Meddelande

Nya Pluggakuten lanseras första kvartalet 2017. Läs mer här

Om du vill prata med andra användare (inte om uppgiftsfrågor), kan du göra det i chatten.

Att tänka på när man skapar en ny tråd:
   - Skriv tydliga rubriker där du om möjligt anger både ämne och nivå för frågan.
      Exempel: "[KE A] balansering av formel". Undvik saker som "HJÄLP!!!" och "SNÄLLA!!".
   - Visa alltid hur du har försökt. Då är det mycket enklare att hjälpa till.
   - Korsposta ej! Det är inte tillåtet att posta samma tråd flera gånger.
   - Bumpa inte din tråd mer än en gång per dygn.

Se alla regler här. Om dessa regler ignoreras kommer en varning att delas ut, som kan följas av en avstängning.


  • Forum
  •  » Biologi
  •  » [HSB] Bioinformatik - Jämför tre proteinsekvenser

[HSB] Bioinformatik - Jämför tre proteinsekvenser

cicci97
Medlem

Offline

Registrerad: 2016-11-05
Inlägg: 7

[HSB] Bioinformatik - Jämför tre proteinsekvenser

Hej, jag har tenta i övermorgon och övar på några gamla tentauppgifter. Trodde jag hade koll på hur man skulle göra detta men det visar sig att jag inte har det. Har kollat runt på YouTube efter en bra förklaring men hittar inget. Uppgiften lyder:

Jämför följande tre proteinsekvenser (alignment är redan gjort).

1) HEAEIKPLAQ SHATKHKIPV
2) MPNALSALSD LHAHKLRVDP
3) TDSTLKNLGS VHVSKGWVAD

a) Hur många identiteter finns i varje par?
b) Bestäm alla Blosum-62 score
c) Vilka två sekvenser är närmast släkt?

Ska man jämföra alla 6 st sekvenser eller ska man analysera dem som står bredvid varandra?

Snälla hjälp

 
SvanteR
Medlem

Offline

Registrerad: 2015-09-24
Inlägg: 611

Re: [HSB] Bioinformatik - Jämför tre proteinsekvenser

cicci97 skrev:

Hej, jag har tenta i övermorgon och övar på några gamla tentauppgifter. Trodde jag hade koll på hur man skulle göra detta men det visar sig att jag inte har det. Har kollat runt på YouTube efter en bra förklaring men hittar inget. Uppgiften lyder:

Jämför följande tre proteinsekvenser (alignment är redan gjort).

1) HEAEIKPLAQ SHATKHKIPV
2) MPNALSALSD LHAHKLRVDP
3) TDSTLKNLGS VHVSKGWVAD

a) Hur många identiteter finns i varje par?
b) Bestäm alla Blosum-62 score
c) Vilka två sekvenser är närmast släkt?

Ska man jämföra alla 6 st sekvenser eller ska man analysera dem som står bredvid varandra?

Snälla hjälp

Vad menar du med sex sekvenser? Det är ju bara tre. I a-uppgiften ska du jämföra alla par, dvs 1 och 2, 1 och 3, 2 och 3.

Har du någon lärobok eller något du fått på kursen om BLOSUM62? Det är nog svårgooglat annars, och du borde ha fått något kursmaterial. Här är två länkar, men jag vet inte om det är så här den som har skrivit tentan vill att du ska göra:

http://www.cs.columbia.edu/4761/assignm … rence1.pdf
http://www3.cs.stonybrook.edu/~rp/class … -Lec05.pdf

 

  • Forum
  •  » Biologi
  •  » [HSB] Bioinformatik - Jämför tre proteinsekvenser

Sidfot

Powered by PunBB
© Copyright 2002–2005 Rickard Andersson

Powered by Mattecentrum
 |  Denna sida använder cookies |  Kontakta oss |  Feedback |