Biokemi

Hej!

Nikkisv skrev:

Hej, 

Jag läser kemi 2 på distans som är under all kritik med upplägg och hjälp från läraren. Vi har inlämningsuppgifter baserade på gammal litteratur så svaren finns inte i litteraturen och många gånger känns frågorna felformulerade eller så är det jag bara son inte förstår. 

Frågorna tillhör inte direkt några nyheter inom biokemi, svaren på frågorna var/är de samma idag jämfört med tidigare.

 

Fråga 5. Beskriv skillnaden mellan aminosyror, dipeptider, peptidbindning, polypeptider och proteiner.
Här tänker jag att det egetligen inte handlar om skillnader utan hur de hör ihop eftersom peptider består av aminosyrerester. Har jag förstått rätt då?

Ja, det är för att sätta aminosyror i ett större sammanhag, där du kan beskriva skillnader/egenskaper som finns/inte finns beroende på om/hur aminosyrorna sitter ihop med varandra.

 

Fråga 6. Ange fyra olika kemiska egenskaper hos aminosyror vid pH=7.
Upplever det som att läraren vill åt att de är opolära vid pH7. Men fyra egenskaper? Har lyssnat och läst hos Ehinger och han beskriver det som att aminosyrors isoelektriska punkt aldrig blir 7 även för exempelvis alanin då karboxylgruppen är lite surare än amingruppen är basisk.

Det gäller egenskaper hos aminosyror generellt.

Det finns ingen direkt skillnad i polariteten hos en aminosyra, beroende på pH. De sidokedjor som är polära (t.ex. treonin) är det oavsett pH. Det enda som påverkas av pH är den eventuella laddningen hos grupper som kan protoneras/protolyseras.

 

Fråga 24. Beskriv utifrån ett proteins alla strukturnivåerna hur hemoglobinmolekylen ser ut
Här förstår jag inte alls hur jag ska hitta information och beskriva hemoglobinmolekylens alla strukturnivåer? Känns som att de blir väldigt avancerat?

Tack på förhand!

Börja med att kolla i boken om hur ett protein är uppbyggt, strukturnivåerna brukar delas in i: primär-, sekundär o.s.v.

Jag menade inte att frågorna inte är aktuella längre. Utan att olika litteratur tar upp Kemi 2 på "olika sätt" dvs fokuserar på olika saker. Tänker att jag som elev aldrig kommer kunna lära mig och förstå exakt allt som tas upp i alla olika kurslitteratur som finns för Kemi 2, inte ens på A-nivå. Men jag kanske har fel. 

Det gäller egenskaper hos aminosyror generellt.

Det finns ingen direkt skillnad i polariteten hos en aminosyra, beroende på pH. De sidokedjor som är polära (t.ex. treonin) är det oavsett pH. Det enda som påverkas av pH är den eventuella laddningen hos grupper som kan protoneras/protolyseras.

Är inte helt med på vad du menar. Du menar att det är irrelevant att pH=7 i frågan utan att det som efterfrågas egentligen är vad det finns för egenskaper hos aminosyror? Så är frågan egentligen att jag ska svara att aminosyror kan ha opolära, polära, sura och basiska sidokedjor? I boken står det då exempelvis att opolära kedjor har Ip i pH-intervallet 5.8-6.2. Vad är det det då innebär?

Börja med att kolla i boken om hur ett protein är uppbyggt, strukturnivåerna brukar delas in i: primär-, sekundär o.s.v.

Jo, jag förstår att det handlar om de olika strukturerna så som primär-,sekundär, tertiär osv. Men hur ska jag beskriva hur hemoglobin är veckad i sin tertiärstruktur eller hur alla aminosyrerester sitter ihop i primärstrukturen? Har inte sett någon sån typ av beskrivning förut och vet inte var jag ska börja. 

Nikkisv skrev:

Jag menade inte att frågorna inte är aktuella längre. Utan att olika litteratur tar upp Kemi 2 på "olika sätt" dvs fokuserar på olika saker. Tänker att jag som elev aldrig kommer kunna lära mig och förstå exakt allt som tas upp i alla olika kurslitteratur som finns för Kemi 2, inte ens på A-nivå. Men jag kanske har fel. 

Det gäller egenskaper hos aminosyror generellt.

Det finns ingen direkt skillnad i polariteten hos en aminosyra, beroende på pH. De sidokedjor som är polära (t.ex. treonin) är det oavsett pH. Det enda som påverkas av pH är den eventuella laddningen hos grupper som kan protoneras/protolyseras.

Är inte helt med på vad du menar. Du menar att det är irrelevant att pH=7 i frågan utan att det som efterfrågas egentligen är vad det finns för egenskaper hos aminosyror? Så är frågan egentligen att jag ska svara att aminosyror kan ha opolära, polära, sura och basiska sidokedjor? I boken står det då exempelvis att opolära kedjor har Ip i pH-intervallet 5.8-6.2. Vad är det det då innebär?

Att sidokedjans kan ha en laddning vid pH, är en egenskap som finns hos sura/basiska aminosyror. Det gör även att aminosyran får en laddning.

Men det finns ytterligare egenskaper hos aminosyror som du kan lägga till.

 

 

Börja med att kolla i boken om hur ett protein är uppbyggt, strukturnivåerna brukar delas in i: primär-, sekundär o.s.v.

