Bioteknik: PCR, sekvensering

naturarecheck skrev:

Hej! Tacksam för hjälp

Denna fråga tillhör bioteknik lite mer men här kommer den:

Det är vissa sekvenser i det repetetiva DNA:t som varierar mest mellan olika individer. Jag undrar då om jag tänker rätt om att det därför borde vara dessa sekvenser man gör PCR och sekvensering på?

Ja det är ett urval av sådana korta sekvenser som används för att matcha olika individers DNA. Vad jag tror du menar är så kallade "single nucleotide polymorphism", som finns både i icke-kodande och kodande DNA.

 

Visst är det så att man gör PCR innan sekvensering eftersom man vill ha ett stort antal kopior av det DNA som man vill sekvensera?

När passar det bättre att sekvensera och när passar det bättre med PCR? Jag tänker att båda borde kunna användas vid brottsutredningar, faderskapstest m.m. 

De PCR baserade metoderna är effektiva när du vet vilken sekvens(snutt) av DNA som du vill matcha, t.ex. mellan två individer, eller mellan en misstänkt och ett DNA-spår från ett brott.

Sekvenseringsmetoder är effektiva för att få reda koden i större bitar av sammanhängande DNA. Men oftast finns det en begränsad mängd DNA i ett prov. Börjar du sekvensera DNA kommer det bli massvis med delvis överlappande sekvenser som i efterhand behöver bearbetas, t.ex. sättas ihop eller matchas. Därför behöver mängden DNA amplifieras med PCR (så att det finns tillräckligt med material att sekvensera från), och genom att välja ut vissa bitar av DNA att amplifiera (genom att välja vilka primrar som används) kan regioner av större intresse amplifieras - för att sedan sekvenseras.

Vid diagnostik av genetiska sjukdomar sekvenseras bitar av DNA, t.ex. en gen eller begränsade delar av DNA som är kopplade till sjukdomen. Dessa bitar amplifieras då först med PCR, och på så vis behöver inte en massiv sekvensering ske utan endast av de bitar som är relevanta - för sjukdomen kan vara resultatet av enstaka mutationer i en gen, men det kan vara av intresse att veta precis vilken denna mutation är.