5 prim , 3 prim
Varför är det så viktigt att DNA-polymeras går från 5' till 3'? Förstår inte grejen med det, har läst och sett bilder men jag fattar inte varför man pekar ut den detaljen och vad det innebär.
5' och 3' specificeras för att beskriva hur deoxynukleotiderna binds till varandra. Bindningen skapas 5-till-3, och inte 3-3 eller 3-5.
Om du tittar på ribos i en deoxynukleotid, så är både hydroxylgruppen 5' och 3' "fria" - och till dessa kan nya bindningar bildas. DNA polymeraset som syntetiserar DNA, fungerar genom att skapa bindningar från en nukleotids 5', till den andras 3'. Enzymet kan m.a.o. inte göra tvärt om eller på något annat vis - och strukturen i den ena DNA-strängen "pekar" åt ena hållet, så den kan baspara med den andra strängen som "pekar" åt andra hållet.
Detta med ”enkelriktningen” hos DNA-polymeraset skapar ju på sätt och vis ett problem vid DNA-replikationen. Eftersom de båda DNA-strängarna är antiparallella (löper i motsatt riktning), skulle den ena strängen (den släpande strängen) behöva syntetiseras i riktningen 3’ till 5’. Men det klarar ju inte polymeraset!
Det har dock löst sig genom att syntesen av den av den släpande strängen sker i små fragment som syntetiseras i riktning 5’ till 3’. Det kallas diskontinuerlig replikation. Sedan sammanfogas fragmenten av ett annat enzym – DNA-ligas.
Även om det här i praktiken inte är något problem, är det ett intressant faktum, som gör att man framhåller riktningen hos DNA-polymeraset. Den diskontinuerliga replikationen av den släpande strängen gör också att risken för mutationer är något högre i den. Normalt upptäcks dock detta av reparationsmekanismerna.