Jo, jag förstår att det handlar om de olika strukturerna så som primär-,sekundär, tertiär osv. Men hur ska jag beskriva hur hemoglobin är veckad i sin tertiärstruktur eller hur alla aminosyrerester sitter ihop i primärstrukturen? Har inte sett någon sån typ av beskrivning förut och vet inte var jag ska börja. 

Hemoglobin är ett exempel, som används för att beskriva strukturnivåerna. Så du behöver inte beskriva exakt strukturen av hemoglobin, men använda det proteinet för att förklara hur strukturnivåerna är i ett protein.

Att sidokedjans kan ha en laddning vid pH, är en egenskap som finns hos sura/basiska aminosyror. Det gör även att aminosyran får en laddning.

Men det finns ytterligare egenskaper hos aminosyror som du kan lägga till.

Är ledsen men är nog ännu mer förvirrad nu än innan. Har du möjlighet att svara på det jag frågar efter? Så som om du skulle tolka det som att det jag ska besvara är att aminosyror kan ha opolära, polära, sura och basiska sidokedjor? Det är det enda som framgår på den sida min lärare hänvisar till i vår bok och jag förstår inte hur jag ska ta mig vidare för att förstå. 

Hemoglobin är ett exempel, som används för att beskriva strukturnivåerna. Så du behöver inte beskriva exakt strukturen av hemoglobin, men använda det proteinet för att förklara hur strukturnivåerna är i ett protein.

Skulle inte frågan då lika gärna kunna vara beskriv de olika strukturnivåerna för ett protein? Eller är det något speciellt med hemoglobin som jag missar då?

Nikkisv skrev:

Att sidokedjans kan ha en laddning vid pH, är en egenskap som finns hos sura/basiska aminosyror. Det gör även att aminosyran får en laddning.

Men det finns ytterligare egenskaper hos aminosyror som du kan lägga till.

Är ledsen men är nog ännu mer förvirrad nu än innan. Har du möjlighet att svara på det jag frågar efter? Så som om du skulle tolka det som att det jag ska besvara är att aminosyror kan ha opolära, polära, sura och basiska sidokedjor? Det är det enda som framgår på den sida min lärare hänvisar till i vår bok och jag förstår inte hur jag ska ta mig vidare för att förstå. 

Sidokedjorna ger varje aminosyra unika egenskaper. Så ja, sidokedjans typ (polär/sur etcetera) är en egenskap. Men aminosyran är mer än bara sidokedjan - alla delar av molekylen bidrar med egenskaper, så du får tänka vidare än t.ex. bara kring sidokedjans polaritet.

Motsvarande att en fettsyra har både en karbosylgrupp, och en kolkedja - där båda delarna bidrar med egenskaper till ämnet.

 

Hemoglobin är ett exempel, som används för att beskriva strukturnivåerna. Så du behöver inte beskriva exakt strukturen av hemoglobin, men använda det proteinet för att förklara hur strukturnivåerna är i ett protein.

Skulle inte frågan då lika gärna kunna vara beskriv de olika strukturnivåerna för ett protein? Eller är det något speciellt med hemoglobin som jag missar då?

Ja det skulle kunna vara ett annat likvärdigt protein.

Hemoglobin används ofta som ett exempel inom biokemin, det är ett "skolboksexempel". Dels av historiska orsaker. Det var ett av det första proteiner vars struktur bestämdes, och det har forskats mycket om detta protein. Och i samband med denna forskning framkom nya koncept som även kan användas för att förklara hur andra protein fungerar (bl.a. alloster reglering och kooperativitet).

Sidokedjorna ger varje aminosyra unika egenskaper. Så ja, sidokedjans typ (polär/sur etcetera) är en egenskap. Men aminosyran är mer än bara sidokedjan - alla delar av molekylen bidrar med egenskaper, så du får tänka vidare än t.ex. bara kring sidokedjans polaritet.

Motsvarande att en fettsyra har både en karbosylgrupp, och en kolkedja - där båda delarna bidrar med egenskaper till ämnet.

Tänker du typ att de har egenskaper som att de är vattenlösliga och kristalliserade fasta ämnen vid rumstemperatur? Men gäller detta endast om pH är 7? 

Fick ett svar från läraren nu där hennes svar var "ange bara vilken typ av sidokedja det är". Så nu är jag förvirrad igen. Haha. 

Ja det skulle kunna vara ett annat likvärdigt protein.

Hemoglobin används ofta som ett exempel inom biokemin, det är ett "skolboksexempel". Dels av historiska orsaker. Det var ett av det första proteiner vars struktur bestämdes, och det har forskats mycket om detta protein. Och i samband med denna forskning framkom nya koncept som även kan användas för att förklara hur andra protein fungerar (bl.a. alloster reglering och kooperativitet).

Ah okej! Finns det proteiner som inte har de olika strukturnivåerna? Förstått det som att ett protein inte behöver ha alla nivåer. Men finns det proteiner med helt annat struktur?

Ah okej! Finns det proteiner som inte har de olika strukturnivåerna? Förstått det som att ett protein inte behöver ha alla nivåer. Men finns det proteiner med helt annat struktur?

Ja det finns proteiner som inte har samtliga fyra nivåer. Gällande strukturer så finns det många olika varianter av proteinstrukturer, men de byggs upp av generella sekundärstrukturer (alfa-helixar, beta-flak, loopar.