Biokemi, enzymkinetik, enheter

Men V_max är lika med k_cat gånger V_max är inte helt korrekt.  Istället behöver dividera k_cat / [E] = Vmax.

För k_cat tar koncentrationerna ut varandra så enheten är 1/s.

Blir det bättre ordning på enheterna nu?

Har du skrivit fel nu här?

Ja det blev inte rätt. Antar att det var detta du menade: Vmax = kcat x [enzym]. Sorry.

Enheten för är dock, Kcat = (mol produkt/sekund) / (mol enzym), eller s^-1.

Håller du inte med det som står powerpointen? Där står det att enheten för Vmax är mol/min*mg.

Betyder inte [E] koncentration av enzym?

Jo visst är [E] enzymets initiala koncentration.

Men enheten för Vmax är mol*min^-1*mg^-1, eller _{produktbildnings}hastigheten/koncentrationen_enzym. Hastigheten i sig anses vara koncentrationsoberoende, men mängden bildad produkt är så klart beroende av hastigheten, som påverkas av [E] och [S]. Det är därför Kcat är ett så mycket bättre mått. Kcat/K_M tar även med substrataffiniteten och anses vara en bättre beskrivande siffra för hur aktiviteten är vid olika förhållande/substrat.

Det beror lite på vilken ordning kinetiken har, är [S] betydligt större än [E] beskrivs det ibland som att [E] inte spelar någon roll - egentligen är det [E]_aktiv som är viktig, vilket inte alltid är enkelt att korrelera (en del av enzympopulationen kommer inte vara aktiv, delvis aggregerad, veckar om sig, kan inte vecka sig tillbaka etcetera). Och enzymet är aldrig 100% rent, men upprepade experiment med olika reningsomgångar så brukar detta visa sig. Längre tillbaka i tiden var det t.o.m. knepigt att bestämma koncentrationen av enzymet, men V_max och K_M gick.

Det som är grönmarkerat gäller vid nollte ordningens kinetik (zero order) då kurvan är linjär, men det kräver att [S] är mycket större än [E].

Jag fösrtår inte ditt svar, är infromationen som jag får från bilden självmotsägande eller inte?

Hur är mol*min^-1*mg^-1=_{produktbildnings}hastigheten/koncentration_enenzym  ?   (och vad är det för skrivsätt?)

Produktbildningshastighet=mol/min och enzymkoncentration=mol/liter?

Qetsiyah skrev:

Jag fösrtår inte ditt svar, är infromationen som jag får från bilden självmotsägande eller inte?

Hur är mol*min^-1*mg^-1=_{produktbildnings}hastigheten/koncentration_enenzym  ?   (och vad är det för skrivsätt?)

Vilken del är det som du tycker är motsägande i bilderna? Så att vi pratar om samma saker. Att enheten för kcat inte blev vad du (och litteraturen) förväntade sig är jag med på.

En del antaganden appliceras vid MM kinetik, men är inte alltid desamma, beroende på t.ex. vilken ordning kinetiken följer.

Om jag skriver det så här då: mol/min/mg , vilket jag (kanske i onödan) skrev om till hastigheten (mol/min) delat på [E]. Och vad jag försökte förmedla är att då [E] inte alltid kunde bestämmas (speciellt inte den aktiva andelen, och ibland inte alls) har det antagits att [E] i detta fall inte är så viktig. Numera används istället Kcat som inkluderar [E].

Jag fattar fortfarande inte. Vad är enheten av Vmax? Jag behöver att det ska vara mM/s pga denna bild:

(jag har använt Hanes Wolff) enheten på lutningen i den grafen är s/mM så därför måste Vmax vara mM/s. Nu behöver jag jämföra mitt resultat med litteraturvärden, men jag kan bara hitta Vmax  som är angivna i mol/min*mg. Vad är det som förssiggår?!

Mol/min är vad som användes förr i tiden (när MM satt och gjorde modeller för sin kinetik), och då är Vmax en hastighet oberoende av (den aktiva) enzymkoncentrationen. Det gick helt enkelt inte att bestämma koncentrationen av proteinerna så väl, och ännu sämre för den aktiva populationen av just det intressanta enzymet (i de ofta ganska orena proteinpreparationerna).

Men produktbildningshastigheten som mäts påverkas så klart av hur många enzymmolekyler som är aktiva. Därför rapporteras nu data med enheten som inkluderar enzymkoncentrationen (eftersom det idag går bra att få rena prover, bestämma en mer exakt proteinkoncentration, och i vissa fall även uppskatta hur stor andel av denna enzympopulation som faktiskt är aktiv).

Så den enkla svaret är att så länge du räknar med "mg" när du bestämmer ditt Vmax kan du jämföra detta med litteraturvärdena. För HW plottens enheter får du nog helt enkelt anse att mol/min fungerar som enhet, även om du använt "mg" när du räknat tidigare. Detta låter knasigt, men MM kinetiken utvecklades med Vmax och Km, och sedan började även "mg" användas till Vmax, men utan att allt omarbetades. Istället utvecklades bättre sätta att beskriva MM kinetik, t.ex. kcat, kcat/Km - där enzymkoncentrationen tas med i sammanhanget.

Ah, jag förstår nu, men ensak:

Så den enkla svaret är att så länge du räknar med "mg" när du bestämmer ditt Vmax kan du jämföra detta med litteraturvärdena.

Så jag behöver ta hänsyn till enzymmängden jag hade i analyserna? Det kan jag såklart göra!

Skall du jämföra med litteraturvärden som har med "mg" så blir det minst fel om du också har med "mg". Det går nog att motivera att Vmax definitionsmässigt är en hastighet med enheten M/tid om du vill utelämna "mg" för dina Vmax, så länge du motiverar att ditt Vmax är jämförbart med litteraturvärdena för Vmax.