probes) är samma i båda fallen?
Vilka de sekvenserna är beror på vad du fiskar efter, så sekvensen kan vara i princip vilken än du önskar.
Det som jag tror syftas på med "cRNA" i din bild är en utveckling av cDNA microarray, som Eberwine-forskargruppen gjorde. Så om du söker på t.ex. "Eberwine cDNA microarray", finns det nog gott om träffar/artiklar som beskriver hur denna metod skiljer sig. F.f.a. är känsligheten högre med denna förbättrade metod, det går m.a.o. åt betydligt mindre RNA för att detektionen.
