Bildning av citrullin i ureacykeln
Hej! Hur ser reaktionsmekanismen ut då karbamoylfostat och ornitin bildar citrullin i ureacykeln? Gör ornitinets kväve en nukleofil attack på karbamoylfostfatets kol? Jag undrar även om de två vätena som försvinner blir till NAD(P)H?
Vilket enzym utför denna reaktion?
Undersök det enzymet så finner du reaktionsmekanismen och de inblandade kofaktorerna.
mag1 skrev:Vilket enzym utför denna reaktion?
Undersök det enzymet så finner du reaktionsmekanismen och de inblandade kofaktorerna.
Enzymet är ornitintranskarbomoyal
Ok då är det klart. Vad får du fram om du undersöker detta enzym mer?
Du vet ju substratet och produkten, men reaktionsmekanismen anger kofaktorer (t.ex. NAD+, NADP+).
mag1 skrev:Ok då är det klart. Vad får du fram om du undersöker detta enzym mer?
Du vet ju substratet och produkten, men reaktionsmekanismen anger kofaktorer (t.ex. NAD+, NADP+).
Jag har lite svårt att undersöka enzymet då det mest finns mer medicinska artiklar om det än kemiska.
https://en.wikipedia.org/wiki/Ornithine_transcarbamylase
Engelska Wikipedia har alltid mer information. Allt finns en sökning bort om du letar lite vidare, eller mer specifikt.
Har du vidare frågor om reaktionen eller enzymet återkom gärna.
mag1 skrev:https://en.wikipedia.org/wiki/Ornithine_transcarbamylase
Engelska Wikipedia har alltid mer information. Allt finns en sökning bort om du letar lite vidare, eller mer specifikt.
Har du vidare frågor om reaktionen eller enzymet återkom gärna.
Tack det hjälpte supermycket! Förstår dock inte riktigt vilken typ av reaktion det är... det verkar vara en nukleofil attack av ett syre på ett väte då fosfatgruppen bildas men vet inte riktigt om det kan vara en metates reaktion eller substitutionsreaktion
Nej det är en nukelifil attack som resulterar i en defosforylering.
En aminogrupp, hos en lysinaminosyrarest från ornitintranskarbamylaset, utför attacken på det deltapositiva karbanoylkolet, se denna figur. Fosfatgruppen är en väldigt bra lämnande grupp, vilket gör reaktionen energimässigt fördelaktig att genomföra.
mag1 skrev:Nej det är en nukelifil attack som resulterar i en defosforylering.
En aminogrupp, hos en lysinaminosyrarest från ornitintranskarbamylaset, utför attacken på det deltapositiva karbanoylkolet, se denna figur. Fosfatgruppen är en väldigt bra lämnande grupp, vilket gör reaktionen energimässigt fördelaktig att genomföra.
Vad händer innan figuren? Den innehåller ett väte mindre än en ”vanlig” ornitinmolekyl. Används det vätet för att bilda NADH av NAD+? Min lärare har sagt att det oftast är vad som händer om ett väte ”försvinner”
Sorry det var ornitinet som anfaller, bortse från mitt tidigare svar.
Ornitinmolekylen har en karboxylsyragrupp (-COOH grupp) som vid kroppens pH lämnar ifrån sig sin proton (pKa 1.9), och då bildas basformen -COO-, då en proton (H+) lämnat.
NAD+ eller NADP+ är inte inblandade.
mag1 skrev:Sorry det var ornitinet som anfaller, bortse från mitt tidigare svar.
Ornitinmolekylen har en karboxylsyragrupp (-COOH grupp) som vid kroppens pH lämnar ifrån sig sin proton (pKa 1.9), och då bildas basformen -COO-, då en proton (H+) lämnat.
NAD+ eller NADP+ är inte inblandade.
På bilden jag infogat har ornitinets övre amingrupp en extra väte, lämnas den ifrån som en proton?
Det finns två aminogrupper med tre väteatomer och laddningen plus 1. Efter reaktionen har citrulin endast en sådan grupp, så ja den andra avgår som en proton.
