Aminosyrors laddning
En uppgift i boken: "Märk ut laddningar i peptiden Val-Met-Ser-Ile-Phe-Arg-Sys-Tyr-Leu, som är skriven från N-terminal till C-terminal vid a) pH=7, b) pH=1 "
Hur vet man vilka laddningar olika aminosyror har vid ett visst pH värde?
De enskilda aminosyrorna är amfolyter, och laddningen påverkas om de funktionella grupperna protolyseras eller protoneras. Utifrån deras pKa värden kan du lista ut vilken laddning de funktionella grupperna har, precis som för en syra/bas. pKa värdena finns t.ex. på wikipedia (engelska versionen), eller kanske i formelsamlingen.
Eller så kan du utifrån dina kunskaper om syror/baser lista ut gruppernas laddning.
mag1 skrev:
Eller så kan du utifrån dina kunskaper om syror/baser lista ut gruppernas laddning.
Kan du utveckla?
I en polypeptid, som i din uppgift, finns det fler funktionella grupper som kan agera som antingen syra eller bas. Karboxylsyragruppen beter sig motsvarande en karboxylsyra - så vilken laddning tror du att karboxylsyragrupperna har vid pH 7?
Och de basiska aminosyrona har en funktionell grupp, som beter sig som en bas, t.ex. ammoniak - så vilken laddning tror du dessa funtionella grupper har vid pH 7?
Vilken laddning tror du en karboxylsyra har vid pH 7?
Och aminoOch motsvarande för en bas som ammoniak?
mag1 skrev:I en polypeptid, som i din uppgift, finns det fler funktionella grupper som kan agera som antingen syra eller bas. Karboxylsyragruppen beter sig motsvarande en karboxylsyra - så vilken laddning tror du att karboxylsyragrupperna har vid pH 7?
Och de basiska aminosyrona har en funktionell grupp, som beter sig som en bas, t.ex. ammoniak - så vilken laddning tror du dessa funtionella grupper har vid pH 7?
Vilken laddning tror du en karboxylsyra har vid pH 7?
Och aminoOch motsvarande för en bas som ammoniak?
Aminosyror i celler brukar vara protolyserade så minusladdning. Antar att ammoniak är plus då. Men en aminosyra innehåller ju båda dessa grupper. Så vad blir slutsumman av till exempel Metionin? Det är helt tomt i mitt huvud när jag får den här frågan. Jag förstår inte hur man ska tänka.
Metionin har precis som alla aminosyror en aminogrupp (motsvarande en bas) och en karboxylsyragrupp (en syra helt enkelt), så de kommer bete sig som du beskrev. Sidokedjan deltar inte i upptag/avgivande av protoner.
Så den fria aminosyran metionin, får då summan av +1 och -1, d.v.s. neutral laddning.
Men du har en polypeptid, där nästan alla ingående aminosyrors karboxylsyragrupper och aminogrupper inte är fria, utan de är istället en del av peptidbindningarna. Och den formen, peptidbindningen, har dessa grupper ingen laddning alls. Det blir då endast polypeptidens aminoterminal och karboxylsyraterminal (d.v.s. ändarna) vars laddning påverkas av pH.
Vissa aminosyrors sidokedjor kan ta upp (basiska) eller ge ifrån sig en (sura) proton, och därmed ändras laddningen. Och varje sådan aminosyras sidokedja påverkar då polypeptidens laddning.
Och hela peptidens laddning är summan av alla ingående laddningar.
mag1 skrev:Metionin har precis som alla aminosyror en aminogrupp (motsvarande en bas) och en karboxylsyragrupp (en syra helt enkelt), så de kommer bete sig som du beskrev. Sidokedjan deltar inte i upptag/avgivande av protoner.
Så den fria aminosyran metionin, får då summan av +1 och -1, d.v.s. neutral laddning.
Men du har en polypeptid, där nästan alla ingående aminosyrors karboxylsyragrupper och aminogrupper inte är fria, utan de är istället en del av peptidbindningarna. Och den formen, peptidbindningen, har dessa grupper ingen laddning alls. Det blir då endast polypeptidens aminoterminal och karboxylsyraterminal (d.v.s. ändarna) vars laddning påverkas av pH.
Vissa aminosyrors sidokedjor kan ta upp (basiska) eller ge ifrån sig en (sura) proton, och därmed ändras laddningen. Och varje sådan aminosyras sidokedja påverkar då polypeptidens laddning.
Och hela peptidens laddning är summan av alla ingående laddningar.
Nu förstår jag. Man måste alltså kolla upp mokelkylformeln för varje enskild aminosyra. Om man inte utgår från pKa då.
Ja strukturformeln är avgörande för att du skall kunna ta reda på om aminosyran kan agera som syra/bas, eller inte.
mag1, du skrev "Sidokedjan deltar inte i upptag/avgivande av protoner." Varför inte?
naturarecheck skrev:mag1, du skrev "Sidokedjan deltar inte i upptag/avgivande av protoner." Varför inte?
Titta på metioninets sidokedja, och dess pKa värde. Ser den ut att kunna delta vid syra/basreaktioner?
