Beräkna Dissociationskonstanten för protein-ligand interaktion
Hej! Jag behöver hjälp med denna fråga. 
Jag har plottat värdena i en graf med den fria ligand-koncentrationen på x-axeln och den bundna ligand-koncentrationen på y-axeln.
och fått fram en ekvation för grafen.
Jag vet att värdet för kd är ligand-koncentrationen då 50% av proteinets bindnings site är ockuperade.
Jag förstår inte vilken ekvation jag ska använda då jag ej har information om proteinkoncentration. Jag vet inte om jag behöver omvandla enheter. Kan någon hjälpa mig?
Lite sent nu kanske. Men du behöver inte räkna ut denna konstant, du kan "estimera" den, vilket då innebär t.ex. att läsa ut den ur en graf som den du plottat.
Om du gör antagandet att värdet inte ökar vid sista mätpunkten (det behöver du göra annars kan du vare sig räkna eller approximera), så behöver du bara hitta punkten där y-värdet är 1/2 av maxvärdet, och läsa ut ligankoncentrationen från X-axeln.
Och för att få full pott behöver du nog ange sambandet mellan 1/2 maxvärdet och Kd värdet, t.ex. genom ekvationen/reaktionen för dissociationen, med antagandet att förhållandet mellan ligand och protein är 1:1.
