Bioinformatik: evolutionär analys av TMEM175 familjen
Hej, jag ska göra det i rubriken enligt: hitta familjemedlemmar med psi-blast ---> aligna dem med hmmer ---> ???.
Jag körde en phi-blast och satte max search items till 20 000 och fick ~11 000 hits, jag vill köra den andra rundan phi-blast med alla 11 000, men webservern klarar inte av det. Jag har inget emot att det tar lite tid så finns det något terminal-interface jag kan göra det via? Jag vill söka så brett som möjligt.
Vilken limit finns det för antalet sekvenser i indatat i ditt andra steg?
Och hur kommer det sig att du vill köra en till PHI-BLAST med resultatet från den första PHI-BLAST, för enrichment eller?
mag1 skrev:Vilken limit finns det för antalet sekvenser i indatat i ditt andra steg?
Det vet jag inte, men i roll-down menyn för första phi-blast går det att välja på högst 20 000. På andra körningen får jag en fritextruta, jag antar att samma gräns gäller där också.
Och hur kommer det sig att du vill köra en till PHI-BLAST med resultatet från den första PHI-BLAST, för enrichment eller?
Jag vet inte vad enrichment betyder men ja, för att hitta mer helt enkelt (och min handledare sa att jag skulle göra det). Är det inte det som är syftet med phi-blast?
Jag vet inte vad enrichment betyder men ja, för att hitta mer helt enkelt (och min handledare sa att jag skulle göra det). Är det inte det som är syftet med phi-blast?
Jo det är en av nyttorna, då datasetet från omgång består av ett urval, kan samma eller ett nytt mönster (pattern) och/eller sekvens användas mot ett urval av sekvenser. Och svagare/vidare korrelationer identifieras.
Låter som det blir ett mastigt indataset för servern att hantera med 11000 träffar. För att hantera en eventuell begränsning av antalet indatasekvenser får du nog läsa i PHI-BLAST dokumentationen. Det kan finnas verktyg för att göra motsvarande redan, som tjänst/server, så det kanske kan vara värt att googla lite.
